基于单细胞转录组测序技术的膀胱癌区域免疫特性的研究

目的:利用单细胞转录组测序技术建立研究膀胱癌(BC)区域免疫特性的方法。方法:收集BC患者膀胱癌组织与非恶性膀胱组织样本并制备成单细胞悬液,通过10X Genomics单细胞平台对其进行单细胞转录组文库构建后测序,通过生物信息学分析系统性描绘免疫细胞亚群图谱,阐明不同组织来源免疫细胞基因表达的差异。结果:单细胞转录组测序分析能够有效检测免疫细胞亚群,将其分为11个细胞簇。PTPRC在免疫细胞簇中的表达量显著高于非免疫细胞簇,但在浆细胞中表达量很低。膀胱癌组织与非恶性膀胱组织的免疫细胞含量及亚群基因表达存在差异。结论:单细胞转录组测序技术可以实现对BC性区域中免疫细胞的精准分群,是探究BC区域免疫细胞成分的有效方法。

食管癌易感性相关基因文献计量学及生物信息学分析

总结分析食管癌易感基因研究文献,并通过生物信息学方法筛选获得关键基因,为食管癌的诊断治疗研究提供参考。以中国知网(CNKI)、NCBI Pubmed数据库为文献来源,对近12年食管癌易感性相关基因文献进行文献计量学分析,并对相关基因及其产物进行生物信息学分析。324篇文献纳入研究,共涉及131个基因。生物信息学分析提示VEGFR、MMP9、IL6、RAD51、CCND1、CD44、MDM2、PTGS2、TP53、EGFR、ATM、BRCA2和TNF等多个基因在相互作用网络中有关键作用。通过对食管癌易感性相关基因的文献计量学分析及生物信息学分析,可以了解目前该领域研究动态,发现食管癌易感性相关的热点基因,有助于深入研究。

利用单细胞技术探究肿瘤相关巨噬细胞的特征

许多研究揭示了巨噬细胞在多种疾病的发病机制中起到重要作用,而且暴露于不同的组织环境时可获得不同的表型和功能,尤其是在肿瘤组织中,以往已知的表面标记物已无法区分肿瘤中巨噬细胞亚群。而最近快速发展的质谱流式、单细胞RNA测序,使全面绘制和研究肿瘤的各种细胞及其表型和功能成为可能。本综述通过总结这些技术在定义肿瘤中巨噬细胞亚群方面的进展,讨论不同肿瘤相关性巨噬细胞的特征表型和功能,寻找新的并具有治疗或预后潜力的生物学标记物,为今后肿瘤的临床免疫治疗提供一定的理论依据。

基于单细胞RNA测序探讨膀胱癌患者外周血单个核细胞特征的研究

目的:探讨利用单细胞RNA测序技术研究膀胱癌患者外周血特征的效果,为研究膀胱癌患者外周血提供新的策略。方法:分别收集膀胱癌患者和健康人的外周血,提取外周血单个核细胞(PBMC)进行单细胞RNA测序。对测序结果进行差异基因分析,根据基因表达情况降维聚类分群,定义各细胞亚群的细胞类型和比较各亚群之间的差异。结果:单细胞RNA测序检测到健康人PBMC有7523个细胞,膀胱癌患者PBMC有5289个细胞,根据上述细胞的基因的表达情况将细胞聚类分为15个亚群。健康人和膀胱癌患者的PBMC细胞类型具有相似性但细胞亚型的分布具有差异性,尤其是CD8^(+)和CD4^(+)T细胞,并且在膀胱癌患者PBMC中发现了膀胱癌患者特有的细胞亚群。结论:单细胞RNA测序能够实现对PBMC做到精细分群,通过展示来自健康人和膀胱癌患者PBMC的表达谱,能够更精准的反映PBMC细胞间的差异,为研究膀胱癌患者PBMC提供了一个新的研究方案。

利用单细胞RNA测序探索NK细胞的异质性和特征的研究进展

NK细胞在先天性免疫和适应性免疫中发挥关键作用,探究NK细胞的新亚型和异质性有助于了解NK细胞的不同功能。单细胞测序技术能够无偏倚地对单个细胞进行分析,目前单细胞RNA测序(single-cell RNA sequencing, scRNA-seq)已广泛应用于多个领域,尤其是在免疫学方面。该文总结了利用scRNA-seq技术进行NK细胞研究的策略,讨论了通过scRNA-seq技术揭示的NK细胞在不同组织中的异质性和功能。