多位点序列分析方法在克罗诺杆菌属菌株溯源分析上的应用

克罗诺杆菌(Cronobacter)是一种急性细菌病原体,最初因与新生儿重症监护室爆发的几起致死性疾病(脑膜炎,坏死性小肠结肠炎)相关而受到人们广泛关注。目前Cronobacter PubMLST基因组和序列定义数据库(http://pubmlst.org/cronobacter/)中已包含超过2400多株克罗诺杆菌分离菌株的序列信息,阪崎克罗诺杆菌1774株,丙二酸盐阳性克罗诺杆菌295株是其中的优势菌种,这些菌株共分离自40多个国家和地区。通过将7个位点的多位点序列分型(7-loci multilocus sequence typing,7-lociMLST)方案应用于2438株克诺罗菌株,共揭示了591种可定义的序列型(sequencetype,ST),其中ST4(334株)、ST1(280株)、ST7(78株)和ST13(67株)为主要序列型。7-lociMLST对于克罗诺杆菌的致病型分型鉴定有很大帮助,但由于MLST所针对的七个基因位点在基因组总量中占比较小,导致同一ST型中包含地理来源,分离时间,宿主等不相关的菌株,而对菌株溯源结果适得其反。为了解决这一问题,本研究进一步采用基于直系同源基因簇的多位点序列分析方法(Clusters of Orthologous Genes MLST, cogMLST(1865-loci)),对PubMLST中240株已完成全基因组测序的菌株,包括阪崎克罗诺杆菌ST1(67株),ST4(95株),ST13(43株)和丙二酸盐阳性克罗诺杆菌ST7(35株)进行了全基因组序列分析。结果显示,cogMLST可对ST型相同,但无相关性的菌株进行进一步分型,且不同聚类与菌株分离国家及来源之间存在一定相关性。这或许对于相同ST克罗诺杆菌属菌株的全球溯源分析及食源性疾病监测有较大帮助。

牛乳中蜡样芽孢杆菌高效环介导扩增检测方法建立

目的建立稳定的环介导恒温扩增体系(loop mediated isothermal amplification,LAMP)检测乳制品中蜡样芽孢杆菌的分析方法。方法设计5组引物,通过特异性、灵敏度等指标测试筛选出较好的引物对。后通过优化反应中关键试剂及浓度,检出蜡样芽孢杆菌。通过基因组干扰实验排除引物的假阳性干扰。并在牛奶中验证该方法的检测效率。结果最终筛选出一组特异性好的引物,该扩增方法经过优化后,在最适扩增体系可以检出10 fg/μL纯基因组DNA,用实时荧光定量实验进行对比验证可以检测出100 ag/μL的基因组DNA。抗干扰实验结果显示干扰组基因组核酸和培养菌液均对标准组无影响。该方法在检测牛乳中混合的菌落时呈现出良好的检测效果,可以检测出2.1×10^2 CFU/mL。结论本研究建立了高效、稳定、灵敏的恒温扩增体系,可以应用与牛奶中中蜡样芽孢杆菌的快速检测。

进境玫瑰鲜切花李属坏死环斑病毒的检测鉴定

近期上海口岸连续多次从进境的玫瑰鲜切花中检出我国检疫性有害生物李属坏死环斑病毒(Prunus necrotic ringspot virus,PNRSV),通过DAS-ELISA、RT-PCR、SYBR Green I实时荧光RT-PCR和序列分析等4种方法分别检测和复验该病毒,结果均为阳性,由此确定从进境玫瑰鲜切花中检出了PNRSV。同时本文分别检测玫瑰叶片、花瓣、茎干和花萼,结果均带有PNRSV,确定该病毒系统侵染玫瑰。

走进孔子体验祭孔

秋日的一天,《小主人报》二十余名小记者应邀参加了纪念孔子诞辰释典礼活动。那天早晨,天空下着大雨,雨水打湿了我们的裤腿,却浇不灭我们高昂的兴致。所有人都无比期待,对这次活动充满了好奇心。在车上,我们开始对同车参加祭孔的同学进行采访。