36个X-STR基因座在汉族人群中的遗传多态性荟萃分析

通过对选取的16篇文献中中国汉族群体的X-STR基因座相关参数(汉族群体来源包括广东、上海、云南、河南、北京、贵州、四川、海南、河北,检测试剂盒有Argus X12、Goldeneye 17X、AGCU X19、Microreader X19、Typer X19,等位基因频率大多基于百人份)进行荟萃分析,获取36个X-STR基因座(DXS6807、DXS9895、DXS10148、DXS10135、DXS8378、DXS9902、DXS6795、DXS6810、DXS10159、DXS10162、DXS10164、DXS7132、DXS10079、DXS10074、DXS10075、DXS981、DXS6800、DXS6803、DXS6809、DXS6789、DXS7424、DXS101、DXS7133、GATA172D05、GATA165B12、DXS10103、HPRTB、DXS10101、GATA31E08、DXS8377、DXS10134、DXS7423、DXS9907、DXS10146、DXS6797、DXS6804)在中国汉族人群中基于超1000个无关个体的等位基因频率,为涉及的X-STR亲缘关系鉴定似然率计算提供频率数据。通过荟萃分析发现16篇文献涉及汉族无关个体共8767人,36个X-STR基因座共572个等位基因,其中29个基因座的等位基因数目在基于超1000个无关个体计算后都有不同程度增加,DXS10135、DXS10134、DXS10148、DXS10079的等位基因数目增加均超5个。荟萃分析后获得的中国汉族群体36个X-STR基因座等位基因类型更齐全、等位基因频率更准确,可作为X-STR检验中计算亲缘关系似然率等参数的重要参考。

微生物群落演替在死亡时间推断中的研究进展

死亡时间推断是法医学实践中的重点和难点,国内外法医学者一直在探寻客观、可量化和准确的死亡时间推断方法。随着高通量测序技术和人工智能技术的发展与结合,根据死后尸体相关的微生物群落演替规律建立死亡时间推断模型,成为法医学领域的研究热点。本文就利用高通量测序技术探究微生物群落在死亡时间推断中的技术方法、研究应用及影响因素等方面进行综述,为利用微生物群落推断死亡时间的相关研究提供参考。

59个Y-STR基因座的法医学多态性应用效能评估

为了评估法医学DNA数据库建设中涉及的59个Y-STR基因座的遗传多态性和法医学应用效能,通过AGCU Y SUPP PLUS试剂盒和AGCU Y37试剂盒检测374个广东汉族无关男性个体,将检测出的59个Y-STR基因座按照突变率的高低进行分类组合和统计分析。结果显示,59个Y-STR基因座联合运用在374个无关男性个体中检出了374个单倍型,其中44个中低突变Y-STR组合、15个高快突变Y-STR组合分别检出373和372个单倍型。59个Y-STR的基因多态性数值分布在0.0551(DYS645)~0.9580(DYF387S1 a/b)之间。结果表明,这59个Y-STR在广东汉族群体中均具有良好的多态性,按中低突变Y-STR组合和高快突变Y-STR组合研发新的检测体系可更好地满足法医实践的不同需求。

D18S51基因座等位基因侧翼序列四碱基缺失3例

3例无关人员口腔拭子经DNA提取后采用AGCU EX20、AGCU EX30、VeriFiler Plus和PowerPlex?21四种试剂盒检测,同一样本在D18S51基因座获得了相差1个重复单元的两种等位基因分型。本文利用Sanger测序法分别对上述3例人员样本的D18S51基因座及上下游区域进行检测。经序列比对,发现3个样本的基因组中D18S51基因座下游chr18:63281892-63281895位置均存在[GTTT]的四碱基缺失。建议针对D18S51基因座设计引物时,应选择在上述碱基缺失位置上游区域进行。

茉莉酸甲酯和脱落酸对绿豆下胚轴生长的影响

高浓度(10-4mol/L)的茉莉酸甲酯(methyljasmonate,MeJA)和(10-4～10-6mol/L)脱落酸(abscisicacid,ABA)对绿豆下胚轴的生长均有抑制作用,ABA的抑制效果比MeJA明显。低浓度(10-9～10-7mol/L)的MeJA却有轻微的促进作用,但ABA有轻微的抑制作用。实验表明,MeJA影响下胚轴的生长,主要是通过胞壁的离子结合型的过氧化物酶和IAA氧化酶起作用,ABA则主要是通过可溶性POD和IAA氧化酶影响绿豆下胚轴的生长。

