GHRL及其受体GHSR基因多态性与鸭生长及屠体性状的关联性

本研究旨在分析GHRL和GHSR基因部分SNP和单倍型与鸭生长和屠体性状的关联性。试验以三水白鸭为材料,利用PCR-RFLP方法检测GHRL基因C-729T、T+985C和GHSR基因T404C、G3427A共4个SNPs位点的多态性,构建单倍型,进行方差分析。结果表明,C-792T与21、28、35和49日龄体质量、全净膛质量、胸腺质量显著相关(P<0.05),CT基因型杂合子优势明显;T404C与腿肌和脾脏质量显著相关(P<0.05),TT基因型个体均值显著高于CC和TC型个体;G3427A与35日龄体质量、49日龄体质量、屠体质量、半净膛质量、全净膛质量和翅质量显著相关(P<0.05),AA基因型是较为优势的基因型;T+985C与各生长、屠体性状都不相关(P>0.05)。所构建的单倍型与单个SNP的分析结果较为一致,表明这3个SNPs是鸭生长和屠体性状的重要分子标记。

GHRL基因5'侧翼区多态性对鸡生长和屠体性状的影响

【目的】分析GHRL基因5′侧翼区变异与鸡生长和屠体性状的相关性。【方法】以杏花鸡×隐性白洛克鸡F2代资源群体和2个随机群体为材料,利用PCR产物直接测序方法鉴别GHRL基因5′侧翼区包括A-2220C位点在内的6个SNPs在群体中的多态性,构建单倍型,分析各SNP基因型和单倍型与鸡生长、屠体性状,以及与腺胃GHRL基因mRNA表达量和血浆GHRL活性蛋白含量的相关性,对鸡GHRL基因5′侧翼区的A-2220C位点进行凝胶阻滞电泳,以探讨该区段对基因转录的作用。【结果】标记-性状关联分析表明A-2220C仅与初生重显著相关(P<0.05),AA基因型个体初生重大于CC和AC基因型个体,差异显著(P<0.05);C-2399Del与56日龄体重、0—4周日增重、胸肌重、翅重显著相关(P<0.05),C Del基因型杂合子优势明显,与其它基因型差异显著(P<0.05)。构建单倍型分析表明单倍型分别与42日龄体重、70日龄体重、0—4周日增重、4—8周日增重、屠体重、半净膛重、全净膛重和胸肉重显著相关(P<0.05);与初生重、21日体重、28日体重、35日体重、49日龄体重、56日龄体重、宰前活重等极显著相关(P<0.01),单倍型组合H3H4(CCAAAC\CCAACDel)是各个显著相关性状中均值最高的优势单倍型组合。EMSA电泳发现含A等位基因的DNA片段能与转录因子特异的结合,初步证实本试验扩增片段对基因的转录存在一定作用。【结论】GHRL基因与鸡生长和屠体性状存在显著相关性。

猪繁殖候选基因ERK2的电子克隆与生物信息学分析

利用生物信息学和比较基因组学方法对猪细胞外信号调节激酶2(Extracellular signal-regulated kinase 2,ERK2)基因的结构、表达和功能进行了分析,结果表明:(1)电子克隆获得的猪ERK2基因cDNA全长1 803 bp,包括1 080bp的编码区和200 bp 5'UTR、523 bp 3'UTR,编码合成359个氨基酸的多肽;(2)猪ERK2基因CDS序列与人、小鼠和大鼠的同源性分别为94.6%、91.6%和91.3%,编码合成的猪ERK2与人、小鼠和大鼠之间的同源性也高达99.4%、98.9%和98.9%;(3)猪ERK2蛋白的相对分子质量为41 303.69 Da,不含信号肽,具有ATP结合位点、MAP激酶保守位点和丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶活性位点等结构域;(4)基于cDNA及EST数据库的检索显示,猪ERK2基因在卵巢、睾丸、肾上腺、眼、肺、淋巴、关节囊、副乳、未成熟的树突状细胞和脂肪细胞等组织和细胞中表达。

