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MutPrimerDesign:用于人类基因编码区域突变位点的引物设计程序
被引量:
1
1
作者
曹英豪
彭公信
《生物信息学》
2020年第3期169-175,共7页
位于基因编码区的DNA突变与基因的功能密切相关。在已知人类基因编码区的突变位点时,如何在基因组上设计引物验证该突变是一个重要的问题。本文利用Python语言开发了引物设计程序MutPrimerDesign。MutPrimerDesign通过解析人类基因组序...
位于基因编码区的DNA突变与基因的功能密切相关。在已知人类基因编码区的突变位点时,如何在基因组上设计引物验证该突变是一个重要的问题。本文利用Python语言开发了引物设计程序MutPrimerDesign。MutPrimerDesign通过解析人类基因组序列数据库以及基因注释信息,转换基因编码区坐标为基因组坐标,并调用Primer3的python程序包接口,可批量自动化完成基因突变位点的引物及探针序列设计。MutPrimerDesign使用简便,可识别多种数据库的基因名称,并能够修改引物常规参数,实现引物的快速调整。
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关键词
引物设计
突变
生物信息学分析
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题名
MutPrimerDesign:用于人类基因编码区域突变位点的引物设计程序
被引量:
1
1
作者
曹英豪
彭公信
机构
中国医学科学院基础医学研究所&北京协和医学院基础医学院
出处
《生物信息学》
2020年第3期169-175,共7页
基金
中国医学科学院医学与健康科技创新工程(No.2017-I2M-1-009)。
文摘
位于基因编码区的DNA突变与基因的功能密切相关。在已知人类基因编码区的突变位点时,如何在基因组上设计引物验证该突变是一个重要的问题。本文利用Python语言开发了引物设计程序MutPrimerDesign。MutPrimerDesign通过解析人类基因组序列数据库以及基因注释信息,转换基因编码区坐标为基因组坐标,并调用Primer3的python程序包接口,可批量自动化完成基因突变位点的引物及探针序列设计。MutPrimerDesign使用简便,可识别多种数据库的基因名称,并能够修改引物常规参数,实现引物的快速调整。
关键词
引物设计
突变
生物信息学分析
Keywords
Primer design
Mutation
Bioinformatics analysis
分类号
Q344.12 [生物学—遗传学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
MutPrimerDesign:用于人类基因编码区域突变位点的引物设计程序
曹英豪
彭公信
《生物信息学》
2020
1
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