RPL3可作为低级别胶质瘤的预后标志物且与免疫细胞浸润相关

目的 研究核糖体大亚基蛋白3(ribosomal protein L3,RPL3)在低级别胶质瘤(low-grade glioma, LGG)中的表达、潜在的预后价值及其对免疫细胞浸润的影响。方法 提取肿瘤基因组图谱(The Cancer Genome Atlas, TCGA)、基因型-组织表达(Genotype-Tissue Expression, GTEx)、基因表达谱交互分析(Gene Expression Profiling Interactive Analysis, GEPIA)、人类蛋白质图谱(Human Protein Atlas, HPA)和肿瘤免疫评估资源(Tumor IMmune Estimation Resource, TIMER)数据库中LGG相关数据集,应用多种生物信息学分析,探讨RPL3与LGG预后、临床病理特征、免疫细胞浸润、免疫检查点表达等相关性。结果 与正常组织相比,LGG肿瘤组织中RPL3的mRNA水平和蛋白水平升高。单变量和多变量Cox分析发现,RPL3是LGG的独立预后因素,且RPL3低表达与LGG预后不良相关。RPL3表达与CD8^(+)T细胞、B细胞、树突状细胞、巨噬细胞、中性粒细胞浸润水平显著负相关。RPL3也被证实与免疫检查点CD274、PDCD1、CTLA4、TIGIT、SIGLEC15、PDCD1LG2及LAG3显著共表达。结论 RPL3在LGG中表达增加,且低表达与预后不良相关。RPL3可能通过调节肿瘤微环境中的免疫细胞浸润影响肿瘤的发展,RPL3可能作为LGG免疫治疗的潜在靶点。

替莫唑胺对胶质母细胞瘤基因表达谱影响的研究

目的:探索替莫唑胺(TMZ)对胶质母细胞瘤裸鼠移植瘤模型基因表达谱的影响。方法:从基因表达公共数据库(GEO)下载表达谱数据集GSE47809,采用GEO2R在线工具筛选不同实验条件组别的差异表达基因(DEGs),然后对差异基因分别进行基因本体(GO)功能富集分析、通路富集分析、基因共表达网络分析和通路互作网络分析。结果:从TMZ处理组和未处理组脑肿瘤组织之间共鉴定出1936个差异基因,其中1031个上调表达基因,905个下调表达基因。GO富集分析表明,DEGs发挥的分子功能集中在蛋白结合、ATP结合、蛋白激酶活性、细胞骨架蛋白结合、转录因子活性等,主要参与转录调控、信号转导、轴突导向、细胞凋亡调控、细胞黏附、细胞周期停滞和DNA复制等生物学过程。通路富集分析发现,DEGs显著富集的通路包括肿瘤通路、磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)-蛋白激酶B(AKT)信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、细胞骨架调节、细胞周期、Hippo信号通路、P53通路等。网络分析挖掘出的核心基因有PI3KCD、AKT3、表皮生长因子受体(EGFR)、蛋白磷酸酶1催化亚基β(PPP1CB)、磷脂酰肌醇5-激酶1α(PIP5K1A)、辅肌动蛋白α1(ACTN1),核心通路包括MAPK信号通路、细胞凋亡、肿瘤通路和细胞周期等。结论:替莫唑胺引起胶质母细胞瘤基因转录谱发生明显改变,主要涉及细胞周期阻滞、凋亡诱导、细胞侵袭和转移等生物过程和信号通路,为深入研究TMZ细胞毒性机制和耐药机制提供参考。

在写作中,学会概念阐释的方法

经典在线“清欢”是什么呢?清欢几乎是难以翻译的,可以说是“清淡的欢愉”,这种清淡的欢愉不是来自别处,正是来自对平静的疏淡的简朴的生活的一种热爱。当一个人可以品味山野菜的清香胜过了山珍海味,或者一个人在路边的石头里看出了比钻石更引人的滋味,或者一个人听林间鸟鸣的声音感受到比提笼遛鸟更感动,或者甚至于体会了静静品一壶乌龙茶比起在喧闹的晚宴中更能清洗心灵……这些就是“清欢”。

miR-130a-3p通过下调CPEB4增加胶质母细胞瘤替莫唑胺的敏感性

目的探索miR-130a-3p对胶质母细胞瘤(glioblastoma,GBM)替莫唑胺(temozolomide,TMZ)化疗敏感性的影响与机制。方法采用实时荧光逆转录定量聚合酶链反应(real-time reverse transcription quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR)检测胶质瘤细胞T98G细胞和TMZ耐药T98G-R细胞中miR-130a-3p以及胞质多聚腺苷酸化元件结合蛋白4(cytoplasmic polyadenylation element binding protein 4,CPEB4)的相对表达水平。四甲基偶氮唑盐(methylthiazolyldiphenyl-tetrazolium bromide,MTT)实验检测胶质瘤细胞的增殖能力,流式细胞术检测细胞凋亡情况,荧光素酶报告实验检测miR-130a-3p与CPEB4的结合。结果T98G-R耐药细胞中miR-130a-3p表达水平较T98G细胞降低(0.25±0.08 vs.1.00±0.05,P<0.01),CPEB4表达水平较T98G细胞升高(1.37±0.17 vs.1.00±0.05,P<0.01)。MTT实验及流式细胞术结果表明,miR-130a-3p过表达可抑制胶质瘤细胞的增殖,促进TMZ诱导的细胞凋亡,但其可以被CPEB4过表达所逆转。荧光素酶报告实验显示,miR-130a-3p可以与CPEB4的3′-非翻译区结合,过表达miR-130a-3p抑制CPEB4的表达。结论miR-130a-3p通过靶向抑制CPEB4表达,促进胶质瘤细胞凋亡,增加GBM对TMZ的敏感性。

miR-130a-3p在胶质母细胞瘤中的表达与靶基因分析

目的探索miR-130a-3p在胶质母细胞瘤(glioblastoma,GBM)细胞中的表达水平,预测并分析miR-130a-3p的靶基因。方法采用实时聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)检测GBM细胞和正常人胶质细胞中miR-130a-3p的相对表达水平。选择miRanda、DIANA、TargetScan和PicTar工具预测miR-130a-3p的靶基因,对靶基因进行基因本体(gene ontology,GO)富集分析和通路富集分析,基于STRING数据库进一步建立蛋白互作网络(protein-protein interaction,PPI)并利用Cytoscape软件进行可视化分析。结果相对于正常人胶质细胞,miR-130a-3p在GBM细胞中的表达水平显著下调。四种预测工具取交集后共筛选出302个靶基因。GO富集分析表明miR-130a-3p靶基因主要参与转录调控、蛋白泛素化、Wnt信号、miRNA介导基因沉默、DNA损伤反应、细胞迁移等生物学过程和分子功能。通路富集分析发现miR-130a-3p靶基因主要富集于转化生长因子β(transforming growth factor-β,TGF-β)信号通路、磷脂酰肌醇信号通路、内吞、自噬调节、胶质瘤、FoxO信号通路等。结论miR-130a-3p在GBM细胞中低表达,其靶基因涉及多个肿瘤发生相关的信号通路,为进一步阐明其在GBM发生过程中的调控机制以及开发靶向治疗提供参考。