猪繁殖候选基因ERK2的克隆、表达及基因多态分析

【目的】ERK2基因在细胞增殖和分化调控以及启动卵巢排卵的分子信号等过程中发挥重要作用,是影响猪繁殖性状的重要候选基因。本试验对猪ERK2基因序列、基因结构、基因多态性及其表达规律进行初步研究。【方法】以大白猪为材料,采用RT-PCR方法克隆了猪ERK2基因,Real-Time PCR测定该基因在猪各组织器官中的分布,并对该基因的结构和多态性进行分析。【结果】从猪卵巢组织中克隆获得ERK2基因部分cDNA序列,长1 888 bp,包括一个1 080 bp的开放阅读框,编码359个氨基酸与预测的猪ERK2基因、已报道的人和小鼠等的ERK2基因高度相似;猪ERK2基因在各组织中表达广泛,其中脾脏是表达量最高的组织,在脂肪组织、前后腿肌中基本不表达;猪ERK2基因定位于14号染色体,全长在22 kb以上,包含9个外显子和8个内含子;对第2—9外显子及内含子外显子交界处的内含子序列进行序列突变检测,共检测到11个SNPs和1个插入缺失突变,但绝大部分的变异都是在内含子区域,仅有1个SNP发生于3′UTR区域。【结论】猪ERK2基因cDNA为1 888 bp,编码359个氨基酸残基;在猪各组织中广泛分布,以脾脏的表达量最高;该基因由9个外显子和8个内含子组成,基因保守性较高,共检测到11个SNP和1个插入缺失突变均不在编码区中。

鸡Ghrelin基因C2100T位点与生长和脂肪性状的相关性

选取鸡Ghrelin基因C2100T多态位点,利用PCR-RFLP结合测序技术,对全同胞资源家系470只F2代家鸡进行基因型检测及标记-性状关联分析,并利用已有的mRNA测定数据分析该多态位点与Ghrelin基因mRNA表达量的关系。结果:(1)经PCR-RFLP检测出3种基因型,测序结果证实C2100T是形成酶切多态性的原因;(2)QTDT检验显示,C2100T与鸡1、6、9周龄体重和皮下脂肪厚度显著相关(P<0.05),并且不同基因型个体性状平均值大小关系为CC﹥CT﹥TT;C2100T与其他生长性状和脂肪性状均没有显著相关性;(3)不同基因型个体腺胃中的Ghrelin基因mRNA表达量差异不显著,但含C等位基因个体的mRNA表达量相对T等位基因高。试验结果表明,鸡Ghrelin基因C2100T多态性与鸡的部分生长和脂肪性状存在显著相关性,且C等位基因有利于鸡的体重增长和皮下脂肪沉积。

犬MC1R基因的分子进化分析

黑素皮质素1型受体(melanocortin 1 receptor,MC1R)基因具有调节哺乳动物细胞黑色素形成的作用,因此被认为是影响犬毛色的重要候选基因。基于NCBI数据库上发表的犬等10个动物种MC1R的氨基酸序列和cDNA序列,利用生物学软件和网络信息资源,对犬等10种脊椎动物进行了分子进化分析。结果表明:(1)基于MC1R氨基酸序列的聚类分析显示,10个物种明显归为2类,7个哺乳动物种为一紧密类群,鸡与斑马鱼和河豚为一松散类群,该聚类结果与公认的动物分类及进化关系密切吻合;(2)PAML的Branch模型预测显示,犬、猪、猫在与牛的分化过程中MC1R受到正向选择作用(ω=90.8177);Site模型预测显示,犬MC1R的2V、25E、184N、197V、314L为正选择氨基酸位点;(3)染色体连锁群比较分析显示,"ZFP276-MC1R-GAS8"基因连锁关系在人、黑猩猩、鸡和犬中保持一致。

