艾纳香叶绿体基因组密码子使用偏性分析

为了明确艾纳香叶绿体基因组密码子的使用偏性,以53条蛋白质编码序列为研究对象,利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP等对其密码子进行中性绘图、ENC-plot和PR2-plot分析。结果显示:(1)艾纳香叶绿体基因组密码子不同位置GC碱基含量为GC 1(45.20%)>GC 2(38.51%)>GC_(3)(29.20%),说明密码子末位碱基偏好以A/U结尾。(2)有效密码子数(ENC)取值范围是37.03~58.20,表明密码子偏性较弱。(3)相对同义密码子(RSCU)>1的密码子有30个,其中以A、U结尾的有29个。(4)GC_(3)和GC_(12)相关性不显著;ENC-plot中大部分基因分布于期望曲线周围和下方,ENC比值分布在-0.05~0.05区间的基因有34%;PR2-plot分析中,T的使用频率高于A,G的使用频率高于C;上述分析均表明密码子偏性主要受自然选择的影响。(5)筛选出16个密码子为最优密码子,多以A或U结尾。研究结果对指导艾纳香叶绿体基因进行遗传转化、提高外源基因的表达效率、系统进化分析等方面具有一定的意义。

matK序列在绞股蓝及其混伪品中的应用

用matK序列作为DNA条形码来区分绞股蓝及其混伪品雪胆、锥形果、棒槌瓜、乌蔹梅和崖爬藤。通过PCR扩增测序和在GenBank中下载的方式共获得16条matK序列,经比对后,用MEGA 6.0计算种间的K2P距离并基于该距离建立了系统发育邻接树(NJ),并计算了“barcodegap”。结果显示,绞股蓝与其混伪品雪胆、锥形果、棒槌瓜、乌蔹梅、崖爬藤种内种间遗传距离区分明显,可形成一个“gap”,系统发育树中6个物种中分成了两大支,葫芦科物种绞股蓝、雪胆、锥形果和棒槌瓜聚成了一支,葡萄科物种乌蔹梅和崖爬藤聚成了另一支,绞股蓝样品聚为单系并能够与其混淆品明显区分开。表明matK序列可作为区分绞股蓝和其常见混伪品的参考DNA条形码。

建始槭叶绿体基因组密码子使用偏性分析

利用CodonW1.4.2和CUSP在线程序,系统分析了50条建始槭叶绿体基因密码子的使用模式及其成因.结果表明:建始槭叶绿体基因组密码子的碱基组成呈GC_(3)<GC_(2)<GC_(1),说明其密码子偏爱以A、T结尾;有效密码子数(ENC)为37.96~56.37,同义密码子相对使用频率(RSCU)>1的密码子有30个,除UUG外,其余都以A、U结尾,以上说明其密码子使用偏性不强,且偏爱以A、U结尾.中性绘图分析显示,GC_(12)和GC_(3)相关系数为0.0132,相关性不显著;ENC-plot分析显示有64%的基因分布在-0.05~0.05区间外;PR2-plot分析显示碱基在密码子上的使用频率呈C>G、T>A的分布趋势;筛选出最优密码子16个.综上所述,建始槭叶绿体基因组密码子使用偏性主要受自然选择的影响.