基于楠木转录组的SSR、SNP、Indel分子标记技术特征分析

楠木(Phoebe zhennan)是重要的木材和园林绿化树种,国家二级保护濒危种,但气候急剧变化和滥砍乱伐导致楠木资源破坏严重,因此,开展楠木遗传多样性评价对种质资源保护和遗传育种具有重要意义。DNA分子标记技术是研究遗传多样性的重要手段,特别是SSR(Simple Sequence Repeats,微卫星DNA)、SNP(single nucleotide polymorphism,单核苷酸多态性)、InDel(insertion-deletion,插入缺失标记)分子标记技术已得到广泛应用。本研究利用MISA(MIcroSAtellite identification tool)软件及GATK(Genome Analysis Toolkit)软件,对楠木转录组数据SSR、SNP、InDel位点信息进行分析。根据60250条unigenes查找,在12916条unigenes上共发现SSR位点18793个,占比21.44%。其中单碱基重复基元占比最大,二、三、四、五、六碱基重复次数逐渐递减,单碱基重复基元A/T出现次数最多,共9060次占比48.21%,其他类型重复基元的出现次数同样逐渐递减。SNP和InDel位点查找,获得SNP位点1566350个,平均约每28 bp就有一个SNP位点的存在,其中转变位点有990457个,颠换位点有575893个,占比较高的是T/A和C/G。InDel位点共发现178227个,平均每253 bp就有一个InDel位点的存在。结合数据来看楠木转录组中有着丰富的SSR、SNP、InDel位点,具有较高的多态性,为楠木的分子标记开发及深入研究遗传多样性提供了基础数据。