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皖岳黑猪基因组遗传变异分析及特征SNPs挖掘
被引量:
1
1
作者
王静琳
刘阳光
+7 位作者
徐启隆
陈朔
邓在双
程诗雨
丁月云
郑先瑞
殷宗俊
张晓东
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第7期2783-2793,共11页
旨在揭示皖岳黑猪全基因组遗传变异情况,筛选皖岳黑猪特征分子标记SNP位点。本研究随机选取体重达110 kg的24头皖岳黑猪进行全基因组重测序,检测皖岳黑猪全基因组变异类型、分析群体遗传多样性参数;结合公共数据库信息,下载北京黑猪、...
旨在揭示皖岳黑猪全基因组遗传变异情况,筛选皖岳黑猪特征分子标记SNP位点。本研究随机选取体重达110 kg的24头皖岳黑猪进行全基因组重测序,检测皖岳黑猪全基因组变异类型、分析群体遗传多样性参数;结合公共数据库信息,下载北京黑猪、杜洛克、大白猪、蓝塘猪、民猪、深县黑猪的SNPs信息,利用挑选最大分类能力方法,将7个品种133个个体的SNPs分成两个数据集,进行皖岳黑猪特征位点选择,并对筛选到的SNPs进行基因功能注释。全基因组重测序分析结果显示,皖岳黑猪群体共获得31534384个SNPs,43673个SVs,3258个CNVRs,并筛选出33个皖岳黑猪特异位点;对33个SNP位点所注释基因进行功能富集分析,发现它们与生长(SUSD4、NELL1、GPC6)、繁殖(KHDRBS2、CRISP1)、免疫(NECTIN1)、神经调节及环境适应性(GRIK4)相关;群体遗传结构分析结果显示,皖岳黑猪有效群体较小为4.2,个体间的遗传距离在0.1574~0.2873之间,平均为0.2435±0.0222;皖岳黑猪群体期望杂合度为0.320,观察杂合度为0.328,多态性标记比例为0.788,多态性较为丰富;皖岳黑猪基因组ROH总长度在14.6~178.0 Mb,平均ROH长度为(61±9.4)Mb,群体近交系数较低,为0.025±0.004。综上,皖岳黑猪基因组遗传变异位点丰富,证明了皖岳黑猪在选育过程中保留了较丰富的遗传多样性,个体间遗传距离较远。结果为皖岳黑猪的持续选育提供了科学参考。
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关键词
皖岳黑猪
全基因组重测序
基因组遗传变异
特征SNPs
遗传结构
下载PDF
职称材料
基于RNA-seq筛选白藜芦醇致猪卵巢颗粒细胞凋亡的可变剪接基因
被引量:
4
2
作者
章会斌
韩政
+6 位作者
刘阳光
周忍
陈一歌
许黎明
徐启隆
殷宗俊
张晓东
《中国畜牧杂志》
CAS
北大核心
2022年第8期36-44,共9页
本研究旨在探究参与白藜芦醇(Resveratrol,RES)诱导猪卵巢颗粒细胞(Porcine Ovarian Granulosa Cells,pGCs)凋亡的可变剪接基因。实验以50、100μmol/LRES处理pGCs,并设置空白对照,利用转录组测序(RNA-seq)技术分析3组之间差异可变剪接...
