我国一株新型黄头病毒的分子流行病学

为查明黄头病毒(Yellow Head Virus,YHV)在我国的存在和变异情况,本研究采用世界动物卫生组织(OIE)《水生动物诊断手册》中YHV套式RT-PCR检测方法对2012–2014年采集的299份样品进行了YHV监测,并对部分YHV阳性样品基因进行了克隆测序及系统发育分析。流行病学调查显示,299份样品中YHV的阳性率为11%,我国养殖的中国明对虾、凡纳滨对虾、日本囊对虾以及罗氏沼虾的部分样品中均检出了YHV,中国明对虾和罗氏沼虾是本次调查中新发现的YHV自然宿主,而且YHV在中国明对虾中的检出率最高。对6份较强阳性样品YHV基因组ORF1b内1002 bp的分型片段进行克隆测序和序列分析,序列比对结果显示,阳性样品的YHV与国外报道的YHV的6个基因型相似度为81.0%–90.5%;系统发育分析显示,6份阳性样品归于同一分支,但与已知YHV的6个基因型均不在同一分支内,其与YHV基因1型(YHV-1)亲缘关系较近。对阳性样品YHV基因组ORF3内编码gp116蛋白的一段序列进行克隆测序,得出其序列长度为509 bp,与YHV-1a的545 bp、YHV-1b的383 bp和YHV-2(即鳃联病毒GAV)的476 bp均不同;依据该片段构建的系统发育树显示,6份阳性样品归于同一分支,与YHV已知的6个基因型不同,与YHV-1亲缘关系较近,且与YHV-1a相似度大于YHV-1b。对其中两份样品的ORF2序列进行比对显示,两份样品序列相似性为99.8%,蛋白序列完全相同,与YHV-1的序列相似度为85.9%,与YHV-2相似性为80.9%。样品调查结果对增补YHV的宿主范围有重要意义;YHV核酸检测和序列比对结果表明,感染我国养殖对虾的YHV为一种新的致病株型。

黄瓜绿斑驳花叶病毒核酸试纸条检测技术的建立

以黄瓜绿斑驳花叶病毒(cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)阳性样品为研究对象,根据其外壳蛋白基因设计3条引物和2条探针,探针5′端分别用生物素和荧光进行标记;利用这套引物和探针在59℃进行RT-PCR恒温扩增90min,扩增产物用核酸试纸条进行检测。用其它5种同样侵染葫芦科作物的植物病毒作为对照进行试验,以期确定试纸条检测方法的特异性。将梯度稀释后的总RNA作为模板进行检测,以确定该方法的灵敏度。结果表明:该试验建立的核酸试纸条检测方法对CGMMV具有特异性,能够有效区分CGMMV及同样侵染葫芦科作物的黄瓜花叶病毒(CMV)、辣椒轻斑驳病毒(PMMoV)、烟草花叶病毒(TMV)、番茄花叶病毒(ToMV)和小西葫芦黄花叶病毒(ZYMV);同时该方法也具有较高的灵敏度,可检测低至24.300ng·μL^(-1)的总RNA。因此该试验建立的核酸试纸条法可用于CGMMV的快速检测。

一种新的河道监测断面水质分析方法

以温岭市各市、县控河道监测断面为例,对河道断面水质进行了灰色聚类分析,并采用将溶解氧变化和水质灰类变化进行结合起来分析连续时间段的水质变化趋势。通过对水质变化进行集成分析,评价一个河道一段时间跨度的变化趋势,可以起到一定的水质预警作用。

黄瓜细菌性角斑病菌交叉引物恒温扩增检测技术

黄瓜细菌性角斑病是我国黄瓜生产上的重要病害之一,其病原菌为Pseudomonas syringae pv.lachrymans。根据该病原菌甘油醛-3-磷酸脱氢基因保守序列设计引物和探针,建立了交叉引物恒温扩增和核酸试纸条检测技术。菌体DNA检测灵敏度可达0.55 ng,纯菌直接检测灵敏度基本可达到单个细菌。所测试的5株黄瓜细菌性角斑病菌和染病黄瓜叶片均为阳性,其他13株对照菌株均为阴性。该方法灵敏度高,且操作简单,对设备要求低等,适合基层实验室应用。