DRD2基因14个多态位点与鸡产蛋性状的相关性

本研究旨在分析DRD2基因与鸡产蛋性状的相关性,寻找可作为鸡产蛋性状的重要标记。在该基因上选取了14个多态位点,采用PCR-RFLP及PCR测序等方法在宁都三黄鸡母系644个个体中进行了鸡产蛋性状的关联分析。结果表明:位于该基因5′调控区的4个突变位点G-38560C、T-38326G、T-32751C和A-16105G与鸡的开产日龄显著或极显著(P<0.05或P<0.01)相关,位点A-16105G还与300日龄总产蛋数显著相关(P<0.05);由G-38560C、G-38544A、I-38463D与T-38326G这4个位点组成的单倍型块与开产日龄呈极显著相关(P=0.006 5<0.01)。研究结果提示:G-38560C、T-38326G、T-32751C和A-16105G这4个突变位点以及由G-38560C、G-38544A、I-38463D与T-38326G组成的单倍型块可作为产蛋性状标记辅助选择的有效分子标记。

高血压病血瘀证相关miRNA的筛选

目的:筛选与高血压病血瘀证相关微小RNA(microRNA,miRNA),从基因组学探索高血压病血瘀证的发病机制。方法:运用高血压病气虚血瘀证、气滞血瘀证、寒凝血瘀证、热结血瘀证、非血瘀证患者和健康人的血清干预人脐静脉血管内皮细胞CRL-1730,建立高血压病血瘀证血管内皮细胞损伤模型;提取各组总RNA,采用Solexa高通量测序法和数字基因表达谱测序原理对各组样本进行测序分析,筛选各组间的差异表达miRNA和mRNA,使用靶基因miRWalk预测软件对2者进行相关性的整合,筛选与血瘀证相关miRNA,qRT-PCR定量分析验证miRNA的表达。结果:整合气虚血瘀组与非血瘀组、气滞血瘀组与非血瘀组、寒凝血瘀组与非血瘀组、热结血瘀组与非血瘀组相关数据后,在高表达的基因群中发现SAT1-Hsa-miR-199a-5p和ATF4-Hsa-miR-1283;qRT-PCR定量检测Hsa-miR-199a-5p和Hsa-miR-1283在高血压病血瘀证组和非血瘀证组中的上调与下调趋势与基因测序结果一致。结论:Hsa-miR-199a-5p和Hsa-miR-1283可能是高血压病血瘀证形成的特异性相关miRNA。

下丘脑-垂体-性腺轴上基因多态性与鸡冠高和体重的相关性分析

鸡冠高及体重是优质鸡早熟性选育过程中重要的参考指标,通过研究鸡多个侯选基因上突变位点与冠高和体重的相关性,寻找可作为该性状标记辅助选择的重要标记。在GnRH-I、GnRHR、NPY、DRD2、VIP、VIPR-1和PRL这7个侯选基因上共选取了10个多态位点,采用PCR-RFLP方法对1 310只宁都三黄鸡进行了基因型检测,并对各位点与77、84、91日龄冠高和体重性状的相关性进行了分析。结果表明:NPY基因上的2个位点I31391359D及C31394761T可作为91日龄体重标记辅助选择的有效分子标记;VIPR-1基因上的位点A1661691G可作为77、84日龄冠高的有效分子标记。