骨骼取样设备的研发及试用

目的研发一种可对骨骼进行前期消毒、电动取样、快速收集样品的设备。方法设计制造机械模型,模拟手工钻取骨粉模式,钻取骨骼,比较取样量、取样时间、消化效果、STR分型结果。结果研发的骨骼取样设备实现了多个功能模块(垂直机械取样模块、机械臂固定水平移动模块、样本收集模块、照明及消毒模块、电气控制模块)的有机整合,取样时间更短,样本更易消化,STR分型成功率与手工取样无显著差异。结论使用研发的骨骼取样设备钻取骨粉提取的DNA样本STR分型效果满意,在实际案件中有良好的应用前景。

微量口腔脱落细胞检材的DNA检验

目的寻求提高微量口腔脱落细胞检材的DNA检验成功率的简便有效的提取方法。方法对不同载体上的100份微量口腔脱落细胞检材采用小体积Chelex-100法提取DNA,在ABI7500型荧光定量PCR仪上进行定量,同时用IdentifilerTM复合扩增系统扩增,在ABI3130遗传分析仪上进行STR分型。结果从25根饮料吸管上提取的DNA量在0.72～116.7.8ng,16个水杯杯缘提取的DNA量在2.15-142.5ng,31个饮料瓶(罐)口提取的DNA量在1～34.65ng,10根筷子上提取的DNA量在3.35～26.6ng,12个果核中提取的DNA量在0.294～21.4ng,6份吃剩的骨头中提取的DNA量在0.88～5.88ng。100份检材性别及9个以上STR位点分型成功率平均为59.38%。除了使用者的个人原因外,检材的提取送检方式、检材的质地、饮料的性质对提取的DNA量有显著影响,是否加蛋白酶K对提取的DNA量无显著影响。结论采用小体积Chelex-100法可对60%左右的微量口腔脱落细胞检材提取DNA进行STR分型。

检测藻类16SrDNA特异性片段在溺死诊断中的应用

目的建立藻类16Sr DNA特异性片段扩增方法,探讨其在溺死诊断中的应用价值。方法 35只实验兔随机分组:生前入水组(溺死组)15只,死后入水组(空气栓塞致死后入水)15只,对照组(空气栓塞死后不作处理)5只;微波消解-真空抽滤-电镜扫描法检测过的20例水中尸体肝脏样本20份(硅藻阳性14份,阴性6份)。7种已知藻(直链藻、菱形藻、针杆藻、舟形藻,铜绿微囊藻,小环藻,小球藻)作为对照。提取组织样本及藻类DNA,扩增产物银染显带。结果生前入水组肺、肝、肾检出率分别为100%,86%,86%;死后入水组肺、肝、肾检出率分别为13%,0%,0%。对照组肺、肝、肾藻类未检出。生前入水组与死后入水组各种脏器中藻类检出率差异显著(P<0.05)。20份经微波消解-真空抽滤-电镜扫描法检测的水中尸体肝脏样本中,使用本方法15份样本结果为阳性(包括1份硅藻阴性样本)。7种藻类DNA扩增结果为阳性。结论本文所建立的PCR法检测藻类16Sr DNA灵敏度高,可对多种溺死藻类同时检测,有较好的应用前景。

肺组织硅藻定量分析在实验动物溺死诊断中的应用

目的探讨肺组织硅藻检验在法医学溺死诊断中的应用价值。方法将实验动物随机分为溺死组、死后入水组和陆地死亡组,采用微波消解-真空抽滤-扫描电镜联用的硅藻检验方法对肺组织和溺液硅藻进行定量分析,记录肺组织与溺液硅藻含量的比值(ratio of content of diatoms in lung tissue and drowning fluid,C_L/C_D)。结果溺死组实验兔的C_L/C_D值(5.82±3.50)高于死后入水组(0.47±0.35);溺死组实验猪肺叶不同部位的C_L/C_D值均高于死后入水组;在海水、咸淡水交界、河道淡水及湖泊淡水中,溺死组实验猪的C_L/C_D值均高于死后入水组(P<0.05)。动物实验中,C_L/C_D值>1.6的案例均来自溺死组。结论C_L/C_D值是溺死诊断中有较好应用前景的指标。