本研究旨在探究参与白藜芦醇(Resveratrol,RES)诱导猪卵巢颗粒细胞(Porcine Ovarian Granulosa Cells,pGCs)凋亡的可变剪接基因。实验以50、100μmol/LRES处理pGCs,并设置空白对照,利用转录组测序(RNA-seq)技术分析3组之间差异可变剪接基因的表达谱,对差异可变剪接基因进行GO和KEGG富集分析,通过qRT-PCR验证RNA-seq数据。结果表明,与对照组相比,低浓度组有198种基因参与了236个可变剪接事件,高浓度组有603种基因发生了779个可变剪接事件。在log2|FoldChange|>1、P<0.05条件下,分别在低浓度组筛选到6个、高浓度组筛选到35个差异可变剪接基因。GO分析显示,差异可变剪接基因主要参与生物学过程条目。KEGG分析发现,显著富集的通路均与激素分泌及代谢途径相关,如卵巢类固醇生成信号通路、氨基酸代谢相关信号通路等。进一步从中筛选出可能参与RES诱导pGCs凋亡的关键基因(AKR1C1、GLUL、SARDH、MADD基因)。综上,RES通过影响pGCs中基因的可变剪接,从而影响相关信号通路和生物学功能;同时,筛选出的关键基因可作为进一步研究RES调控pGCs凋亡机制的候选靶标。
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关键词
白藜芦醇
颗粒细胞
转录组测序
可变剪接
猪
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职称材料
中国人情社会下社会工作双重关系的伦理困境分析
3
作者
徐启隆
《区域治理》
2022年第1期161-164,共4页
中国自古以来素有“熟人之间好办事”的价值理念,在熟人社会的大环境下,社会工作者与服务对象建立专业关系并开展服务的过程中,往往会遭遇到双重关系这样难以处理的伦理困境。本文通过文献研究法,对双重关系的定义进行分析,并以实际的案...
中国自古以来素有“熟人之间好办事”的价值理念,在熟人社会的大环境下,社会工作者与服务对象建立专业关系并开展服务的过程中,往往会遭遇到双重关系这样难以处理的伦理困境。本文通过文献研究法,对双重关系的定义进行分析,并以实际的案例,对双重关系的伦理困境进行研究,从而得出双重关系伦理困境产生的原因和影响,在此基础上,对避免和处理双重关系的伦理困境提出建议和措施。
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关键词
社会工作伦理
双重关系
人情社会
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职称材料
题名
皖岳黑猪基因组遗传变异分析及特征SNPs挖掘
被引量:
1
1
作者
王静琳
刘阳光
徐启隆
陈朔
邓在双
程诗雨
丁月云
郑先瑞
殷宗俊
张晓东
机构
安徽农业大学动物科技学院
出处
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第7期2783-2793,共11页
基金
国家自然科学基金(31972531)
安徽省高校协同创新项目(GXXT-2021-055)
+2 种基金
安徽省地方猪新品种(系)培育及创新利用联合攻关项目(340000211260001000431)
国家重点研发计划(2021YFD1301200)
安徽省科技重大专项(202103a06020013)。
文摘
旨在揭示皖岳黑猪全基因组遗传变异情况,筛选皖岳黑猪特征分子标记SNP位点。本研究随机选取体重达110 kg的24头皖岳黑猪进行全基因组重测序,检测皖岳黑猪全基因组变异类型、分析群体遗传多样性参数;结合公共数据库信息,下载北京黑猪、杜洛克、大白猪、蓝塘猪、民猪、深县黑猪的SNPs信息,利用挑选最大分类能力方法,将7个品种133个个体的SNPs分成两个数据集,进行皖岳黑猪特征位点选择,并对筛选到的SNPs进行基因功能注释。全基因组重测序分析结果显示,皖岳黑猪群体共获得31534384个SNPs,43673个SVs,3258个CNVRs,并筛选出33个皖岳黑猪特异位点;对33个SNP位点所注释基因进行功能富集分析,发现它们与生长(SUSD4、NELL1、GPC6)、繁殖(KHDRBS2、CRISP1)、免疫(NECTIN1)、神经调节及环境适应性(GRIK4)相关;群体遗传结构分析结果显示,皖岳黑猪有效群体较小为4.2,个体间的遗传距离在0.1574~0.2873之间,平均为0.2435±0.0222;皖岳黑猪群体期望杂合度为0.320,观察杂合度为0.328,多态性标记比例为0.788,多态性较为丰富;皖岳黑猪基因组ROH总长度在14.6~178.0 Mb,平均ROH长度为(61±9.4)Mb,群体近交系数较低,为0.025±0.004。综上,皖岳黑猪基因组遗传变异位点丰富,证明了皖岳黑猪在选育过程中保留了较丰富的遗传多样性,个体间遗传距离较远。结果为皖岳黑猪的持续选育提供了科学参考。
