CDC42EP2基因与肝癌预后、免疫细胞浸润关系及其对细胞迁移侵袭的影响

目的 探讨CDC42EP2基因与肝细胞癌(肝癌)患者预后和免疫细胞浸润的关系及其对细胞迁移侵袭的影响。方法 从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载肝癌组织与正常肝组织中CDC42EP2基因表达谱数据,分析肝癌组织CDC42EP2基因表达与临床病理特征的相关性,并用Kaplan-Meier Plotter数据库进行生存预后分析;利用HCCDB数据库分析CDC42EP2的共表达网络;利用TIMER2.0数据库探讨CDC42EP2表达与免疫细胞浸润的相关性;采用siRNA技术抑制HepG2肝癌细胞中CDC42EP2基因表达,qRT-PCR及Transwell实验分别检测CDC42EP2对肝癌细胞迁移和侵袭能力的影响。结果 TCGA数据库分析显示,肝癌组织CDC42EP2表达明显高于正常肝组织(P<0.05),肝癌组织CDC42EP2表达与肝癌病理组织学分级、TNM分期、TP53突变相关(P<0.05)。肝癌组织CDC42EP2高表达患者中位生存时间为41.0个月,明显低于低表达患者的84.4个月(HR=1.86,P<0.05)。CDC42EP2表达与辅助性T细胞(Th)、中央记忆型T细胞(Tcm)及Th2细胞浸润成正比,而与树突状细胞(DC)及Th17细胞浸润成反比(r=0.179,0.172,0.144,-0.125,-0.182;P<0.05)。siRNA敲低CDC42EP2基因后,HepG2肝癌细胞迁移和侵袭能力显著降低。结论 肝癌组织CDC42EP2基因高表达,其高表达与肝癌预后不良有关。敲低CDC42EP2基因可抑制肝癌细胞的迁移和侵袭能力。

生物信息学分析CETP基因在肝癌中表达及其对预后和免疫的影响

目的:探讨胆固醇酯转移蛋白(CETP)在原发性肝癌(肝癌)中表达及其对预后和免疫的影响。方法:下载GEO数据集GSE101685、GSE45267、GSE62232,以及ImmPort数据库人类免疫相关基因(IRGs),联合筛选差异表达的下调基因并选择未研究过的基因CETP。使用UALCAN和Kaplan-Meier Plotter数据库分别分析CETP在肝癌中的表达和其与肝癌患者预后的关系。LinkedOmics数据库进行基因本体(GO)分析和KEGG通路基因富集分析。Timer数据库及TISIDB数据库分析CETP与肝癌免疫细胞浸润、免疫调节剂的相关性。结果:3个肝癌数据集及ImmPort数据库筛选出共有的16个差异基因,从中选择下调的关键基因CETP。UALCAN数据库显示,与正常组织相比,CETP基因在肝癌组织中表达水平降低(P<0.05);CETP表达与美国癌症联合委员会(AJCC)分期、淋巴结转移密切相关(P<0.05)。Kaplan-Meier Plotter数据库分析显示,CETP基因低表达患者中位生存时间37.8个月,明显短于高表达患者的61.7个月(HR=0.66,P<0.05)。GO分析显示,CETP相关基因主要参与免疫反应、白细胞粘附、细胞死亡、细胞趋化等活动;KEGG通路分析显示,CETP基因在NK细胞介导的细胞毒性、细胞因子-细胞因子受体相互作用、氧化磷酸化、Th1和Th2细胞分化等通路中富集。TIMER数据库及TISIDB数据库表明CETP与肝癌中树突状细胞、CD8+T细胞免疫细胞浸润水平及免疫调节剂相关。结论:在线数据库分析表明,CETP基因在肝癌中表达下调,CETP低表达与患者临床特征和不良预后相关,CETP表达的改变可影响免疫应答,从而可能影响患者预后。