溺死地点推断的研究进展

水中尸体是法医学实践中常见的类型之一。水中尸体的发现地往往不是其实际落水溺死的地点,而确定落水点对于寻找尸源至关重要。异物颗粒、硅藻、细菌等水中无机物颗粒和浮游生物等是应用于溺死诊断较有价值的标记物,通过比较组织器官与可疑溺液中的异物颗粒、浮游生物,根据其类型及分布情况的相似度可以推断溺死地点,且具有一定的实际应用价值。本文对有关溺死地点推断的方法进行分析和总结,旨在为同行进行溺死地点推断研究提供参考。

茉莉酸甲酯对烟草愈伤组织一些活性氧生成和相关酶活性的影响

烟草愈伤组织用茉莉酸甲酯(MJ, 1mgml-1)处理;同时将愈伤组织在含AIP(0.1mmol/L,水杨酸合成抑制剂)和/或AOA(1mmol/L,乙烯合成抑制剂)的MS培养基上进行暗培养,测定在活性氧产生和脂质过氧化中起作用的相关酶活性及一些代谢物的含量。结果表明,茉莉酸甲酯能激活超氧阴离子的产生,提高脂氧合酶同工酶1(LOX1)的活性从而启动脂质过氧化,对脂氧合酶同工酶3(LOX3)没有明显影响;降低过氧化氢(H2O2)的含量、超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化氢酶(CAT)及抗坏血酸过氧化物酶(APX)等保护酶的活性,减少了膜脂过氧化中有毒物质丙二醛(MDA)的含量。AIP和AOA都对MJ的作用有不同程度的影响。MJ调节超氧阴离子和过氧化氢生成以及相关酶活性是通过不同的信号转导途径,MJ调节超氧阴离子和MDA生成、SOD和APX活性很可能是通过乙烯起作用,且对MDA生成和APX活性的调节可能通过水杨酸起作用;MJ直接调节LOX1活性,但对LOX3活性没有明显作用。

DNA IQ磁珠法结合Maxwell^(TM) 16自动仪提取接触DNA

目的研究DNA IQ磁珠法结合MaxwellTM 16自动仪对接触DNA提取的应用价值。方法 151份案件接触DNA检材95℃裂解后,采用DNA IQ磁珠法结合MaxwellTM 16自动仪提取DNA,然后进行DNA定量和STR分型检测,统计各种类型的接触DNA含量I、PC CT值和STR分型成功率。结果 151份案件接触DNA检材中,除果核平均DNA获得量为9.51ng以外,其它接触检材的平均DNA获得量均大于10ng,烟蒂检验成功率最高为93%,果核检验成功率较低,为60%。所有DNA样品的IPC CT值均在27左右,纯度高。结论大部分接触DNA检材采用DNA IQ磁珠法结合MaxwellTM 16自动仪可提取到足以进行STR分型的DNA。

蓝猪耳再生系统的建立

采用4因子3水平的正交设计,研究外植体种类、NAA、6-BA和光照处理对蓝猪耳愈伤组织诱导的影响,结果表明,光照下带有根的完整植株生长在MS+NAA0.5mg/L+6-BA2mg/L的培养基上能够诱导出大量的愈伤组织。比较了不同外植体在诱导愈伤组织出现的时间、形态、质地和颜色等方面的差别。无菌苗的幼叶在培养基MS+NAA0.1mg/L+6-BA2mg/L中不定芽诱导率最高,达到81.3%,在MS+NAA0.1mg/L+6-BA0.5mg/L培养基上有效不定芽数最多,在MS+NAA0.1～0.5mg/L培养基中无根的植株能够诱导出大量的不定根。

