马尔堡病毒密码子偏爱性分析

目的 分析马尔堡病毒(Marburg virus, MARV)基因组密码子使用偏爱性及其影响因素,为疫苗及特异性抗体的制备提供参考。方法 使用EMBOSS以及Codon W、SPSS 26.0等软件对GenBank数据库中93条MARV编码序列进行分析,用SigmaPlot14.0、Graphpad Prism 9.5软件进行绘图。结果 MARV7种蛋白ENC均值分布在49.84~60.92之间,CAI值接近0.7。RSCU结果显示GCA、AGA、AAU、GAA、GGA、AUU、CCU、ACA是7种蛋白的共有高频密码子,其中具有偏爱性的密码子多以A/U结尾。中性分析、ENC-Plot分析和PR2奇偶分析表明MARV密码子使用偏爱性是由突变压力、自然选择和其它多种因素共同作用形成的,其中自然选择占主导作用。将MARV密码子使用频率与大肠埃希菌、酵母、人和杆状病毒4种常见表达系统进行比较,发现MARV与大肠埃希菌密码子使用频率更为接近。结论 MARV密码子使用偏爱性由多种因素共同作用形成的,自然选择占主导作用。大肠埃希菌表达系统更适合作为马尔堡病毒蛋白的体外表达。