家鸡Leptin成熟肽cDNA的克隆、重组蛋白表达及纯化

从 18周龄鸡卵巢组织中抽提总 RNA,使用六聚体随机引物反转录后 ,用鸡 L eptin(瘦素 )特异性引物扩增出鸡L eptin编码区第 5 2～ 4 6 0 bp的长度为 4 0 9bp的 c DNA片段。根据鸡 L eptin的 3′端第 4 6 0～ 4 92 bp序列设计了 3条部分相互重叠并且顺序串联延伸的下游反义引物 ,并在最后 1条引物 3′端连接上 Eco R 切点 ;在以上用于反转录扩增的 5′端引物的 5′端连接一 Bam H 切点。用该 5′端引物分别与 3个 3′端引物配对 ,利用反转录扩增出的 4 0 9bp的L eptin c DNA片段作为第 1模板进行扩增 ,扩增产物再作为模板与下一引物对再次扩增。经 3次扩增得到编码鸡 L ep-tin成熟肽的全长 4 5 1bp的 c DNA序列。将该 4 5 1bp的 L eptin c DNA序列经 Bam H 和 Eco R 双酶切后 ,克隆入表达质粒 p RSET A的 Bam H 和 Eco R 两酶切位点之间 ,构建成表达质粒 p L ep- SCAU。转化有重组表达质粒 p L ep-SCAU的大肠杆菌 BL 2 1(DE3)在 L B培养基中培养后 ,经 IPTG诱导表达出相对分子质量为 2 0 10 0的鸡 L eptin融合蛋白和少量 4 0 2 0 0的 L eptin融合蛋白。L eptin融合蛋白的表达在 IPTG浓度为 0 .0 5 mmol/ L 时达到最高 ,占总菌体蛋白的 32 .6 %。用 Ni- NTA凝胶从 7L 发酵培养菌裂解液中纯化出 180 m

猪TDRP1基因的电子克隆及生物信息学分析

利用生物信息学和比较基因组学方法,对猪TDRP1基因的结构、表达及功能进行分析,结果表明:(1)电子克隆获得猪TDRP1基因cDNA部分序列共776bp,包括119bp的5′UTR、561bp的编码区和96bp的3′UTR,共编码合成187个氨基酸多肽;(2)猪TDRP1基因CDS序列与人、小鼠和大鼠的同源性分别为85%、76.1%、77.1%.编码合成的猪TDRP1蛋白与人、小鼠、大鼠之间的同源性分别为82.5%、71.1%和70.1%;(3)猪TDRP1蛋白的相对分子质量为20489.8,不含信号肽,为1个可溶性蛋白,同时也是1个非分泌性蛋白,存在4个二级结构区段;(4)基于cDNA及EST数据库的检索显示,猪TDRP1基因至少在卵巢和甲状腺等组织中表达.

疏肝健脾方对NASH大鼠肝组织IKKβmRNA和蛋白表达的影响

目的:探讨疏肝健脾方对非酒精性脂肪性肝炎(NASH)大鼠肝组织核因子κB(NF-κB)抑制蛋白激酶β(IKKβ)mRNA和蛋白表达的影响。方法:采用高脂饲料喂养建立NASH大鼠实验模型,在施以造模因素的同时各药物干预组大鼠分别灌服疏肝方(柴胡疏肝散)、健脾方(参苓白术散)和综合方(柴胡疏肝散和参苓白术散的合方)的高、低剂量进行干预,16周后各组大鼠腹主动脉采血,全自动生化分析仪检测血清总胆固醇(TC)、甘油三酯(TG)、高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)及肝组织TC、TG的含量;ELISA检测血清肿瘤坏死因子α(TNF-α)、白细胞介素6(IL-6)及白细胞介素1(IL-1)的水平;HE染色观察肝组织病理变化;实时荧光定量RT-PCR检测肝组织IKKβmRNA的表达水平;Western blotting检测肝组织IKKβ蛋白磷酸化水平的变化。结果:肝组织病理染色提示大鼠NASH造模成功,与正常组比较,模型组大鼠血清TC、LDL-C、肝组织TC、TG及炎症细胞因子TNF-α、IL-1、IL-6水平均显著升高(P<0.01,P<0.05),肝组织IKKβmRNA及其磷酸化蛋白的表达水平均明显升高(P<0.01)。与模型组相比,肝组织TC、TG含量及血清TNF-α的含量以综合方高、低剂量组、健脾方高剂量组及疏肝方高剂量组下降显著(P<0.01,P<0.05);IL-1和IL-6含量均以综合方高剂量组降低显著(P<0.05),IKKβmRNA的表达水平以综合方高组及健脾方高组下调明显(P<0.05),磷酸化IKKβ蛋白的表达水平以健脾方高剂量组及综合方高、低剂量组下降最为显著(P<0.01,P<0.05)。结论:血清炎症细胞因子TNF-α、IL-1和IL-6水平的显著升高、肝组织IKKβmRNA及其磷酸化蛋白的高表达可能参与NASH的发病。降低相关炎症细胞因子的含量、抑制IKKβmRNA及蛋白磷酸化可能是疏肝健脾方抗NASH的重要机制之一。