Chelex-100法提取脱落细胞检材DNA的实时定量研究

目的研究脱落细胞检材DNA检验的简便有效的提取方法。方法对76份包括帽子、眼镜、牙刷、剃须刀、梳子、口香糖、羊水在内的7种脱落细胞检材采用Chelex-100法提取DNA,在ABI7500型荧光定量PCR仪上进行定量,同时用Identifiler复合扩增系统扩增,在ABI3130遗传分析仪上进行STR分型。结果从帽子(头套)中获得的脱落细胞DNA平均含量为8.31ng,眼镜擦拭物上获得的脱落细胞DNA平均含量为6.20ng,牙刷上获得的脱落细胞DNA平均含量为49.40ng,剃须刀擦拭物上获得的脱落细胞DNA平均含量为6.92ng、梳子擦拭物上获得的的脱落细胞DNA平均含量为10.68ng,口香糖的脱落细胞DNA平均含量为16.30ng,羊水的脱落细胞DNA平均含量为320ng。以上76份检材性别及10个以上STR位点分型成功率为75.8%。结论从帽子、眼镜、牙刷、剃须刀、梳子、口香糖、羊水等检材提取的脱落细胞可用Chelex-100法提取DNA作STR分型。

茚三酮薰显法在人体接触细胞发现采集中的应用

目的研究茚三酮薰显法在人体接触细胞发现采集中的应用价值。方法对衣服、口罩、棍棒等可疑人体接触细胞检材258份,采用1%茚三酮溶液进行显色反应,然后用磁珠法提取DNA,并进行DNA定量和STR检测。结果可疑人体接触细胞检材中有172份显色反应阳性,其中115份检出的DNA浓度在0.02ng/μL以上并检出6个以上STR基因座的基因型,检出率为66.86%;显色反应阴性的86份检材均未检出DNA浓度或成功进行STR基因型。结论茚三酮薰显技术可用于指导案件人体接触细胞的发现采集。

水中尸体溺死诊断的机遇与挑战

全世界每年约有37.2万人溺死,其中我国约为6万人。溺死已经成为全世界人群意外死亡的第三大死因,水中尸体也成为法医学实践中最常见的尸体类型之一。但是水中尸体的死因并不都是溺死,也可能是在落水前死于自然疾病、在水中死于自然疾病、死于损伤后被抛入水、在水中死于损伤或者死于水淹没的影响(如休克)等。

Chelex法和两种磁珠法提取接触DNA效果的比较

目的比较Chelex法、DNA IQ磁珠法、EQ国产磁珠法对接触DNA的提取效果。方法将稀释为10ng、100ng的标准品DNA,分别采用Chelex法、DNA IQ磁珠法、EQ国产磁珠法处理;对30例烟蒂和30例牙刷分别采用Chelex法、DNA IQ磁珠法和EQ国产磁珠法提取DNA,然后进行PCR定量和STR检测。结果Chelex法对DNA的提取无损失,DNA IQ磁珠法、EQ国产磁珠法对DNA的提取均有不同程度的损失;烟蒂、牙刷等检材采用Chelex法提取的接触DNA量和IPC CT值显著高于IQ磁珠法、EQ国产磁珠法,但STR检验成功率却低于IQ磁珠法、EQ国产磁珠法。2种磁珠法提取的DNA量、IPC CT值和STR检验成功率无显著性差异。结论污染轻、杂质少的接触DNA检材,用Chelex法提取最为方便快捷;IQ磁珠法、EQ国产磁珠法更适合污染接触DNA检材的提取及自动化操作。

溺死相关硅藻rbcL基因检测技术研究

目的:筛选硅藻叶绿体核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶大亚基(large subunit of ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase oxygenase,rbc L)基因的特异性引物,建立溺死尸体组织内硅藻rbc L基因的聚合酶链式反应-毛细管电泳(polymerase chain reactioncapillary electrophoresis,PCR-CE)检测方法,探讨在溺死诊断中的应用价值。方法:采用荧光标记引物扩增硅藻rbc L基因,对21种标准藻株、5种浮游水生标准菌株、3种人体共生标准菌株和人类DNA扩增产物进行PCR-CE检测,验证引物特异性和灵敏度。检测溺死尸体组织样本中硅藻,并比对微波消解-真空抽滤-自动扫描电镜法(microwave digestion-vacuum filtration-automated scanning electron microscopy,MD-VF-Auto SEM)检测结果。结果:使用引物ND-rbc L对21种标准藻株、5种浮游水生标准菌株、3种人体共生标准菌株和人类DNA进行扩增,其中舟形藻、菱形藻、小环藻、变异直链藻、针杆藻和骨条藻6种硅藻的CE检测结果为阳性,DNA片段为197 bp,其他为阴性。6种硅藻DNA检测阳性的灵敏度分别为0.502、0.117、0.029、0.042、0.275和0.215 ng(20μL扩增体系)。PCR-CE方法检测35例尸体(3例陆地正常死亡尸体,2例水中发现非溺死尸体,30例溺死尸体)的组织样本,肺脏、肝脏和肾脏硅藻检出率分别为100%、63.3%和53.3%,检测总阳性率为83.3%。当溺水死亡尸体脏器组织内硅藻含量>10个/10 g时,使用MD-VF-Auto SEM方法检测,其检测总阳性率为100%,PCR-CE方法检测,其检测总阳性率为92.6%,两者对检测溺死尸体脏器中硅藻阳性率无统计学差异(χ2=2.077,P=0.491);当硅藻含量<10个/10 g时,PCR-CE方法检测为阴性,与MD-VF-Auto SEM方法检测溺死尸体各种脏器中硅藻阳性率具有统计学差异(P<0.05)。结论:基于ND-rbc L引物建立的PCR-CE法能快速检测硅藻rbc L基因,所需检材量小,易于推广,在溺死诊断中有较好地应用前景。

