对Deinococcus actinosclerus RM菌株分泌蛋白的预测

为探究Dactinosclerus actinosclerus RM菌株的分泌蛋白的氨基酸组成和信号肽序列的特点,基于该菌株的全基因测序结果,利用生物信息学知识和软件对其编码的基因进行了分析.结果表明:RM菌株有3869个基因,其中439个基因编码的蛋白质含有信号肽,这些蛋白质中含侧链基团较小的氨基酸残基(如丙氨酸、亮氨酸、甘氨酸、苏氨酸和缬氨酸)的数量多,占总数摩尔比49.72%;含侧链基团较大的氨基酸残基(如酪氨酸、甲硫氨酸、色氨酸和组氨酸)的数量少,占总数摩尔比为4.37%;RM菌株有321个胞外分泌型蛋白,84个分泌型膜蛋白.这些胞外分泌蛋白的信号肽中,富含疏水性氨基酸残基(摩尔比为63.65%),而带正电荷(摩尔比为9.15%)和负电荷(摩尔比为1.15%)的残基较少,信号肽的切割位点序列主要为X-A-X-A型.胞外分泌蛋白中含有10个(6种类型)的蛋白酶,这些蛋白酶的信号肽氨基酸残基组成基本相似,不以蛋白酶种类差异而具有差异.