2021年~2022年山东部分地区猪繁殖与呼吸综合征病毒的遗传进化分析

为了解山东部分地区PRRSV的分子流行及遗传进化情况,本研究对2021年~2022年采自山东部分地区的214份疑似PRRSV感染猪的临床样品通过RT-PCR检测,并经PCR扩增PRRSV阳性样品的ORF5基因和Nsp2基因,采用MegAlign和MEGA X软件对这两个基因进行同源性、遗传进化及其编码的关键氨基酸位点突变及分析。结果显示,214份临床样品中检出51份PRRSV阳性样品,检出率为23.83%。表明山东部分地区PRRSV的感染较为严重。经PCR扩增并测序得到26条ORF5基因序列和20条Nsp2基因序列。26条ORF5基因序列之间的同源性为98.7%~77.8%,与6株PRRSV参考株(经典株VR2332、Ch-1a、疫苗株JXA1、QYYZ及流行株NADC30、NADC34)相应基因序列的同源性在80.1%~98.7%,其中210412等17株PRRSV ORF5基因序列与NADC30株ORF5基因序列的同源性为80.1%~91.9%;进化树结果显示,26条ORF5基因分布于4个谱系中,分别为Lineage1 (220406等22株PRRSV ORF5基因)、Lineage3 (220714和211111株)、Sub Lineage8.7 (HP-PRRSV-Like)(210806株)、Sub Lineage5.1(VR2332-Like)(210629株)谱系;20条Nsp2基因主要分布于3个谱系中,其中220110等13株PRRSV Nsp2基因位于Sub Lineage1.8 (NADC30-Like)谱系,210629株位于Lineage5谱系,与VR2332株遗传距离较近;220714等6株PRRSV Nsp2基因位于Lineage8谱系。上述结果表明,山东部分地区流行的主要为PRRSV NADC30株,属于PRRSV-2,且流行的PRRSV的谱系较复杂,主要以Lineage1、Lineage8及Sub Lineage1.8谱系为主。关键氨基酸位点变异分析结果显示,仅Sub Lineage1.8谱系中的211221和220109株GP5氨基酸序列表现为强毒株特征R^(13)及R^(151);210806株与RespPRRS MLV均为A^(137);除210806株在非中和表位(aa180~aa197)处的变化较为活跃外,其余GP5氨基酸序列与参考株GP5氨基酸序列的变异特征基本一致;在T细胞表位(aa117~aa131)中,Sub Lineage1.8谱系中的多数流行株(包括本研究中的211110等12株)均出现L^(120)S、L^(120)F或I^(125)F、I^(125)L变异。210629株Nsp2氨基酸序列与以VR2332株为代表的Lineage5谱系的相应氨基酸序列高度一致,仅存在少数氨基酸的变异;220114等5株PRRSV Nsp2氨基酸序列在aa481、aa532~aa560处分别缺失1+29个氨基酸,与Sub Lineage8.7谱系缺失特征一致,尤其是210806株除在aa532~aa560缺失29个氨基酸外,在aa476~aa512还缺失37个氨基酸;220110等13株PRRSV Nsp2氨基酸序列在aa323~aa433、aa483和aa504~aa522处分别缺失111+1+19个氨基酸,与Sub Lineage1.8谱系缺失特征一致。上述结果表明,各谱系PRRSV GP5氨基酸序列之间存在明显差异,同一谱系PRRSV GP5氨基酸序列与参考株相应氨基酸序列有相似性,但也存在一定差异,其中以Sub Lineage1.8 GP5氨基酸的变异最为活跃。20条Nsp2氨基酸序列与参考株Nsp2氨基酸序列具有一定相似性,但也存在部分的缺失和变异。也表明,目前山东部分地区PRRSV的流行情况较为复杂,仍以NADC30-Like PRRSV为优势流行株,对PRRS的防控形式仍很严峻。本研究为了解山东部分地区PRRSV流行变异情况及PRRS的防控提供参考依据。