PCR毛细管电泳法检测嗜水气单胞菌gyrB和16SrRNA基因：溺死诊断方法

目的建立嗜水气单胞菌gyr B和16SrRNA基因PCR毛细管电泳检测方法,探讨它们在淡水溺死诊断中的应用价值。方法提取人、18种浮游生物(白色念珠菌、嗜水气单胞菌及16种藻类),以及经微波消解-真空抽滤-电镜扫描法检测过的30例尸体(其中生前淡水溺死28例,陆地自然死亡2例)的组织样本的DNA(肺、肝、肾各1份/例),分别使用引物AH(gyr B基因)及引物Ah(16SrRNA基因)进行扩增,扩增产物用毛细管电泳法检测。结果人、白色念珠菌、16种藻类DNA扩增后毛细管电泳检测结果均为阴性,而嗜水气单胞菌结果均为阳性,其产物大小分别为195 bp,350 bp。分别利用引物AH和Ah对28例淡水溺死尸体样本肺、肝、肾进行PCR毛细管法进行检测,嗜水气单胞菌的检出率:AH分别为96.4%,71.4%,60.7%;Ah分别为75.0%,42.9%,32.1%,计算得到溺死者的体循环脏器中嗜水气单胞菌检验的总阳性率分别为82.1%,53.6%,2例陆地自然死亡案件尸体样本检测结果均为阴性。两对引物AH与Ah对嗜水气单胞菌检出率有显著性差异(P<0.05)。结论 PCR毛细管电泳法检测嗜水气单胞菌gyr B基因用于诊断淡水溺死灵敏度较高,可作为诊断的辅助性方法;联用16SrRNA基因可提高该菌的检出率,增强MDVF-Auto SEM法诊断淡水溺死的证据力。

绿藻ChlB基因和蓝藻NIES基因在溺死相关浮游生物检测中的应用

目的利用绿藻ChlB基因和蓝藻NIES基因,建立聚合酶链反应-毛细管电泳(polymerase chain reaction-capillary electrophoresis,PCR-CE)检测方法,验证该方法的特异性和灵敏度,并探讨其在溺死诊断中的应用价值。方法针对GenBank中绿藻ChlB基因和蓝藻NIES基因的保守序列,设计特异性引物ChlB和引物NIES,以此构建PCR-CE检测方法。扩增50种标准样本DNA。阳性标准样本梯度浓度检测,确定灵敏度。检测25例尸体肺组织样本(溺死20例,自然死亡5例),同时比较微波消解-真空抽滤-自动扫描电镜法(microwave digestion-vacuum filtration-automated scanning electron microscopy,MD-VF-Auto SEM)的同步检测结果。结果引物ChlB和引物NIES最低检测DNA含量分别为0.161、0.109ng,可分别特异性扩增水体广泛存在的绿藻(蛋白核小球藻)和蓝藻[铜绿微囊藻(产毒及不产毒)],产物片段分别为156、182bp,非溺死器官组织检测结果均为阴性。结论构建的方法灵敏度高、特异性好,能很好地应用于溺死相关浮游生物检测,与MD-VF-Auto SEM法联用,可以增大溺死相关浮游生物的检测范围,提高溺死诊断的证据力。