昆明裂腹鱼FGF基因的测序验证与进化分析

利用第三代测序得到全长转录组文库的FGF基因序列进行引物设计,PCR产物直接测序验证基因序列,获得FGF基因全长为787 bp。FGF基因的ORF长度为699 bp,共编码232个氨基酸。核苷酸序列同源性比对结果发现与鲤鱼FGF13基因同源性为99.50%,与金线鲃、鲤鱼、鲫鱼、斑马鱼对应的FGF基因的同源性较高、亲缘关系较近;进一步与FGF基因各亚型氨基酸序列比对发现,与FGF13a-2基因的氨基酸序列的同源性为99.01%,判断该基因为昆明裂腹鱼FGF13a-2基因。结构域预测发现有受体结合位点和肝素结合位点,FGF基因编码蛋白的二级结构中α-螺旋占比为22.41%、β-转角占比为8.19%、延伸链占比为21.55%、无规卷曲占比为47.84%,具备FGF蛋白转录因子超家族特征。