海洋琼胶降解菌FG15基因组从头测序分析

为充分了解琼胶降解菌FG15的基因功能和代谢途径,本研究使用SOAP de novo 2.04对Illumina Hiseq2000平台测序产生的基因片段进行了拼接和组装,同时利用Glimmer 3.02来预测基因的开放性阅读框,并采用蛋白质直系同源基因簇(COG)、基因本体数据库(GO)以及京都基因和基因组百科全书(KEGG)的数据来预测其基因功能,获得了代谢途径.结果表明:FG15的基因组大小为5.10 Mb,G+C含量为44.58%,共有38条Scaffolds,4 922个开放性阅读框,82个tRNA,2个rRNA;通过COG分析可将菌株FG15注释到22种COG功能类型,主要包括细胞代谢、细胞信号转导等;利用GO注释可将FG15注释到3大类39个GO功能亚类上;KEGG分析能将其定位到154个代谢通路中,包括物质代谢、次生代谢产物的生物合成等.次生代谢产物的合成代谢途径精确显示,FG15能合成青霉素和头孢菌素,且其与抗生素抗性实验的结果一致.研究结果为FG15功能基因组学的研究和相关次级代谢产物的生物合成途径以及异源表达的研究提供了理论基础.

琼胶降解菌FG12的全基因组测序

为了获得琼胶寡糖的高产琼胶降解菌,本研究通过Illumina Hiseq2000平台测序,使用SOAPdenovo2.04软件(拼接组装),Glimmer 3.02预测基因的开放性阅读框,RNAmmer 1.2预测rRNA,tRNAscan-SE 1.23预测tRNA以及COG、CO和KEGG等来预测FG12的基因功能,并对其进行了全基因组测序,结果表明:FG12的基因组大小为4.11Mb,GC含量为37.76%;共有4 441个开放性阅读框,其平均长度为780 bp,有76个tRNA和5个rRNA;有与琼胶寡糖代谢相关的基因和抗生素的代谢途径,因此得出,琼胶降解菌FG12有改造成为高效工程菌的潜力.

海洋环境监测质量管理现状及解决措施探析

海洋环境监测质量管理工作是指在进行海洋环境监测的过程当中,进行一切与质量有关的技术活动,是体现环境监测工作成果真实性、可靠性、代表性、准确性的价值所在。本文首先对国内海洋环境管理现状进行了概述,对海洋环境监测质量管理工作存在的问题以及加强质量管理实施进行深析。提出了相应的解决措施,更好地推进我国海洋环境监测质量工作建设。