薄壳山核桃全基因组SSR分析及多态性引物筛选

通过对薄壳山核桃开展全基因组SSR位点分析,开发稳定可靠的多态性SSR引物,为薄壳山核桃遗传多样性分析、重要性状QTL定位、分子标记辅助育种以及良种分子鉴别等研究提供遗传标记信息。本研究采用Misa软件查找薄壳山核桃基因组微卫星,在651 Mb碱基序列中获得886119个SSR位点。利用Primer 3.0在524065个SSR位点成功设计了引物。从长度大于1 Mb的不同scaffold上,随机选取50对引物合成,其中40对引物可以成功扩增。采用8个不同品种的薄壳山核桃进行引物多态性检测,发现重复序列长度≥20 bp的引物多态性达58.8%,显著高于重复序列长度<20 bp引物的31.8%。利用毛细管电泳对聚丙烯酰胺凝胶电泳筛选的多态性引物进行验证,发现9%非变性凝胶电泳的分辨率小于4 bp。本研究构建了薄壳山核桃全基因组SSR数据库,筛选了16对多态性SSR引物,为薄壳山核桃品种分子鉴别提供了重要的遗传标记,同时也为开展植物品种分子鉴别的方法提供了重要参考。