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应用系统发育分析方法鉴别近缘病原菌
被引量:
2
1
作者
曹清毅
侯晓丽
+1 位作者
吴昊
陈智
《浙江大学学报(医学版)》
CAS
CSCD
2007年第6期531-536,共6页
目的:以gyrB基因序列为基础,采用系统发育分析方法构建进化树,对种系关系密切的病原菌进行区分鉴别。方法:测序获得本地区19株大肠埃希菌、13株志贺菌、2株豚鼠气单胞菌、2株嗜水气单胞菌、1株维隆气单胞菌的gyrB基因序列,并将其同公共...
目的:以gyrB基因序列为基础,采用系统发育分析方法构建进化树,对种系关系密切的病原菌进行区分鉴别。方法:测序获得本地区19株大肠埃希菌、13株志贺菌、2株豚鼠气单胞菌、2株嗜水气单胞菌、1株维隆气单胞菌的gyrB基因序列,并将其同公共数据库已有序列合并,构建进化树。分析各序列在树中的聚类关系,以此对菌株进行种水平分类鉴别,并同BLA ST查询结果相比较。结果:除鲍氏和痢疾志贺菌外,对检测的所有序列,在进化树上与之最邻近的5条序列均为该种菌株。而对一部分菌株,其BLA ST查询结果中含有其它菌种的或分类关系不明确的序列。结论:以系统发育方法对种系发生关系密切的病原菌序列进行鉴别,具有较好的分辨力和准确度。
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关键词
细菌
基因
鉴别
系统发育树
gyrB基因
BLAST
序列分析
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职称材料
霍乱弧菌和副溶血弧菌分离株的gyrB基因系统发育分析
被引量:
17
2
作者
侯晓丽
曹清毅
+1 位作者
潘劲草
陈智
《微生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2006年第6期884-889,共6页
依据gyrB基因部分编码序列构建系统发育树以分类和鉴别霍乱弧菌和副溶血弧菌,并探讨其种系发生关系。扩增并测序13株霍乱弧菌、8株副溶血弧菌、2株嗜水气单胞菌及1株类志贺邻单胞菌的gyrB基因(编码DNA促旋酶B亚单位)序列,并采用距离法...
依据gyrB基因部分编码序列构建系统发育树以分类和鉴别霍乱弧菌和副溶血弧菌,并探讨其种系发生关系。扩增并测序13株霍乱弧菌、8株副溶血弧菌、2株嗜水气单胞菌及1株类志贺邻单胞菌的gyrB基因(编码DNA促旋酶B亚单位)序列,并采用距离法与最大似然法构建系统发育树。两种方法所构建的树结构完全一致,霍乱弧菌、副溶血弧菌、嗜水气单胞菌及类志贺邻单胞菌各自形成一个独立的簇。其中,霍乱肠毒素基因(ctxA)阳性的霍乱弧菌(8株O139群与2株O1群ElTor型)聚类成一分枝;3株副溶血弧菌临床株(1株2002年流行株,2株2004年分离株)与1日本菌株及2001年1株自环境分离的毒力株聚类。系统发育分析靶分子gyrB基因可以良好区分上述4种常见病原菌。产毒O139群霍乱弧菌与产毒O1群ElTor型霍乱弧菌关系密切。副溶血弧菌环境毒力株与本地区临床主要流行株在系统发育关系上较为接近,可能是潜在的致病菌。
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关键词
gyrB基因
系统发育分析
霍乱弧菌
副溶血弧菌
嗜水气单胞菌
类志贺邻单胞菌
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职称材料
基于悬浮芯片技术的56种病原微生物的高通量检测
被引量:
13
3
作者
朱海红
蒋汉梁
+8 位作者
陈智
曹清毅
孙箴
侯晓丽
周林福
陈峰
羊正纲
贾红宇
许晓燕
《浙江大学学报(医学版)》
CAS
CSCD
2007年第6期524-530,共7页
目的:建立高通量、快速、可靠、经济的病原微生物诊断技术平台。方法:设计和合成针对56种常见病原微生物的探针和阳性对照,采用悬浮芯片技术,对56种病原微生物的阳性标准品进行检测。结果:56种标准品的检测值显著高于阴性对照,各病原微...
