目的采用宏基因组学联合其他检测技术对1起志贺菌暴发事件进行病原学分析,为探索快速精准的暴发病原检测提供依据。方法对采集的8份粪便样本进行核酸提取,进行宏基因组学二代测序,用CLC Workbench软件进行质控和生物信息学分析,对样本...目的采用宏基因组学联合其他检测技术对1起志贺菌暴发事件进行病原学分析,为探索快速精准的暴发病原检测提供依据。方法对采集的8份粪便样本进行核酸提取,进行宏基因组学二代测序,用CLC Workbench软件进行质控和生物信息学分析,对样本进行食源性致病菌多重聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)检测、细菌分离培养、脉冲场凝胶电泳(pulsed field gel electrophoresis,PFGE)分子分型、全基因组SNP(whole genome single nucleotide polymorphism,wgSNP)聚类分析。结果8份粪便样本经宏基因组学测序分析均检出宋内志贺菌,与分离培养结果相一致。多重PCR检出7份粪便样本志贺菌条带呈阳性,均未检出其他病原。经PFGE和wgSNP聚类分析后可知此次暴发事件是由宋内志贺菌引起。结论宏基因组学技术可用于食源性疾病暴发事件病原调查,与传统检测方法相比具有独特的优势。展开更多
文摘目的采用宏基因组学联合其他检测技术对1起志贺菌暴发事件进行病原学分析,为探索快速精准的暴发病原检测提供依据。方法对采集的8份粪便样本进行核酸提取,进行宏基因组学二代测序,用CLC Workbench软件进行质控和生物信息学分析,对样本进行食源性致病菌多重聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)检测、细菌分离培养、脉冲场凝胶电泳(pulsed field gel electrophoresis,PFGE)分子分型、全基因组SNP(whole genome single nucleotide polymorphism,wgSNP)聚类分析。结果8份粪便样本经宏基因组学测序分析均检出宋内志贺菌,与分离培养结果相一致。多重PCR检出7份粪便样本志贺菌条带呈阳性,均未检出其他病原。经PFGE和wgSNP聚类分析后可知此次暴发事件是由宋内志贺菌引起。结论宏基因组学技术可用于食源性疾病暴发事件病原调查,与传统检测方法相比具有独特的优势。