疏肝健脾方药对非酒精性脂肪性肝炎大鼠肝组织核因子-κB mRNA及蛋白表达的影响

目的探讨疏肝健脾方药对非酒精性脂肪性肝炎(NASH)大鼠肝组织核因子(NF)-κB mRNA及蛋白表达的影响。方法采用高脂饲料喂养复制NASH大鼠实验模型,施以造模因素的同时,各用药组大鼠分别灌服疏肝方、健脾方和疏肝健脾合方的高、低剂量进行干预。16 w后,各组大鼠以3%戊巴比妥钠腹腔麻醉,腹主动脉采血,全自动生化分析仪检测血清总胆固醇(TC)、甘油三酯(TG)、高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)含量,肝组织TC、TG含量;HE染色和油红O染色观察肝组织病理变化;实时定量PCR法检测肝组织NF-κB mRNA表达水平;Western印迹法检测肝组织NF-κB蛋白表达水平。结果与正常组相比,模型组大鼠肝细胞脂肪变性明显,血脂及肝脂均有不同程度的升高(P<0.05,P<0.01),大鼠肝组织NF-κB mRNA及蛋白表达明显升高(P<0.01);与模型组相比,各用药组血脂和肝组织NF-κB mRNA及蛋白的表达均较模型组显著降低(P<0.05,P<0.01),尤以综合方高剂量及健脾高剂量作用最为显著。结论疏肝健脾方药对高脂饮食诱导的大鼠NASH有较好的防治作用,其机制可能与其下调肝脏NF-κB mRNA及蛋白的表达有关。

沙皮犬MC1R基因的克隆与序列分析

黑素皮质素1型受体（melanocortin 1 receptor,MC1R）基因在哺乳动物中具有调节细胞黑色素形成的作用,被认为是影响犬毛色的重要候选基因.用PCR技术对沙皮犬MC1R基因序列进行扩增,获得沙皮犬MC1R基因序列1 333 bp,包含完整的MC1R基因开放阅读框954 bp,编码317个氨基酸.该序列与鸡、鼠、犬、人等6种动物MC1R基因CDS序列有70.1％～98.3％的同源性,相应氨基酸序列的同源性达61.1％～96.9％.系统发育树分析结果表明,沙皮犬与已报道的黄金猎犬亲缘最近,与鸡的亲缘关系最远。

猪繁殖候选基因HoxA10的克隆及表达分析

同源异形盒A10基因(Homeobox 10 gene,HoxA10)是Hox基因家族中重要一员,与子宫形态的发生,生育期子宫内膜的周期性形态发育密切相关,是与猪繁殖性状相关的重要候选基因。以长白猪为材料,采用RT-PCR方法,克隆了猪HoxA10基因,并用Real-Time PCR测定该基因在猪各组织器官中的表达。结果表明,从猪子宫组织中克隆获得HoxA10基因cDNA长538 bp,包括1个285 bp的开放阅读框,编码合成94个氨基酸残基,与人和小鼠的HoxA序列同源性分别为98.9%和97.9%;在猪各组织中,前肌是HoxA10基因表达量最高的组织,其次为肾、子宫、后肌、输卵管、大肠、腹脂等组织,在垂体、大脑、小脑、丘脑、卵巢、肺、胃、小肠、背肌、背膘中,HoxA10的表达很低或基本无表达。

