传染性支气管炎病毒S1基因的遗传多样性

为全面分析传染性支气管炎(IBV)流行株S1基因的遗传变异,结合1992-2008年间从山东乃至全国分离鉴定的IBV毒株,在进行抗原性研究的基础上,对17株IBV毒株分别进行了S1基因的克隆测序,并与GenBank中具有代表性的参考株进行同源比较,同时对其高变区HVRⅠ氨基酸基序进行分析。根据系统发育树,结合病毒发生的年代、地域和临床病理,将58株IBV国内外毒株初步分为6个基因型,其中,国内流行株主要涵盖5种基因型,大部分流行株属于基因Ⅴ型(北方株为主)和基因Ⅳ型(南方株为主),两种类型毒株相互交织,呈现复杂的流行形式。对IBV高变区HVRⅠ氨基酸基序分析表明,多数毒株存在不同程度的点突变,尚有4株分离株在33位和34位之间有氨基酸残基的插入。S1基因的遗传变异具有多样性,与常规疫苗株和国外参考株相比,无论是核苷酸还是氨基酸均发生了较大的变异。不同IBV毒株S1基因片段与其全长之间遗传变异高度相关(r=0.968),但IBV流行株与疫苗株的遗传距离愈来愈远,彰显出IBV流行株在H120的免疫压力下,已经发生了较大程度的变异。

自然发生的1株传染性支气管炎病毒S1和N基因之间的重组

本研究从出现典型呼吸道和肾脏病变的患病雏鸡中分离出1株传染性支气管炎病毒(Infectious Bronchitisvirus,IBV),命名为SC06,旨在探讨该病毒的重组机制。SC06接种10日龄SPF鸡胚可出现明显的"侏儒胚";对5日龄SPF鸡攻毒,可诱发呼吸道症状和肾脏病变。对其S1和N基因分别克隆测序,结合在GenBank中发表的其他IBV参考株序列,对其S1和N基因核苷酸(氨基酸)序列分别进行同源比较,绘制系统发育树。结果表明:SC06与英国4/91株的S1基因核苷酸(氨基酸)同源性最高,为98.7%(98%),而与国内大部分流行株的核苷酸同源性仅为75.6%～76.0%;然而,SC06与国内流行株DY06、SDGE01的N基因核苷酸(氨基酸)同源性达99.3%(99%)、93.4%(93.6%),而与英国的4/91的N基因核苷酸(氨基酸)同源性仅为85.7%(92.4%)。S1基因系统发育方面,SC06与英国的4/91和7/93B属于同一基因型,而与作者实验室近年分离的SDGE01等大部分山东流行株及国内流行的LX4等株分属不同的基因型;但其N基因分型时,SC06和DY06与国内部分流行株属于同一个进化分支,而与英国的4/91和7/93B不同。综合上述结果,推测SC06为英国4/91和国内流行株的重组株,其S1基因来自4/91疫苗,而N基因来自国内DY06类型的IBV国内流行株。

肉鸽新城疫病毒山东分离株的分离鉴定及其F基因的分子特性分析

从山东某发病肉鸽的体内分离到一株新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV),命名为Pigeon-Shandong-JN-08(简写JN08),对其融合蛋白(fusion,F)进行序列和分子特性的分析,以了解肉鸽NDV的遗传起源和分子特性。JN08经病毒蚀斑克隆纯化后动物回归试验可产生典型的NDV病变。研究结果发现,F蛋白多肽裂解位点的序列为112RRQKRF117,符合鸽源NDV强毒氨基酸基序。F基因分型及同源性比较显示:JN08与绝大多数鸽源毒株同属于基因Ⅵ型;其F基因与基因Ⅱ型毒株LaSota,B1,Bingham,TEX-48氨基酸同源性为89.9%,89.7%,90.4%,89.7%,与基因Ⅰ型毒株Ulster67的氨基酸同源性为91.3%,与基因Ⅲ型传统强毒F48E9的氨基酸同源性为92.8%;与国内鸽分离株P1-03,CH98-98,JS1-06,PB01-96和GZ-07的氨基酸同源性分别为91.3%,94.6%,94.8%,95.1%,94.0%;与国外鸽分离株Capital3-97,Tigre6-99,1166-02,IT227-97,2736-00,NY-84,TX3503-04,248VB-98的同源性分别为96.2%,93.8%,98.0%,96.8%,97.1%,96.8%,96.8%,98.4%。从F基因遗传进化树上发现:JN08与国外分离株的遗传距离较近,处于同一基因亚型上,而与国内分离株的遗传距离较远。

传染性支气管炎病毒S1和N基因遗传变异频率的分析

旨在探讨中国北方地区传染性支气管炎病毒(IBV)的流行和分子变异,进而探讨IBV的遗传演变规律。利用生物信息学方法对IBV纤突蛋白(S1)和核蛋白(N)编码基因进行分析比较。结果显示:2012—2013年发生在山东、天津等北方地区的IBV流行株高度同源,其S1基因核苷酸(氨基酸)相似性为94.0%~100%(93.1%~100%),N基因为98.4%~99.1%(98.1%~99.8%),而与经典疫苗株H120相似性均较低,且至少在S1基因的3个高变区产生了较多的点突变、缺失和插入,且变异集中在第53—150和250—290位,以高变区HVR I居多,GM/13在62—65位缺失4个氨基酸。进一步的分析表明:IBV流行株S1基因与1998年在我国北方流行的A2株核苷酸相似性最高,为94.9%~97.2%,年核苷酸(nt)变异频率平均为2.4nt×10-3;而N基因则与LX4株相似性最高,为93.0%~93.5%,年变异频率平均为5.1nt×10-3。IBV流行株可能是A2-like和LX4-like毒株的重组,且N基因的变异频率明显高于S1基因。

水貂绿脓杆菌的分离与鉴定

2011~2013年间，从山东省、河北省和江苏省等地的多个貂场疑似水貂出血性肺炎病貂的肺脏、肝脏和脾脏中分离到425株疑似绿脓杆菌。用绿脓杆菌的OprF和PEA基因的PCR引物对分离菌株的目的基因扩增，经核苷酸测序确定其均为绿脓杆菌序列。通过日本生研株式会社血清学分型系统进行分型：G型376株，占88.5%；B型34株，占8%；C型12株，占2.8%；E型3株，占0.7%。取其中6株细菌（G血清型3株，其他血清型各1株）进行详细生化试验，结果显示该6株菌均符合绿脓杆菌的生化特性，并且从这6株中选4株细菌（每血清型各1株）腹腔接种小白鼠和气管内接种水貂，结果表明4株菌对其均有致病性。