基于多组学分析高盐饮食诱导的大鼠高血压靶器官损伤机制

通过高盐饮食的方式构建了高血压大鼠模型,基于高通量测序技术探索了高血压靶器官(心室和心房、肾皮质和髓质、结肠)的潜在损伤机制以及高盐饮食对肠道微生物群的影响。结果表明,喂食12周高盐饮食后大鼠血压显著升高,在对高血压靶器官的转录组数据分析中发现了一系列失调的差异转录因子,16S rRNA测序结果显示大鼠肠道菌群的组成发生了改变,通过功能分析发现了这种变化与微生物组代谢功能失调密切相关。通过共表达分析,进一步探讨了基因组和微生物组之间的串扰在高血压发展中的潜在机制。综上,本研究提供了在治疗高盐饮食诱导的高血压心-肾-肠损伤相关的候选关键基因和肠道微生物群,多组学分析可能是了解基因表达模式和疾病发展的关键方法。

一个新的人Rb26基因cDNA的克隆、表达及其增强细胞吞噬功能研究(英文)

RabGTPase家族成员基因及其调节囊泡膜运输途径功能已有许多报道,但Rab26蛋白分子的结构和功能仍不清晰.通过生物信息学分析,并在人脑cDNA文库中克隆了一个新的Rab26基因全长cDNA序列,长1656bp,与已发表的基因序列相比,在48～50位插入了GCC,在956位T被C取代,而在1197位G被A取代.该序列包含一个771bp完整的开放阅读框(ORF),编码256个氨基酸残基的Rab26蛋白,分子质量为27.9ku(GenBank登录号No.AY646153),而非如以往报告的190个氨基酸残基.GFP荧光标记全长Rb26在哺乳动物细胞中表达显示,Rab26主要呈现在细胞膜状结构相联系的分布,发现该基因高表达能显著增强PE标记的红色异源蛋白质的吞噬.还应用逆转录-聚合酶链反应对多种人肿瘤细胞Rb26表达进行了研究,结果显示,Rab26在Acc2、SPC-A1,K562以及HeLa等肿瘤细胞株呈高表达,而在SMMOL/LC-7721、HepG2、Caco2等肝和肠上皮细胞株中则不表达,值得进一步深入研究.

基于ChIP-Seq进行肿瘤/睾丸抗原XAGE-1b的DNA结合位点鉴定

XAGE-1b(X antigen family member 1B)属于XAGE亚家族,是一种肿瘤-睾丸抗原(cancer/testis antigen,CTA),表达于正常人睾丸组织和多种类型的肿瘤细胞中.本实验室前期研究发现,该基因在涎腺腺样囊性癌高转移细胞系中呈高表达.为了进一步研究XAGE-1b下游调控基因,本实验采用ChIP-Seq技术筛查XAGE-1b蛋白质可能存在的DNA结合片段.结果发现,XAGE-1b下游调控基因富集于细胞分裂(cell division,P-Value=7.95e-04)、细胞周期调控(cell cycle,P-Value=5.532e-03)、及癌症相关基因(GESA/MSigDB module_11,P-Value=2.010e-06)中.同时发现,XAGE-1b下游调控多个基因的表达产物(NCBI/interactions 22827,P-Value=4.678e-06)能与原癌基因c-Myc的启动子抑制蛋白PUF60发生蛋白质相互作用,并通过qPCR进行了验证.这些研究对阐明XAGE-1b在肿瘤细胞的增殖和转移中的作用有重要意义.

乙型肝炎病毒疫苗免疫不应答群体中蛋白质组表达差异性的初步研究

以往研究显示,人群中约有10%无法通过接种乙型肝炎病毒(HBV)疫苗而产生保护性水平的应答。为研究HBV疫苗免疫后不应答发生的机制,本研究对108例经正常免疫程序(大连汉信产HBV疫苗,10μg/支,共接种3针)后不同应答水平人群的血浆蛋白质组差异进行分析,将其分为无应答(抗体效价检测结果为阴性)组和高应答(抗体效价约1 000mIU/ml)组。用多重亲和去除系统(MARS)亲和柱去除14种高丰度蛋白后,采用双向荧光差异电泳(2D-DIGE)与基质辅助激光解析电离串联飞行时间质谱(MALDI-TOFMS)相结合的方法,鉴定获得11种差异表达蛋白质。在这些差异表达蛋白质中,α1微球蛋白、激肽原1的表达在无应答人群中较高应答人群上调,而α1抗胰凝乳蛋白酶、维生素D结合蛋白、afamin、抗凝血酶Ⅲ和玻连蛋白表达下调。其中,α1抗胰凝乳蛋白酶、激肽原1和α1微球蛋白的差异性表达进一步得到酶联免疫吸附试验(ELISA)或蛋白免疫印迹法验证。以上蛋白质的表达情况与HBV疫苗免疫应答状况相关,可能成为检测HBV疫苗免疫应答水平的分子标记,为进一步研究免疫不应答机制奠定基础。

