基于加权基因共表达网络探索喉癌干性关键基因

目的采用肿瘤干性指数mRNAsi筛选喉癌相关基因,为喉癌相关研究提供新思路。方法从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载喉癌mRNA表达谱,采用加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)构建基因共表达网络模块,得到干性最显著模块的差异表达基因。采用Cox回归和最小绝对收缩和选择算子(least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)算法建立风险曲线,基于肿瘤免疫功能障碍与排斥(Tumor Immune Dysfunction and Exclusion,TIDE)数据库采用单样本基因集富集分析(single sample gene set enrichment analysis,ssGSEA)探索交集基因的免疫浸润模式,基于CellMiner数据库分析基因药物敏感性,运用基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)富集关键基因在喉癌所参与的功能和信号通路。结果通过WGCNA共构建30个喉癌共表达基因模块,选择浅黄色和紫色共表达基因模块进行Cox回归分析。LASSO算法构建模型筛选得到MTHFD2和TBX2基因,并构建风险曲线,其与浆细胞样树突状细胞(plasmacytoid dendritic cells,pDCs)和辅助性T细胞2(T helper 2 cell,Th2)免疫细胞相关,且低风险组的TIDE评分明显高于高风险组,达沙替尼与基因耐药性增加相关,功能富集显示关键基因可能与角化细胞相关。结论MTHFD2和TBX2基因可作为喉癌mRNAsi相关生物标志物。

TBX2基因在头颈鳞癌中甲基化相关的预后分析

目的探究TBX2基因与头颈鳞癌(head and neck squamous cell carcinoma,HNSCC)的关系,分析甲基化预后的价值。方法综合利用UCSC Xena数据库、基因表达综合(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库、人类蛋白质图谱(Human Protein Atlas,HPA)数据库、UALCAN数据库挖掘TBX2基因的表达、DNA甲基化和临床相关性,利用基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)法富集TBX2在HNSCC中所参与的信号通路。结果TBX2基因在HNSCC中高表达,TBX2基因高、低表达组HNSCC患者的总生存率(overall survival,OS)无明显差异,但HNSCC中TBX2基因的表达与临床分级分期有关。TBX2基因某些cg位点的低甲基化水平与较差的OS和无进展生存期(progression free survival,PFS)密切相关。GSEA结果显示,TBX2基因主要参与钙信号通路、黏着斑、蛋白酶体等多条通路。结论TBX2基因可作为HNSCC特异性诊断和预后的生物标志物。

铜死亡相关长链非编码RNA预测喉癌的预后和调控机制

目的探讨铜死亡相关的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)在喉癌临床预后预测和免疫治疗中的作用。方法使用癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中的基因组和临床数据,通过LASSO分析和Cox回归分析构建预后模型,使用主成分分析、时间依赖性受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线和一致性指数评估其临床效能;从肿瘤突变负荷、肿瘤免疫功能障碍和排除、肿瘤干性指数等多个维度分析风险模型的预后价值;最后通过基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GESA)探索模型高风险组的细胞功能和通路富集。结果共得到5个与铜死亡相关的lncRNA预后模型。主成分分析、ROC曲线下面积(area under the curve,AUC)超过0.8、一致性指数表明所建立的风险模型具备出色的预测能力;在高低风险患者中,风险曲线与免疫相关功能无显著相关性,与RNA干性评分呈负相关(r=-0.21,P=0.025);富集分析表明,lncRNA的生物学功能与WNT信号通路有关。结论铜死亡相关的lncRNA可能是一种新的预测喉癌预后的生物标志物,并可能为喉癌的治疗提供新途径。

TBX2在葡萄膜黑色素瘤的预后和机制探索

目的:探究T盒转录因子2(T-box transcription factor 2,TBX2)在葡萄膜黑色素瘤(uveal melanoma,UVM)中的表达水平、生存预后、免疫浸润相关性。方法:首先通过TIMER2.0数据库分析正常组织和肿瘤组织中TBX2表达和临床特征,从UCSC Xena数据库下载泛癌的生存数据,使用Cox比例风险模型和Kaplan-Meier曲线分析评估TBX2对预后的预测价值。然后使用cBioPortal数据库分析人源TBX2突变前后生存改变,通过BloodSpot和TIMER2.0数据库探究TBX2与癌症免疫浸润之间的相关性。癌症单细胞状态图谱和基因集变异分析(gene set variation analysis,GSVA)探究其表达与分子机制的相关性。结果:15种肿瘤类型的TBX2 mRNA表达水平显著改变,TBX2是肾上腺皮质癌(adrenocortical carcinoma,ACC)、肾乳头状细胞癌(kidney renal papillary cell carcinoma,KIRP)、UVM典型的生存预后标志物。其突变与生存状态无明显相关性,在UVM中T淋巴细胞浸润水平提高导致不良预后风险升高。此外,在UVM中TBX2通路富集至ATP结合盒(ATP-binding cassee transporter,ABC)转运蛋白、DNA修复和损伤。结论:TBX2在UVM的生存和免疫浸润中起着关键作用,将来可能作为一种UVM预后及免疫治疗效果的预测因子。

小鼠急性心肌梗死后不同时间点心肌组织自噬水平的动态演变

目的研究小鼠急性心肌梗死(AMI)后不同时间点心肌组织自噬水平的动态变化。方法选取8~10周龄SPF级C57BL/6J野生型小鼠40只,随机分为假手术组(Sham组)、AMI组(永久结扎左前降支),每组20只,分别于术后7、14、28 d时,用心脏超声检测心脏功能及结构变化,Masson染色观察小鼠梗死周边心肌组织纤维化,Western blot检测自噬蛋白、透射电镜观察自噬小体、免疫组织化学检查凋亡蛋白表达。结果 Masson染色显示,AMI组梗死周边组织间质纤维化随着时间的推移加重;AMI组7、14和28 d时Bax蛋白较Sham组明显上调(0.71±0.08、0.77±0.05和0.86±0.06 vs 0.53±0.08,P<0.05),Bcl-2和自噬微管相关蛋白轻链3蛋白降低(P<0.05),P62蛋白表达增强(P<0.05);透射电镜示,AMI组梗死周边心肌组织内自噬小体数量明显减少。结论小鼠AMI后梗死周边心肌组织自噬水平进行性降低,心室重构进一步恶化,自噬可能在AMI中起保护作用。