一种基于过滤技术的字符串模糊匹配方法研究

针对基于编辑距离的字符串模糊匹配方法搜索效率较低的问题,通过对字符串模糊匹配过程进行分析,利用并行化技术对大数据量的字符串模糊匹配过程进行优化。同时由于计算字符串间编辑距离算法性能较低,提出利用字符串过滤规则对待搜索字符串集合进行过滤后再进行模糊匹配的改进方法。实验结果表明,改进后的方法具有较高的执行效率并取得了较好的召回率和精度。

酶祖先序列重建与定向进化

酶祖先序列重建是指通过计算机算法推导来自灭绝生物的祖先酶的氨基酸序列的技术。通常可分为6个步骤,依次为现代酶的核酸/氨基酸序列收集、多序列比对、系统发育树构建、祖先酶序列的计算机推测、基因克隆、酶学性质表征。该方法广泛应用于研究分子在行星时间尺度上对环境条件不断变化的适应性和进化机制。随着酶在生物催化领域中扮演越来越重要的角色,该方法逐渐成为研究酶序列、结构和功能关系的有力手段。同时,祖先酶大多具有温度稳定性、突变稳定性等特性,使其成为进一步定向进化的理想蛋白质支架。文中综述了酶祖先序列重建的计算机算法、应用和常用计算机软件,并结合最新研究进展,展望其在酶定向进化领域中的应用前景。