肠道微生物测序研究中不同实验来源差异的综合评价以及应用

肠道微生物测序研究具有将微生物结果转化为人类健康的巨大潜力。16S扩增子测序和宏基因组鸟枪测序(whole-metagenome shotgun,WMS)是微生物组研究中的两大主要方法,各具优势。然而,研究样品的异质性、测序仪和文库制备方法的差异如何影响肠道微生物测序结果的可重复性仍有待深入研究。该研究旨在通过比较粪便样本中微生物组成的差异,为测序技术的选择提供参考标准。3种广泛采用的测序仪的结果显示,WMS法中技术重复相关性(r=0.94)较高,而生物学重复相关性(r=0.69)较低。Bray-Curtis距离表明,生物学重复的差异大于技术重复(P<0.001)。此外,16S和WMS数据集间具有明显的分类学图谱差异。研究结果表明,同质化是样品DNA提取前的一个必要步骤;测序仪对分类学变异的贡献小于文库制备方法。我们开发了经验贝叶斯方法,即在计算中“借用信息”,利用标准化数据和(非)参数先验分布分析批次效应参数,提高了16S和WMS之间的群体可比性,为进一步应用于融合分析已发表的16S和微生物数据集提供了依据。

泰州市55~65岁汉族农村居民肠道菌群与骨密度关联性分析

目的了解江苏省泰州市55~65岁汉族农村居民肠道菌群与骨密度之间的关联性,为骨质疏松症的预防提供新的思路。方法于2013年3月—2018年10月采用整群随机抽样方法抽取泰州队列中依从性和应答率较高的3个自然村中537名55~65岁在泰州市居住≥20年的汉族农村居民进行问卷调查、体格检查、骨密度测量和粪便检查,并参照世界卫生组织的诊断标准将其分为正常骨密度组、低骨量组和骨质疏松组3组,分析组间菌群的差异以及肠道菌群与骨密度之间的相关性。结果泰州市537名55~65岁汉族农村居民中,正常骨密度组207人(38.55%),低骨量组239人(44.51%),骨质疏松组91例(16.94%)。在校正了性别、年龄、体质指数、吸烟情况和饮酒情况等变量后,偏相关分析结果显示,新鲜蔬菜(β=-0.125)、新鲜水果(β=-0.101)、肉类(β=-0.098)和酸奶(β=-0.033)摄入频次均与骨密度分组呈负相关(均P<0.05)。与正常骨密度组比较,梭形杆菌、布劳特氏菌、弯曲杆菌、大肠杆菌、链球菌、放线菌、志贺氏菌、厌氧菌、链霉菌和奇异果菌在低骨量组和骨质疏松组的丰度均有所下降,而棒状杆菌、韦洛内拉菌和短链单胞菌在低骨量组和骨质疏松组的丰度则均有所增加(均P<0.05)。在调整了性别、年龄、体质指数、吸烟情况、饮酒情况、新鲜蔬菜摄入频次、新鲜水果摄入频次、肉类摄入频次和酸奶摄入频次等混杂因素后,多因素非条件logistic回归分析结果显示,大肠杆菌(OR=0.992,95%CI=0.985~0.999)、志贺氏菌(OR=0.984,95%CI=0.970~0.998)、布劳特氏菌(OR=0.959,95%CI=0.924~0.996)和镰刀菌(OR=0.980,95%CI=0.962~0.998)丰度的增加是泰州市55~65岁汉族农村居民低骨量发生的保护因素,粪杆菌丰度的增加(OR=1.060,95%CI=1.006~1.118)是泰州市55~65岁汉族农村居民骨质疏松发生的危险因素,木杆菌丰度的增加(OR=0.865,95%CI=0.763~0.981)是泰州市55~65岁汉族农村居民骨质疏松发生的保护因素。结论肠道菌群与骨密度具有相关性,大肠杆菌、志贺氏菌、布劳特氏菌、镰刀菌、粪杆菌和木杆菌丰度的增加均会对泰州市55~65岁汉族农村居民的骨密度造成一定影响。

TIL的培养方法及研究进展

TIL是从肿瘤组织中分离出的浸润性淋巴细胞。1986年Rosenberg研究组首先报道了在黑色素瘤患者的肿瘤组织中存在渗入性的淋巴细胞——TIL,这些细胞从瘤体中分离并经IL-2激活后可大量扩增,并对自身肿瘤有高度特异性杀伤活性。一般来说,TIL中绝大多数细胞是CD3^+T细胞,不同肿瘤来源的TIL中,CD4^+T细胞、CD8^+T细胞的比例也有所差异,但大多数情况下以CD8^+T细胞为主,其属于肿瘤过继免疫治疗中的高效效应细胞,其抗瘤效力相比LAK细胞强50～100倍。近年来,TIL的生物学表型及功能研究有了较大发展,这为TIL的临床应用带来了有利的价值,但目前国内外依然没有统一的培养技术规范。因此文章就目前TIL的研究进展以及各大实验室关于TIL的培养技术经验做一简要总结,以帮助基础科研及临床转化有效顺利地进行。

宏基因组学与人类健康关系研究进展

近些年来,随着高通量测序技术发展,有关宏基因组学的研究开始逐步进入人们的视野,越来越多的人开始关注并研究宏基因组与人类健康的关系。在人类生活的环境中存在着许许多多生物群落;对他们进行宏基因组学研究,分析DNA序列,构建宏基因组文库,进而了解人类周围环境中微生物组成以及彼此间的交互作用,探讨对人类健康的影响,对于促进健康、防止疾病有着重要意义。