基于生物信息学研究EIF3D在肝癌中对靶标RNA非修饰区的结合调控作用机制

目的基于生物信息学方法在公共数据库中探索真核翻译起始因子3亚基D(EIF3D)基因在肝癌中的靶标结合模式和转录水平的调控机制。方法通过肿瘤公共数据库获取EIF3D在肝癌组织中的表达情况和生存差异。利用公共数据库对EIF3D在肝癌HepG2细胞株的联合增强紫外交联免疫共沉淀(eCLIP)数据进行分析,获取靶标结合位点,HOMER注释并统计学筛选后得到靶标结合区域占比和靶基因集,对该基因集进行基因本体论/京都基因和基因组百科全书(GO/KEGG)分析和PPI分析。对EIF3D敲降后的RNA-seq数据进行差异分析获取差异基因集,对该基因集进行GO/KEGG分析和PPI分析及下游个性化数据库分析。结果公共数据库数据显示,肝癌组织中EIF3D的表达水平显著升高(P<0.001),EIF3D高表达人群的生存率显著低于低表达人群(P<0.001)。EIF3D在正常肝组织的胆管细胞中未见表达,在肝细胞中弱表达;EIF3D在肝癌细胞的细胞质和胞膜上中度表达。在肝癌HepG2细胞株中,EIF3D倾向于结合在靶标的外显子区域,通过调控RNA靶标参与细胞分化、周期进程和mRNA代谢等过程。EIF3D敲降后表达下调的靶基因集参与有丝分裂、细胞周期和DNA修复等过程,该基因集中存在一个互作网络:ATAD2-TOP2A-TPX2-KNTC1-FANCA,其在肝癌中显著上调并对预后造成不良影响。结论EIF3D可能通过结合靶标基因网络的RNA非修饰区在转录水平进行调控,从而促进肝癌进展。