目的:通过网络药理学和分子对接技术,探讨血必净注射液治疗新冠肺炎(COVID-19)的潜在分子机制。方法:采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库收集血必净对应的化合物成分和作用靶点,选用GeneCards数据库获取COVID-19相关靶点;获取血...目的:通过网络药理学和分子对接技术,探讨血必净注射液治疗新冠肺炎(COVID-19)的潜在分子机制。方法:采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库收集血必净对应的化合物成分和作用靶点,选用GeneCards数据库获取COVID-19相关靶点;获取血必净注射液与COVID-19的共同作用靶点,采用STRING数据库构建蛋白互作网络图,运用Cytoscape软件对网络图进行可视化分析获取关键靶点;DAVID数据库对共有靶点进行GO(gene ontology)和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)富集分析,通过Cytoscape软件构建血必净注射液"成分-靶点-疾病"网络图。采用AutoDock Tools对血必净注射液核心成分与SARS-CoV-23CL水解酶蛋白和血管紧张素转换酶II(ACE2)进行分子对接,并通过PyMOL软件进行可视化处理。结果:共筛选出血必净注射液中5种药材对应的270个对应靶点,与COVID-19有52个共表达靶点。GO富集分析得到160个生物过程,KEGG分析得到112条信号通路。分子对接表明,血必净注射液中槲皮素、β-谷甾醇、木犀草素为degree较高的活性成分,与3CL水解酶和ACE2具有较强的结合能力。结论:血必净注射液可能通过槲皮素、β-谷甾醇、木犀草素等成分调节IL6、CCL2、TNF、PTGS2等核心基因参与COVID-19的治疗,同时也说明血必净注射液可通过"多成分-多靶点-多途径"发挥对COVID-19的治疗作用。展开更多
基金Supported by State Administration of Traditional Chinese Medicine Clinical Research Base for the Construction of the Second Batch of Special Research Projects(No.JDZX2015126)Anhui University of Chinese Medicine Youth Science Research Foundation(No.2014qn018)~~
文摘肝的脂肪代谢异常和胰岛素抵抗(insulin resistance,IR)对促进2型糖尿病(type 2 diabetes mellitus,T2DM)的发生与发展具有显著影响。但此过程复杂,参与调控基因目前尚未完全清楚。有研究表明,脂肪酸分解、氨基酸代谢、肝糖原合成等生物过程对糖尿病的形成具有促进作用。为了阐明这一调控机制,本文通过基因芯片技术研究GK(Goto-Kakizaki)大鼠和WKY(Wistar-Kyoto)大鼠肝差异基因对肝的脂肪代谢和胰岛素抵抗的影响,探讨可引起2型糖尿病发病的分子机制。从基因表达数据库(GEO)获取GSE13271基因表达谱,并对原始数据进行标准化处理。通过GO(Gene Ontology)、KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes enrichment)、String和Cytoscape软件对差异表达基因进行功能分析。结果从GK和WKY大鼠中分别获得179和278个差异基因,同时从排名前10的路径中筛选出21个差异基因(Aldh1a1,Cyp2c22,Fabp2,Fabp7,Cyp4a3,Acot1,Acot2,Hsd17b2,Ech1,Hmgcl,Bdh1,Crot,Pex11a,Cpt1a,Hadhb,Gda,Elovl2,Prodh,Agpat3,Sardh,Pigu),将这些基因与前10个的GO term取交集。最终得到10个显著差异基因(Aldh1a1,Fabp2,Acot1,Acot2,Ech1,Hmgcl,Bdh1,Crot,Cpt1a,Hadhb),功能分析结果显示,肝组织相关基因通过一系列生物过程对肝的脂肪代谢和胰岛素抵抗产生调节作用,从而也为临床糖尿病的治疗以及新作用靶点的发现提供更多参考依据。
文摘目的:通过网络药理学和分子对接技术,探讨血必净注射液治疗新冠肺炎(COVID-19)的潜在分子机制。方法:采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库收集血必净对应的化合物成分和作用靶点,选用GeneCards数据库获取COVID-19相关靶点;获取血必净注射液与COVID-19的共同作用靶点,采用STRING数据库构建蛋白互作网络图,运用Cytoscape软件对网络图进行可视化分析获取关键靶点;DAVID数据库对共有靶点进行GO(gene ontology)和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)富集分析,通过Cytoscape软件构建血必净注射液"成分-靶点-疾病"网络图。采用AutoDock Tools对血必净注射液核心成分与SARS-CoV-23CL水解酶蛋白和血管紧张素转换酶II(ACE2)进行分子对接,并通过PyMOL软件进行可视化处理。结果:共筛选出血必净注射液中5种药材对应的270个对应靶点,与COVID-19有52个共表达靶点。GO富集分析得到160个生物过程,KEGG分析得到112条信号通路。分子对接表明,血必净注射液中槲皮素、β-谷甾醇、木犀草素为degree较高的活性成分,与3CL水解酶和ACE2具有较强的结合能力。结论:血必净注射液可能通过槲皮素、β-谷甾醇、木犀草素等成分调节IL6、CCL2、TNF、PTGS2等核心基因参与COVID-19的治疗,同时也说明血必净注射液可通过"多成分-多靶点-多途径"发挥对COVID-19的治疗作用。