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基于生物信息学分析骨质疏松症与慢性阻塞性肺疾病的相关性
1
作者
杨贻富
刘树华
+5 位作者
陈桐莹
吴建军
付赛
杨东升
曾韵杰
万雷
《医学研究杂志》
2024年第10期60-66,共7页
目的 利用生物信息学分析骨质疏松症与慢性阻塞性肺疾病差异表达的miRNA及两种疾病的相互关系。方法利用GEO数据库获取骨质疏松症(osteoporosis, OP)与慢性阻塞性肺疾病(chronic obstructive pulmonary disease, COPD)的基因芯片,使用R4...
目的 利用生物信息学分析骨质疏松症与慢性阻塞性肺疾病差异表达的miRNA及两种疾病的相互关系。方法利用GEO数据库获取骨质疏松症(osteoporosis, OP)与慢性阻塞性肺疾病(chronic obstructive pulmonary disease, COPD)的基因芯片,使用R4.1.0软件中的limma包进行差异分析分析得到OP与COPD差异表达的微小核糖核酸(differentially expressed microRNA,DEmiRNA),将筛选后的DEmiRNAs用miRDB数据库和Targetscan数据库进行靶基因预测;使用KOBAS对靶基因进行转录因子的预测并进行GO分析和KEGG通路分析,并从STRING数据库下载靶基因进行蛋白互作网络数据,通过Cytoscape对结果进行分析与构建蛋白互作网络与模型进行可视化。结果 OP与COPD的基因芯片中共有4个有差异的DEmiRNA为hsa-miR-631、hsa-miR-940、hsa-miR-508-5p和hsa-miR-1470,通过蛋白互作网络筛选出前7个核心基因为UBA52、UBE2I、UBE2N、STAM、IPO5、CD28、STX6。结论 OP与COPD之间可能通过缺氧、慢性炎症、氧化应激、钙离子重吸收以及线粒体自噬等一系列病理生理反应相互联系,其中,hsa-miR-940在两种疾病中的关系最为密切。
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关键词
骨质疏松症
慢性阻塞性肺疾病
生物信息学
微小核糖核酸
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职称材料
针灸疗法治疗慢性湿疹的系统评价再评价
被引量:
5
2
作者
曾智文
林源洵
+5 位作者
李蔓
曾韵杰
张佳玲
赵颖婕
邱瑞瑾
张东淑
《世界科学技术-中医药现代化》
CSCD
北大核心
2022年第7期2843-2851,共9页
目的评价针灸疗法治疗慢性湿疹系统评价(Systematic review,SR)的方法学质量、报告质量与证据质量。方法通过计算机检索EMbase、PubMed、Medline、Cochrane Library、CBM、CNKI、Wanfang和VIP等数据库建库至2021年4月1日的系统评价/met...
目的评价针灸疗法治疗慢性湿疹系统评价(Systematic review,SR)的方法学质量、报告质量与证据质量。方法通过计算机检索EMbase、PubMed、Medline、Cochrane Library、CBM、CNKI、Wanfang和VIP等数据库建库至2021年4月1日的系统评价/meta分析,使用NoteExpress 3.2.0进行文献管理,从文献发表年份、临床研究设计类型、AMSTAR 2、PRISMA、异质性、发表偏倚风险等方面进行雷达图多元评价;GRADE系统进行证据质量评级。结果最终纳入6篇SR/Meta分析,雷达图多元评价质量秩平均得分为4.31,主要问题为未进行项目注册、未提供排除文献清单,未分析纳入研究的偏倚风险,未报告纳入研究的资金来源、未对纳入文献的敏感性或者其他方面进行分析等。GRADE证据质量评分均为低证据与极低证据等级,主要原因包括纳入原始研究质量不高、结局指标存在较大异质性、纳入文献数量不足等。结论受纳入原始研究和SR/Meta分析的质量限制,现有针灸疗法治疗慢性湿疹的结论尚需开展更多高质量的研究予以验证,也为临床医生提供更高级别证据。
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关键词
慢性湿疹
系统评价再评价
针灸
GRADE
雷达图
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职称材料
题名
基于生物信息学分析骨质疏松症与慢性阻塞性肺疾病的相关性
1
作者
杨贻富
刘树华
陈桐莹
吴建军
付赛
杨东升
曾韵杰
万雷
机构
广州中医药大学第三临床医学院
广州中医药大学第三附属医院
出处
《医学研究杂志》
2024年第10期60-66,共7页
基金
国家自然科学基金资助项目(82174395)
广州中医药大学第三附属医院瞪羚计划项目(KY6032022006)。
文摘