目的:建立高通量、快速、可靠、经济的病原微生物诊断技术平台。方法:设计和合成针对56种常见病原微生物的探针和阳性对照,采用悬浮芯片技术,对56种病原微生物的阳性标准品进行检测。结果:56种标准品的检测值显著高于阴性对照,各病原微生物的阳性标准品和各探针之间无交叉反应。结论:建立了高通量、快速、可靠、经济的病原微生物诊断技术平台,为突发传染病的病原体诊断提供技术储备。
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关键词
微生物学技术
基因表达
悬浮芯片技术
高通量诊断
病原微生物
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职称材料
题名
应用系统发育分析方法鉴别近缘病原菌
被引量:
2
1
作者
曹清毅
侯晓丽
吴昊
陈智
机构
浙江大学医学院附属第一医院传染病研究所
出处
《浙江大学学报(医学版)》
CAS
CSCD
2007年第6期531-536,共6页
基金
浙江省科学技术厅重点科研项目(2003C13015
021103128)
文摘
目的:以gyrB基因序列为基础,采用系统发育分析方法构建进化树,对种系关系密切的病原菌进行区分鉴别。方法:测序获得本地区19株大肠埃希菌、13株志贺菌、2株豚鼠气单胞菌、2株嗜水气单胞菌、1株维隆气单胞菌的gyrB基因序列,并将其同公共数据库已有序列合并,构建进化树。分析各序列在树中的聚类关系,以此对菌株进行种水平分类鉴别,并同BLA ST查询结果相比较。结果:除鲍氏和痢疾志贺菌外,对检测的所有序列,在进化树上与之最邻近的5条序列均为该种菌株。而对一部分菌株,其BLA ST查询结果中含有其它菌种的或分类关系不明确的序列。结论:以系统发育方法对种系发生关系密切的病原菌序列进行鉴别,具有较好的分辨力和准确度。
关键词
细菌
基因
鉴别
系统发育树
gyrB基因
BLAST
序列分析
Keywords
Bacteria
Genes
Identification
Phylogeny
gyrB
BLAST
Sequence analysis
分类号
R378 [医药卫生—病原生物学]
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职称材料
题名
霍乱弧菌和副溶血弧菌分离株的gyrB基因系统发育分析
被引量:
17
2
作者
侯晓丽
曹清毅
潘劲草
陈智
机构
浙江大学附属第一医院传染病研究所
浙江省杭州市疾病预防控制中心
出处
《微生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2006年第6期884-889,共6页
基金
浙江省科学技术厅重点项目"重要传染病诊断和治疗新技术的研究"(2003C13015
021103128)~~
文摘
依据gyrB基因部分编码序列构建系统发育树以分类和鉴别霍乱弧菌和副溶血弧菌,并探讨其种系发生关系。扩增并测序13株霍乱弧菌、8株副溶血弧菌、2株嗜水气单胞菌及1株类志贺邻单胞菌的gyrB基因(编码DNA促旋酶B亚单位)序列,并采用距离法与最大似然法构建系统发育树。两种方法所构建的树结构完全一致,霍乱弧菌、副溶血弧菌、嗜水气单胞菌及类志贺邻单胞菌各自形成一个独立的簇。其中,霍乱肠毒素基因(ctxA)阳性的霍乱弧菌(8株O139群与2株O1群ElTor型)聚类成一分枝;3株副溶血弧菌临床株(1株2002年流行株,2株2004年分离株)与1日本菌株及2001年1株自环境分离的毒力株聚类。系统发育分析靶分子gyrB基因可以良好区分上述4种常见病原菌。产毒O139群霍乱弧菌与产毒O1群ElTor型霍乱弧菌关系密切。副溶血弧菌环境毒力株与本地区临床主要流行株在系统发育关系上较为接近,可能是潜在的致病菌。
关键词
gyrB基因
系统发育分析
霍乱弧菌
副溶血弧菌
嗜水气单胞菌
类志贺邻单胞菌
Keywords
gyrB gene
Phylogenetic analysis
Vibrio cholerae
Vibrio parahaemolyticus
Aeromonas hydrophila
Plesiomonas shigelloides
分类号
Q931 [生物学—微生物学]
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职称材料
题名
基于悬浮芯片技术的56种病原微生物的高通量检测
被引量:
13
3
作者
朱海红
蒋汉梁
陈智
曹清毅
孙箴
侯晓丽
周林福
陈峰
羊正纲
贾红宇
许晓燕
机构
浙江大学医学院附属第一医院传染病研究所
出处
《浙江大学学报(医学版)》
CAS
CSCD
2007年第6期524-530,共7页
基金
浙江省科技厅重大项目(2003C13015)
浙江省医药卫生科学研究基金项目(2006B029)
文摘
目的:建立高通量、快速、可靠、经济的病原微生物诊断技术平台。方法:设计和合成针对56种常见病原微生物的探针和阳性对照,采用悬浮芯片技术,对56种病原微生物的阳性标准品进行检测。结果:56种标准品的检测值显著高于阴性对照,各病原微生物的阳性标准品和各探针之间无交叉反应。结论:建立了高通量、快速、可靠、经济的病原微生物诊断技术平台,为突发传染病的病原体诊断提供技术储备。
关键词
微生物学技术
基因表达
悬浮芯片技术
高通量诊断
病原微生物
Keywords
Microbiological techniques
Gene expression
Suspension array technique
High -throughput diagnosis
Pathogenic microbes
分类号
R446.5 [医药卫生—诊断学]
R450 [医药卫生—治疗学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
应用系统发育分析方法鉴别近缘病原菌
曹清毅
侯晓丽
吴昊
陈智
《浙江大学学报(医学版)》
CAS
CSCD
2007
2
下载PDF
职称材料
2
霍乱弧菌和副溶血弧菌分离株的gyrB基因系统发育分析
侯晓丽
曹清毅
潘劲草
陈智
《微生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2006
17
下载PDF
职称材料
3
基于悬浮芯片技术的56种病原微生物的高通量检测
朱海红
蒋汉梁
陈智
曹清毅
孙箴
侯晓丽
周林福
陈峰
羊正纲
贾红宇
许晓燕
《浙江大学学报(医学版)》
CAS
CSCD
2007
13
下载PDF
职称材料
已选择
0
条
导出题录
引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
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