浙江省结核分枝杆菌耐药突变特征及其与基因型相关性分析

目的:评价全基因组测序(whole-genome sequencing,WGS)对浙江省结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)耐药相关基因突变特征及其与基因型相关性的耐药分析和检测效能。方法:对2018—2019年浙江省第五次结核病耐药监测项目收集的808株MTB菌株进行14种抗结核药物的WGS分析。鉴定菌株的基因型及耐药相关基因突变,并对二者相关性,以及WGS检测异烟肼的药物敏感性试验(简称“药敏试验”)结果与表型药敏试验结果的一致性进行分析。结果:808株MTB菌株中,153株对11种抗结核药物(异烟肼、利福平、乙胺丁醇、吡嗪酰胺、链霉素、氟喹诺酮类、阿米卡星、卡那霉素、卷曲霉素、乙硫异烟胺、对氨基水杨酸)发生了耐药相关基因突变,总突变率为18.9%。主要耐药突变类型分别为katG-315-S/T[异烟肼,60.0%(45/75)]、rpoB-450-S/L[利福平,57.1%(16/28)]、embB-306-M/V[乙胺丁醇,43.8%(7/16)]、rpsL-43-K/R[链霉素,65.5%(36/55)]、gyrA-94-D/G[氟喹诺酮类,36.6%(15/41)]、rrs-1402-C/A(阿米卡星,3/3)、rrs-1402-C/A(卡那霉素,3/4)、rrs-1402-C/A(卷曲霉素,3/3)、inhA-15-C/T[乙硫异烟胺,65.0%(13/20)]、thyA-75-H/N(对氨基水杨酸,7/8)。rpsL基因和katG-315位点在北京基因型中的耐药突变率[均为6.8%(40/586)]均明显高于二者在非北京基因型中的突变率[0.0%(0/222)和3.2%(7/222)],差异均有统计学意义(χ^(2)=15.943,P=0.000;χ^(2)=3.964,P=0.046)。WGS耐药性分析对于异烟肼的检测敏感度、特异度、阳性预测值、阴性预测值、一致率和Kappa值分别为87.5%(49/56)、98.0%(680/694)、77.8%(49/63)、99.0%(680/687)、97.2%(729/750)和0.808。结论:浙江省MTB菌株对11种抗结核药物耐药相关基因突变以katG、rpoB、embB、pncA、rpsL、gyrA、rrs、thyA、inhA基因上的突变为主,其中rpsL基因、katG-315和rpsL-43位点突变与北京基因型相关。WGS耐药性分析对于异烟肼具有全面的耐药检测性能,但对个别基因突变位点的检测性能较弱。

结核分枝杆菌全基因组测序数据分析方法与应用进展

全基因组测序技术已经广泛应用于结核分枝杆菌的研究中,包括谱系鉴定、微进化、耐药预测、传播监测、混合感染诊断等多方面。生物信息学在基因组学研究中贯穿了从数据处理、分析到可视化的各个阶段,对全基因组测序技术的应用起到了至关重要的作用。笔者主要介绍和归纳了目前在结核分枝杆菌全基因组测序中常用的主流生物信息学分析软件和平台,并对近年来新开发的生物信息学分析方法从可用性、软件选择及应用等方面进行概述,为同领域研究者更方便、更灵活地开展数据分析和快速选择研究分析工具提供参考。

台州市非结核分枝杆菌的菌种分布特征和流行状况分析

目的 分析台州市非结核分枝杆菌(NTM)的菌种分布和流行状况,为NTM病防治提供实验室依据。方法 对台州市2018年—2021年收集的1 437株分枝杆菌,先通过抗酸染色和MPB64抗原胶体金试验进行初步鉴定,然后分别用ITS、rpoB和hsp65基因测序方法进行菌种鉴定。结果 1 437株分枝杆菌中236株最终鉴定为NTM,总体分离率为16.4%;2018年—2021年分离率分别为7.0%、15.2%、17.2%、29.6%,呈上升趋势(χ^(2)趋势=54.90,P<0.05)。236株NTM被鉴定为22个菌种,以鸟分枝杆菌复合群(MAC)为主(72.9%),其中胞内分枝杆菌占57.2%;其次为脓肿分枝杆菌(9.7%)和堪萨斯分枝杆菌(4.2%)。感染者男女比例为1.56:1,主要集中在≥60岁人群。结论 台州地区NTM总体分离率处于较高水平,建议加强本地区NTM病监测并及时对菌种进行鉴定。

贝达喹啉耐药分子机制研究进展

耐药性结核病已逐渐成为全球性公共卫生问题并引起全世界广泛重视。贝达喹啉作为一种新型抗结核药物, 对耐药性结核病具有显著的治疗效果。然而, 自2014年德国报告了首例贝达喹啉耐药患者后, 其耐药情况逐渐增多。本文综述了贝达喹啉的抗菌特性、作用机制和耐药性分子机制, 并探讨如何避免贝达喹啉耐药性的发生、延缓贝达喹啉耐药性的进展。