目的 利用生物信息学分析骨质疏松症与慢性阻塞性肺疾病差异表达的miRNA及两种疾病的相互关系。方法利用GEO数据库获取骨质疏松症(osteoporosis, OP)与慢性阻塞性肺疾病(chronic obstructive pulmonary disease, COPD)的基因芯片,使用R4.1.0软件中的limma包进行差异分析分析得到OP与COPD差异表达的微小核糖核酸(differentially expressed microRNA,DEmiRNA),将筛选后的DEmiRNAs用miRDB数据库和Targetscan数据库进行靶基因预测;使用KOBAS对靶基因进行转录因子的预测并进行GO分析和KEGG通路分析,并从STRING数据库下载靶基因进行蛋白互作网络数据,通过Cytoscape对结果进行分析与构建蛋白互作网络与模型进行可视化。结果 OP与COPD的基因芯片中共有4个有差异的DEmiRNA为hsa-miR-631、hsa-miR-940、hsa-miR-508-5p和hsa-miR-1470,通过蛋白互作网络筛选出前7个核心基因为UBA52、UBE2I、UBE2N、STAM、IPO5、CD28、STX6。结论 OP与COPD之间可能通过缺氧、慢性炎症、氧化应激、钙离子重吸收以及线粒体自噬等一系列病理生理反应相互联系,其中,hsa-miR-940在两种疾病中的关系最为密切。
关键词
骨质疏松症
慢性阻塞性肺疾病
生物信息学
微小核糖核酸
Keywords
Osteoporosis
Chronic obstructive pulmonary disease
Bioinformatics
Microribonucleic acid
分类号
R274.9 [医药卫生—中西医结合]
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职称材料
题名
针灸疗法治疗慢性湿疹的系统评价再评价
被引量:
5
2
作者
曾智文
林源洵
李蔓
曾韵杰
张佳玲
赵颖婕
邱瑞瑾
张东淑
机构
南方医科大学南方医院
南方医科大学中医药学院
北京中医药大学附属东直门医院
出处
《世界科学技术-中医药现代化》
CSCD
北大核心
2022年第7期2843-2851,共9页
基金
国家自然科学基金委员会面上项目(81774390):基于调节Th1/Th2免疫偏移与皮损局部微生态失衡探讨自血穴位注射治疗痤疮的作用机制,负责人:张东淑
广东省中医药管理局面上项目(20211258)“:治风先治血”——自血穴注调控特应性皮炎Th1/Th2极化关键效应机制研究,负责人:张东淑
广东省中医药管理局面上项目(20201022):靳氏经络注血疗法治疗寻常型痤疮的随机平行对照临床研究,负责人:李宝国
文摘
目的评价针灸疗法治疗慢性湿疹系统评价(Systematic review,SR)的方法学质量、报告质量与证据质量。方法通过计算机检索EMbase、PubMed、Medline、Cochrane Library、CBM、CNKI、Wanfang和VIP等数据库建库至2021年4月1日的系统评价/meta分析,使用NoteExpress 3.2.0进行文献管理,从文献发表年份、临床研究设计类型、AMSTAR 2、PRISMA、异质性、发表偏倚风险等方面进行雷达图多元评价;GRADE系统进行证据质量评级。结果最终纳入6篇SR/Meta分析,雷达图多元评价质量秩平均得分为4.31,主要问题为未进行项目注册、未提供排除文献清单,未分析纳入研究的偏倚风险,未报告纳入研究的资金来源、未对纳入文献的敏感性或者其他方面进行分析等。GRADE证据质量评分均为低证据与极低证据等级,主要原因包括纳入原始研究质量不高、结局指标存在较大异质性、纳入文献数量不足等。结论受纳入原始研究和SR/Meta分析的质量限制,现有针灸疗法治疗慢性湿疹的结论尚需开展更多高质量的研究予以验证,也为临床医生提供更高级别证据。
关键词
慢性湿疹
系统评价再评价
针灸
GRADE
雷达图
Keywords
Chronic eczema
Re-evaluation of systematic reviews
Acupuncture
GRADE
Radar chart
分类号
R246.7 [医药卫生—针灸推拿学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于生物信息学分析骨质疏松症与慢性阻塞性肺疾病的相关性
杨贻富
刘树华
陈桐莹
吴建军
付赛
杨东升
曾韵杰
万雷
《医学研究杂志》
2024
0
下载PDF
职称材料
2
针灸疗法治疗慢性湿疹的系统评价再评价
曾智文
林源洵
李蔓
曾韵杰
张佳玲
赵颖婕
邱瑞瑾
张东淑
《世界科学技术-中医药现代化》
CSCD
北大核心
2022
5
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职称材料
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