基于细胞焦亡相关基因表达谱的子宫内膜癌预后模型构建

目的:筛选在子宫内膜癌(UCEC)中具有预后价值的细胞焦亡相关基因并构建风险评分模型,进一步构建整合细胞焦亡基因表达谱和临床病理参数的UCEC预后列线图(Nomogram)。方法:基于癌症基因组图谱数据库(TCGA)筛选UCEC细胞焦亡相关差异表达基因。通过最小绝对收缩和选择算子(Lasso)回归获得细胞焦亡相关预后基因并构建风险评分模型。使用受试者工作特征曲线(ROC)评估模型的特异度和敏感度。根据风险值(risk)的中位数将患者划分为高风险组和低风险组,整合临床病理信息(临床分期、病理分级和肿瘤类型),采用Kaplan-Meier法进行生存分析,使用单样本基因集富集分析(ssGSEA)评估28种免疫细胞浸润丰度。比较高风险组和低风险组的临床病理分型、预后特征和免疫细胞浸润程度的差异。结合临床变量(年龄和临床病理分期),通过逐步回归方法获得最优变量组合建立Nomogram,使用ROC和校准曲线对Nomogram进行评估。结果:13种细胞焦亡基因在UCEC组织中的表达高于癌旁组织(P<0.05)。进一步获得由9种有预后价值的细胞焦亡基因组成的表达谱,并据此构建风险评分模型。预后风险模型1年、3年和5年的生存预测性能AUC值分别是0.627、0.722和0.770。百分比柱状图显示,临床分期、病理分级和肿瘤类型在高风险组、低风险组间所占比例存在差异,高风险组表现出更差的临床分期、病理分级和更高的复发风险。生存分析显示,低风险组患者的总生存期(OS)显著高于高风险组(P<0.001)。ssGSEA分析表明,低风险组中20种免疫细胞的浸润程度高于高风险组(P<0.05)。Nomogram的C指数(C-index)为0.681(95%CI为0.618~0.742,P<0.001),预测总生存时间方面表现出良好的准确性。校准曲线分析显示,校准预测曲线与实际观测结果一致性较高。结论:本研究通过9种细胞焦亡相关基因构建UCEC预后模型,该模型具有良好的预测能力和稳定性,可帮助患者生存预后评估及优化治疗策略。

利用数据库信息分析NAMPT与肝癌的病理特征和免疫浸润的关联性

目的分析烟酰胺磷酸核糖转移酶(NAMPT)在肝细胞癌(HCC)中的表达,并研究其与肝癌患者病理特征及免疫浸润的关系。方法利用TIMER数据库获得NAMPT在HCC中的表达数据。通过UALCAN数据库分析NAMPT表达与血清甲胎蛋白(AFP)之间的相关性。从TCGA-LIHC中下载肝癌转录组RNA-Seq数据,提取NAMPT和免疫相关分子mRNA表达量。利用估计算法和单样本基因集富集分析(ssGSEA),评估NAMPT高低表达组间免疫成分、基质成分的数量和免疫细胞浸润丰度及计算免疫相关分子表达有无差异;分析NAMPT表达与免疫细胞浸润的关联性。结果TIMER数据库显示,NAMPT mRNA在HCC中的表达低于癌旁组织(P<0.05)。UALCAN数据库检测发现,NAMPT表达和血清AFP呈负向低度相关(r=-0.464,P<0.05)。基质细胞占比、免疫细胞占比和肿瘤细胞纯度在NAMPT高低表达组间存在统计学差异(P<0.05)。ssGSEA分析发现,20种免疫细胞在NAMPT高表达组中的浸润程度高于NAMPT低表达组(P<0.05)。免疫相关分子NKG2D、CD40、FAS、ELANE、PDL1、PDL2在两组中的表达差异有统计学意义(P<0.05)。TIMER数据库分析发现,NAMPT的表达与巨噬细胞(r=0.125,P=0.021)、中性粒细胞(r=0.284,P<0.001)和树突状细胞(r=0.131,P=0.016)浸润呈正向低度相关,与肿瘤纯度呈负向低度相关(r=-0.137,P=0.011)。结论NAMPT与临床病理参数具有一定相关性,并能在一定程度反映肝癌患者免疫微环境的状态。本研究为鉴别肝癌免疫治疗获益人群提供了新的线索。

膀胱癌患者血清microRNA检测中内参基因的筛选及验证

目的筛选并验证适用于膀胱癌患者血清microRNA(miRNA)定量检测的内参基因。方法选取100例肌层浸润性膀胱癌患者、105例非肌层浸润性膀胱癌患者及139例健康对照者血清,通过Miseq测序筛选出表达较为稳定的miRNA,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)法检测上述筛选出的miRNA及U6表达水平,利用geNorm及NormFinder软件对其稳定性进行分析,并在新的实验组中对软件所推荐内参基因及组合进行验证,选取miR-148b-3p作为靶分子,以进一步分析所选择内参基因的可靠性。结果采用qRT-PCR法对M iseq测序结果进行验证,筛选出hsa-miR-193a-5p、hsa-miR-16-5p、U6、hsa-miR-191-5p和hsa-let-7d-3p作为候选内参基因,经分析和验证后证实,hsa-miR-193a-5p作为内参基因最稳定,hsa-miR-193a-5p和hsa-miR-16-5p的组合为最佳内参组合。同时,miR-148b-3p在膀胱癌患者血清中明显上调并具有一定的诊断价值。结论在对膀胱癌血清miRNA检测时,hsa-miR-193a-5p为最稳定内参基因,hsa-miR-193a-5p和hsa-miR-16-5p为最佳组合,联合应用可使结果更为准确可靠。

血清miR-210在结直肠癌患者血清中的表达及临床意义

目的探讨mi R-210在结直肠癌(CRC)患者血清中的表达及临床意义。方法通过逆转录实时荧光定量PCR(q RT-PCR)方法,检测48例CRC患者(CRC组)和40例健康体检者(对照组)血清mi R-210的表达水平,分析其与临床病理参数的关系。通过检测CRC组中12例患者术前、术后1个月和术后复发时血清中mi R-210的表达水平,分析其变化趋势。检测两组CEA和CA199的水平,通过ROC曲线比较mi R-210、CEA、CA199对于CRC的诊断效能。结果 CRC组血清mi R-210的表达水平高于对照组,并且与肿瘤大小、浸润程度、淋巴结转移、临床分期密切相关(P均<0.05),而与性别、年龄、肿瘤类型及肿瘤分化程度无相关性(P均>0.05)。CRC组中12例患者术后1个月血清mi R-210的表达较术前降低(P<0.001),术后复发时血清mi R-210的表达较术后1个月升高(P<0.001)。mi R-210诊断CRC的ROC曲线下面积(AUC)为0.835,其诊断效能高于CEA(AUC:0.672,Z=2.230,P<0.05)和CA199(AUC:0.651,Z=2.427,P<0.05)。mi R-210诊断CRC的特异性为82.5%,敏感性为70.8%,诊断临界值为38.31,阳性预测值为82.9%,阴性预测值为70.2%,准确性为76.1%。结论循环mi R-210有望成为早期诊断结直肠癌的新的非侵入性分子标志物。