基于囊泡介导的转运相关基因构建透明细胞肾细胞癌预后模型和列线图

目的:探讨囊泡介导的转运相关基因(VMTGs)与透明细胞肾细胞癌(ccRCC)预后的关系,构建预后风险评分模型及列线图。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达数据库(GEO)分别获取601例和55例信息完整的ccRCC临床和转录组数据,从Reactome数据库下载722个VMTGs。使用"DEseq2"R包分析得到TCGA中肿瘤和正常样本的差异表达基因(DEGs),与VMTGs取交集得到142个差异表达的VMTGs,其中96个上调基因,46个下调基因。通过单因素Cox分析筛选得到59个预后相关基因。依次通过最小绝对值收敛与选择算子(LASSO)回归、逐步回归分析及多因素Cox分析构建模型。根据模型评分将患者分为高、低风险组,Kaplan-Meier生存曲线分析高、低风险组的生存差异。用GEO数据集对风险评分模型进行验证,分析高、低风险组生存差异。通过单因素和多因素Cox分析评估风险评分模型的预后价值。结合风险模型评分和临床特征构建列线图。结果:通过分析得到7个预后相关的VMTGs[驱动蛋白家族成员18B(KIF18B)、分拣蛋白1(SORT1)、溶质载体家族18成员A3(SLC18A3)、驱动蛋白家族成员13B(KIF13B)、血清淀粉样蛋白A1(SAA1)、锚蛋白3(ANK3)以及缝隙连接蛋白β1(GJB1)],用于构建风险评分模型,低风险组的预后优于高风险组,差异有统计学意义(χ^(2)=57.0,P<0.01)。接受者操作特性曲线(ROC)中1、3、5年曲线下面积(AUC)分别为0.785、0.740、0.739,提示风险评分模型具有良好的预测效能。GEO队列中低风险组的预后优于高风险组,差异有统计学意义(χ^(2)=5.6,P<0.05),且1、3、5年的AUC分别为0.914、0.873、0.763,表明预测预后效能较好。单因素[风险比(HR)=2.718,95%置信区间(CI)=2.253~3.280,P<0.01]和多因素(HR=2.100,95%CI=1.717~2.570,P<0.01)Cox分析结果显示风险评分模型是独立的预后因素。列线图1、3、5年的AUC(分别为0.869、0.812、0.783)表明预测预后效能较好。校准曲线和决策曲线(DCA)显示列线图的预测准确性较好。结论:基于VMTGs的风险评分模型及列线图可以准确预测ccRCC患者的预后生存,且能对患者进行有效分层。

胞质分裂蛋白调节因子1通过激活黏附斑激酶调控膀胱癌细胞的迁移和侵袭

目的探讨胞质分裂蛋白调节因子1(PRC1)对膀胱癌细胞迁移和侵袭的影响及黏附斑激酶(FAK)在其中的作用。方法设计合成靶向抑制PRC1的小干扰RNA(siRNA),分别转染人膀胱癌细胞系EJ和T24,两种细胞系各分为对照组(转染对照siRNA)和敲低组(转染PRC1 siRNA),通过实时荧光定量聚合酶链反应(PCR)和蛋白质免疫印迹法检测两组PRC1、FAK、桩蛋白(Paxillin)的mRNA和蛋白质表达水平以及FAK和Paxillin的磷酸化水平。通过细胞迁移和侵袭实验分析两组的迁移和侵袭能力。采用t检验进行组间比较。结果敲低组EJ、T24细胞PRC1 mRNA表达量(0.43±0.11、0.55±0.07)低于对照组(1.00±0.19、1.00±0.20,t=4.533、3.699,P<0.05)。敲低组FAKmRNA表达量(0.95±0.05、1.09±0.14)与对照组差异无统计学意义(1.00±0.20、1.00±0.20,t=0.423、0.622,P>0.05)。敲低组PaxillinmRNA表达量(1.12±0.01、1.02±0.10)相较对照组差异无统计学意义(1.00±0.08、1.00±0.04,t=2.521、0.360,P>0.05)。敲低组EJ、T24细胞FAK和Paxillin蛋白质表达量(0.90±0.02、0.99±0.02和0.93±0.01、1.10±0.02)相较对照组差异无统计学意义(0.88±0.12、0.99±0.01和0.91±0.30、1.08±0.02,t=0.714、0.147和0.806、1.019,P>0.05)。敲低组EJ、T24细胞FAK和Paxillin蛋白质磷酸化水平(0.25±0.02、0.20±0.01和0.47±0.02、0.84±0.04)显著低于对照组(2.22±0.30、2.73±0.15和0.86±0.02、1.13±0.04,t=11.510、28.390和20.450、8.576,P<0.01)。迁移实验中敲低组穿越的细胞数[(38.33±3.21)、(34.67±2.52)个]显著少于对照组[(114.00±7.55)、(71.33±4.04)个,t=15.970、13.340,P<0.01],差异有统计学意义。侵袭实验中敲低组穿越的细胞数[(24.67±3.21)、(29.00±3.00)个]显著少于对照组[(84.00±5.56)、(69.33±3.21)个,t=15.980、15.890,P<0.01]差异有统计学意义。结论下调PRC1的表达可通过抑制FAK的磷酸化降低膀胱癌细胞的迁移和侵袭能力.

基于内质网应激基因膀胱癌预后风险模型的构建

目的构建与膀胱癌预后相关基于内质网应激基因的临床基因模型。方法在分子特征数据库(MSigDB)中筛选到9165个与内质网应激相关的基因集,运用生物信息学技术对癌症基因图谱(TCGA)数据库中405个膀胱癌样本和25个正常膀胱组织样本的基因表达序列进行差异基因表达分析得到5689个膀胱癌差异表达基因,两者取交集得到1556个基因,然后进行WGCNA分析、STRING数据库及Cytoscape软件cytoHubba插件进行蛋白互作网络分析、LASSO回归分析、多因素Cox回归分析获取5个关键基因并构建风险模型预测膀胱癌患者的总生存期。后进行Kaplan-Meier生存分析及ROC分析以研究该模型的预测准确性。结果两者取交集后共得到1556个与内质网应激相关膀胱癌差异表达基因,WGCNA分析得到158个与膀胱癌预后相关的差异表达基因。Cytoscape软件CytoHubba插件计算每个基因的Degree评分,提取Top50的差异表达基因并进行LASSO回归分析、多因素Cox回归分析得到5个关键基因:KIF2C、TEAD4、DARS2、VEGFA、CTHRC1,并构建预后风险模型,根据模型表达式计算各样本的风险评分。以风险评分中位数将膀胱癌患者分为高、低两组。进一步Kaplan-Meier生存分析显示不同亚组间的总生存期差异有统计学意义(P<0.05)。且ROC分析显示该模型对膀胱癌患者总生存期预测准确性较高。结论KIF2C、TEAD4、DARS2、VEGFA、CTHRC1是与膀胱癌预后相关的内质网应激基因,且构建的预后风险模型在对膀胱癌患者总生存期的预测方面表现出较为优异的准确性。