关键词
皖岳黑猪
全基因组重测序
基因组遗传变异
特征SNPs
遗传结构
Keywords
Wanyue black pig
whole-genome re-sequencing
genome genetic variation
characteristic SNP sites
genetic structure
分类号
S828.2 [农业科学—畜牧学]
下载PDF
职称材料
题名
基于RNA-seq筛选白藜芦醇致猪卵巢颗粒细胞凋亡的可变剪接基因
被引量:
4
2
作者
章会斌
韩政
刘阳光
周忍
陈一歌
许黎明
徐启隆
殷宗俊
张晓东
机构
安徽农业大学动物科技学院
地方畜禽遗传资源保护与生物育种安徽省重点实验室
出处
《中国畜牧杂志》
CAS
北大核心
2022年第8期36-44,共9页
基金
国家自然科学基金(31972531)
安徽省高校协同创新项目(GXXT-2021-055)
+1 种基金
安徽省地方猪新品种(系)培育及创新利用联合攻关项目(340000211260001000431)
国家重点研发计划(2021YFD1301200)。
文摘
本研究旨在探究参与白藜芦醇(Resveratrol,RES)诱导猪卵巢颗粒细胞(Porcine Ovarian Granulosa Cells,pGCs)凋亡的可变剪接基因。实验以50、100μmol/LRES处理pGCs,并设置空白对照,利用转录组测序(RNA-seq)技术分析3组之间差异可变剪接基因的表达谱,对差异可变剪接基因进行GO和KEGG富集分析,通过qRT-PCR验证RNA-seq数据。结果表明,与对照组相比,低浓度组有198种基因参与了236个可变剪接事件,高浓度组有603种基因发生了779个可变剪接事件。在log2|FoldChange|>1、P<0.05条件下,分别在低浓度组筛选到6个、高浓度组筛选到35个差异可变剪接基因。GO分析显示,差异可变剪接基因主要参与生物学过程条目。KEGG分析发现,显著富集的通路均与激素分泌及代谢途径相关,如卵巢类固醇生成信号通路、氨基酸代谢相关信号通路等。进一步从中筛选出可能参与RES诱导pGCs凋亡的关键基因(AKR1C1、GLUL、SARDH、MADD基因)。综上,RES通过影响pGCs中基因的可变剪接,从而影响相关信号通路和生物学功能;同时,筛选出的关键基因可作为进一步研究RES调控pGCs凋亡机制的候选靶标。
关键词
白藜芦醇
颗粒细胞
转录组测序
可变剪接
猪
Keywords
Resveratrol
Granulosa cells
Transcriptome sequencing
Alternative splicing
Pig
分类号
S828.2 [农业科学—畜牧学]
下载PDF
职称材料
题名
中国人情社会下社会工作双重关系的伦理困境分析
3
作者
徐启隆
机构
浙江工商大学
出处
《区域治理》
2022年第1期161-164,共4页
文摘
中国自古以来素有“熟人之间好办事”的价值理念,在熟人社会的大环境下,社会工作者与服务对象建立专业关系并开展服务的过程中,往往会遭遇到双重关系这样难以处理的伦理困境。本文通过文献研究法,对双重关系的定义进行分析,并以实际的案例,对双重关系的伦理困境进行研究,从而得出双重关系伦理困境产生的原因和影响,在此基础上,对避免和处理双重关系的伦理困境提出建议和措施。
关键词
社会工作伦理
双重关系
人情社会
分类号
C916 [经济管理]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
皖岳黑猪基因组遗传变异分析及特征SNPs挖掘
王静琳
刘阳光
徐启隆
陈朔
邓在双
程诗雨
丁月云
郑先瑞
殷宗俊
张晓东
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023
1
下载PDF
职称材料
2
基于RNA-seq筛选白藜芦醇致猪卵巢颗粒细胞凋亡的可变剪接基因
章会斌
韩政
刘阳光
周忍
陈一歌
许黎明
徐启隆
殷宗俊
张晓东
《中国畜牧杂志》
CAS
北大核心
2022
4
下载PDF
职称材料
3
中国人情社会下社会工作双重关系的伦理困境分析
徐启隆
《区域治理》
2022
0
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职称材料
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