2019—2021年华东地区6株禽源H3亚型流感病毒的遗传进化分析

H3亚型流感病毒在自然界广泛存在,可感染人、猪、马、犬、禽等众多宿主并能发生跨种间传播,危害不容忽视。本研究于2019—2021年在华东地区活禽市场采集表观健康的家禽喉头与泄殖腔棉拭,通过血清学试验鉴定、筛选出6株代表性水禽源H3亚型流感病毒,并经RT-PCR试验确定5株为H3N2亚型、1株为H3N1亚型。进一步对6株分离株进行全基因组测序、同源性比对和遗传进化分析,结果显示:HA蛋白裂解位点处均为PEKQTR/GLF,不存在连续碱性氨基酸,符合低致病性禽流感病毒的分子特征;受体结合位点处均为禽源特征性的226Q和228S,提示其跨种传播至哺乳动物的潜能较低;内部基因片段来源多样化,与H3N8、H4N6、H5N8、H6N1、H7N7、H0N3等众多亚型禽流感病毒的亲缘关系密切;除JS1018/19和JS1094/19的NS基因属于北美谱系以外,其余均属于欧亚谱系的禽源分支,与犬、马、猪、人等哺乳动物源毒株的亲缘关系较远,提示虽然可能存在不同进化谱系间的基因重组但并未发生从禽到哺乳动物宿主的基因交换。该研究结果丰富了H3亚型禽流感病毒的流行病学数据,为进一步了解我国低致病性禽流感病毒的分布特征提供了参考依据。

1株鸭源H1亚型禽流感病毒的分离鉴定与全基因遗传进化分析

对2018年分离自江苏地区某活禽市场家鸭体内的1株H1亚型禽流感病毒进行了全基因组序列测定和遗传进化分析。BLAST检索结果显示,该分离株的HA、NA基因分别与A/pintail/Taiwan/WB2478/2017(H1N3)和A/chicken/Yuhuan/YH14/2016(H1N2)具有最高的核苷酸一致性,表明其为H1N2亚型,命名为A/duck/Huaian/0151/2018(H1N2)。进一步结合各基因的系统发生分析,发现该0151株的6个内部基因均与水禽群中的多种亚型低致病性禽流感病毒亲缘关系密切,其中PB2和NS基因分别与国内2013年的鸭源H7N3和H7N7病毒高度同源。关键氨基酸位点分析显示,该病毒HA蛋白裂解位点处的基序为具有低致病性特征的PSIQSR↓GLF,受体结合位点226Q与228G提示其亲嗜禽类受体;NA蛋白未出现可能导致病毒在陆禽中适应性增强的茎部氨基酸缺失;PB2蛋白也未发生E627K、D701N等与对小鼠毒力增强有关的突变。综上所述,0151分离株基因组来源复杂,可能由不同亚型低致病性禽流感病毒发生重组而形成,但尚未出现利于其宿主范围扩大的重要分子标记。该研究结果将为H1亚型禽流感病毒的流行病学监测提供参考。