狂犬病疫苗佐剂的研究进展

狂犬病是一种由狂犬病病毒感染引起的致死性传染病,病死率几乎为100%。暴露后及时接种狂犬病疫苗是预防狂犬病最为有效的措施。然而,目前普遍使用的狂犬病疫苗接种程序复杂,接种后产生抗体较迟,抗体效价低,抗体维持时间短,暴露后单独使用狂犬病疫苗并不能达到满意的保护效果。为了能快速产生保护性免疫应答,诱导细胞或体液免疫的强度达到保护要求,开发高效、低毒、安全、廉价的新型狂犬病疫苗佐剂,成为目前狂犬病疫苗研究的重要领域。本文就近年来免疫调节分子类佐剂、递送系统佐剂及复合佐剂的作用机制及在狂犬病疫苗方面的研究状况进行综述。

浙江省非结核分枝杆菌流行状况及耐药性分析

目的分析浙江省非结核分枝杆菌(NTM)的流行状况及耐药性,为防制NTM病提供依据。方法对浙江省2008年度、2013年度和2018年度3次耐药监测收集的2 878株分枝杆菌分离株采用PNB/TCH生长试验进行初步鉴定,分别用16SrRNA、rpoB、ITS、hsp65基因测序方法进行菌种鉴定。采用比例法药物敏感性试验检测NTM菌株对抗结核药物的耐药性。结果 2 878株分枝杆菌分离株中有135株最终鉴定为NTM,分离率为4.69%。2008年度、2013年度和2018年度耐药检测NTM分离率分别为1.85%、4.56%和7.84%,呈上升趋势(P<0.05)。共13种NTM,以胞内分枝杆菌为主,82株占60.74%;其次为堪萨斯分枝杆菌,18株占13.33%。NTM对异烟肼、氨基水杨酸和链霉素耐药率较高,分别为97.78%、94.87%和94.81%。结论浙江省2008年度、2013年度和2018年度3次耐药监测NTM分离率呈上升趋势,胞内分枝杆菌、堪萨斯分枝杆菌为主要菌种,NTM对一、二线抗结核药物均有较高的耐药性。

法匹拉韦在细胞水平上对犬瘟热的抑制作用初探

目的研究法匹拉韦(T-705)在细胞水平上对犬瘟热病毒(CDV)增殖的抑制效果。方法利用间接免疫荧光实验及50%终点法测定犬源CDV-11株与貂源CDV-3株在Vero细胞和DH82细胞中的生长曲线。采用CCK-8法测定T-705对Vero细胞及DH82细胞活力的影响;测定在不同时间加入不同浓度T-705对CDV的抑制效率。结果细胞毒性实验表明,T-705对Vero细胞的活性具有轻微抑制作用,对DH82细胞的活性基本无影响。在2.441~1250μg/ml实验范围内,T-705可有效抑制CDV-3和CDV-11在Vero及DH82细胞中的增殖。在细胞感染病毒后的不同时间点(12,24,36,48 h)加入T-705,仍可产生持久的抗病毒效果。结论 T-705可在细胞水平高效抑制CDV的增殖,是治疗犬瘟热的候选药物。

人工镜检和自动镜检查找抗酸杆菌效果比较

目的比较显微扫描仪自动镜检与人工镜检检测萋尼染色痰涂片的效果差异。方法对1 345张用于室间质控的批量测试痰涂片分别使用自动镜检和人工镜检的方法进行抗酸杆菌检测,对2种方法的镜检结果进行比较分析。结果显微扫描仪自动镜检阳性率为42.90%(577/1 345),人工镜检的阳性率为44.24%(595/1 345),2种镜检方法的阳性率差异无统计学意义(χ^(2)=0.490,P> 0.05)。自动镜检的低阳性级别(1+及以下)检出率均高于人工镜检(P <0.05),高阳性级别(3+及以上)阳性率均低于人工镜检(P <0.05)。结论显微扫描仪自动镜检与人工镜检检测抗酸杆菌阳性检出效果一致,检测自动化,但阳性分级存在差异,可作为人工镜检的辅助工具。

核酸疫苗递送与免疫增强方法研究进展

在全球免疫计划中,DNA疫苗是理想的候选者。由于它成本低并且容易大规模生产,使得低收入国家也能受益。然而,目前核酸疫苗的真正潜力还没有被发掘出来,主要由于它在体内的吸收效率低导致该疫苗的免疫原性不强。本文对近年来一些具有创新性和发展前景的提高核酸疫苗细胞转递和有效性的方法进行综述。