广东省家鹅mtDNA多样性及系统进化分析

以广东省5个家鹅品种36个样本为材料,对其线粒体细胞色素b基因的1 316 bp序列片段进行测序分析,研究5个家鹅品种的遗传多态性和起源。结果显示,在所有样本中,A、G、C、T碱基平均含量分别为28.84%、13.77%、34.23%、23.15%;共发现33个变异位点,变异类型为转换和颠换,未发现缺失与插入;确定了24种单倍型,H1为家鹅的主体单倍型,平均单倍型多样度为0.968,平均核苷酸多样度为0.01090;4个品种之间双参数遗传距离为0.0000～0.00146,其中马岗鹅与狮头鹅之间遗传距离最小,白沙鹅和马岗鹅、狮头鹅的遗传距离最大。结合NCBI上已发表的17个家鹅同源序列进行分析,共发现26种单倍型,单倍型聚类结果表明5个广东家鹅品种单一起源于鸿雁。

鸡pATGL基因的电子克隆及比较基因组分析

利用生物信息学和比较基因组学方法对鸡pATGL(predicted adipose triglyceride lipase)基因的结构、表达和功能进行了分析,结果表明:(1)电子克隆获得的鸡pATGL基因cDNA全长1 788 bp,包括1 452 bp的编码区和5′UTR(70 bp)、3′UTR(266 bp),编码合成483个氨基酸的多肽;(2)鸡pATGL基因全长在30 kb以上,包含9个外显子和8个内含子,其中内含子1(约20 kb)远远长于其他区域;(3)鸡pATGL蛋白的相对分子质量为53 600,不含信号肽,具有GXSXG(氨基乙酸-X-丝氨酸-X-氨基乙酸)脂肪酶活性结构和Patatin结构域,可能存在5个N端朝内的跨膜螺旋结构;(4)基于cDNA及EST数据库的检索显示,鸡pATGL基因在腹脂、胸腺、黏液囊、脾、骨髓、垂体、下丘脑和松果腺、心脏、软骨组织、小脑、卵巢乃至胚胎等组织中表达;(5)鸡pATGL基因与CD151、RPLP2位于5号染色体的紧密连锁群,这种连锁关系与人、小鼠以及狗紧密一致.

Nrf2在酒精性肝损伤模型中的研究进展

氧化应激的产生与酒精性肝损伤的发生发展密切相关,目前被普遍认为是酒精性肝病的主要发病机制日益成为研究的热点。Nrf2是目前发现的抵御外源性刺激和毒物的抗氧化应答反应的核心途径之一,在许多药物或化学物质在体内的代谢解毒中具有重要作用,Nrf2的缺失或激活障碍,会加重氧化应激状态、破坏细胞内正常的氧化还原平衡稳态,导致细胞毒性、功能障碍、凋亡,甚至死亡。本文对Nrf2在酒精性肝损伤模型中的研究进行综述。

一种基于变性高效液相色谱技术筛选单核苷酸多态性并估算基因频率的方法

选取生产性能具有明显差异的4个鸡品种(莱航鸡、隐性白洛克鸡、丝羽乌骨鸡和杏花鸡)为材料,利用变性高效液相色谱(DHPLC)技术检测鸡生长激素基因部分序列(518bp)的多态性,快速筛查到5个可能与生产性能相关的单核苷酸多态性(SNPs).根据DHPLC杂合谱型与测序基因型一一对应的关系,介绍了当所检测目的DNA片段中含有多个SNPs时基因频率估算的简单方法,比较估算的和PCR RFLP统计的基因频率,发现差异不显著,证明该估算方法有一定的可行性.

树鼩在肝脏疾病动物模型应用的研究进展

肝脏疾病已经在世界范围内导致严重的致死率和死亡率,动物模型是研究肝脏疾病的有效工具,考虑到非人灵长类实际使用的限制,树鼩作为非人灵长类替代动物具有资源丰富,成本较低,且与人类亲缘关系较近等优势,本文对树鼩在肝脏疾病动物模型中的应用进行综述。