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最优特征子集预测蛋白质与蛋白质的相互作用
被引量:
1
1
作者
李占潮
戴宗
邹小勇
《化学研究与应用》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第9期1483-1486,共4页
蛋白质与蛋白质相互作用的识别有助于研究蛋白质功能和发现潜在的药物靶标。本研究采用氨基酸组成、二肽组成、三联子组成、组成、转变、分布和自相关特征对蛋白质与蛋白质相互作用对进行表征。基于最小冗余最大相关方法选择最优特征子...
蛋白质与蛋白质相互作用的识别有助于研究蛋白质功能和发现潜在的药物靶标。本研究采用氨基酸组成、二肽组成、三联子组成、组成、转变、分布和自相关特征对蛋白质与蛋白质相互作用对进行表征。基于最小冗余最大相关方法选择最优特征子集,结合支持向量机对酵母蛋白质与蛋白质相互作用进行了预测研究。通过采用最优特征子集,训练集和测试集的预测精度分别比二肽组成的提高了4%和2%,表明了当前方法的有效性。
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关键词
蛋白质相互作用
最小冗余最大相关
支持向量机
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职称材料
HIV-1逆转录酶抑制剂2-氨基6-苯磺酰基苄腈及其类似物活性OSAR研究
被引量:
1
2
作者
李占潮
吕庆章
《化学研究与应用》
CAS
CSCD
北大核心
2006年第10期1152-1156,共5页
首先利用半经验AM I量子化学方法计算了54个2-氨基-6-苯磺酰基苄腈及其类似物的物理化学、电子结构、指示变量等共28个参数,然后使用偏最小二乘,穷举回归和混沌遗传乘法训练的人工神经网络方法建立了这些参数和其抑制H IV-1逆转录酶活...
首先利用半经验AM I量子化学方法计算了54个2-氨基-6-苯磺酰基苄腈及其类似物的物理化学、电子结构、指示变量等共28个参数,然后使用偏最小二乘,穷举回归和混沌遗传乘法训练的人工神经网络方法建立了这些参数和其抑制H IV-1逆转录酶活性之间的定量构效关系模型,为设计、合成更高生物活性的该类化合物提供了理论参考。
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关键词
逆转录酶抑制剂
偏最小二乘
人工神经网络
定量构效关系
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职称材料
工业分析课程教学改革探索
被引量:
6
3
作者
李占潮
张军军
《广东化工》
CAS
2014年第9期255-255,254,共2页
文章对广东药学院医药化工学院工业分析专业教学现状和特点的分析基础上,并且结合现今社会发展要求,为培养高素质复合型人才,工业分析教学必须进行相应的改革。文章阐述该专业教学改革的一些做法,提出了深化工业分析教学改革的对策。
关键词
工业分析
课程改革
教学实践
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职称材料
4-芳基-4H-苯并吡喃类衍生物细胞凋亡诱导活性的定量构效关系研究
4
作者
李占潮
周漩
+1 位作者
戴宗
邹小勇
《分析化学》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2009年第A03期222-222,共1页
细胞凋亡是与个体发育、组织更新、免疫调节等生理过程密切相关的细胞生理性死亡过程。在生物体内,细胞的过度凋亡不仅会造成细胞缺失,而且还会引发各种神经退行性和自身免疫性疾病。但是,凋亡不足则会引起体内非正常细胞的存活和积...
细胞凋亡是与个体发育、组织更新、免疫调节等生理过程密切相关的细胞生理性死亡过程。在生物体内,细胞的过度凋亡不仅会造成细胞缺失,而且还会引发各种神经退行性和自身免疫性疾病。但是,凋亡不足则会引起体内非正常细胞的存活和积累,导致癌症等多种疾病的发生。近年来,一系列研究表明4-芳基-4H-苯并吡喃类衍生物对人类乳腺癌细胞具有凋亡诱导活性这使得该类小分子成为了治疗乳腺癌的潜在性药物。
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关键词
苯并吡喃类
凋亡诱导
生物细胞
定量构效关系
活性
芳基
自身免疫性疾病
乳腺癌细胞
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职称材料
基于支持向量机预测G蛋白偶联功能类
5
作者
李占潮
周漩
+1 位作者
戴宗
邹小勇
《分析化学》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2009年第A03期224-224,共1页
G蛋白偶联受体,又称为七α螺旋跨膜蛋白质受体,因能结合和调节G蛋白活性而得名。现有研究表明,该类蛋白质的功能失调能够导致包括阿尔茨海默氏症、帕金森症、侏儒症、色盲症以及哮喘等在内的多种疾病的发生,并且通过调节有关G蛋白...
G蛋白偶联受体,又称为七α螺旋跨膜蛋白质受体,因能结合和调节G蛋白活性而得名。现有研究表明,该类蛋白质的功能失调能够导致包括阿尔茨海默氏症、帕金森症、侏儒症、色盲症以及哮喘等在内的多种疾病的发生,并且通过调节有关G蛋白偶联受体介导的信号转导还可以治疗抑郁症、精神分裂症、失眠、高血压、肾功能衰竭甚至心脑血管等疾病。
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关键词
G蛋白偶联受体
支持向量机
阿尔茨海默氏症
跨膜蛋白质
预测
精神分裂症
肾功能衰竭
蛋白活性
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职称材料
基于生物信息学的乳腺癌miRNA生物标志物的筛选
被引量:
8
6
作者
周漩
李占潮
《广东药科大学学报》
CAS
2017年第3期412-414,419,共4页
目的筛选与乳腺癌相关的miRNA生物标志物,为乳腺癌的早期诊断、预后评估以及药物靶点的研究提供参考。方法从TCGA数据库中收集乳腺癌相关基因芯片数据,将肿瘤组织与正常组织样本数据进行对比分析,筛选差异miRNA与mRNA;预测差异miRNA的...
目的筛选与乳腺癌相关的miRNA生物标志物,为乳腺癌的早期诊断、预后评估以及药物靶点的研究提供参考。方法从TCGA数据库中收集乳腺癌相关基因芯片数据,将肿瘤组织与正常组织样本数据进行对比分析,筛选差异miRNA与mRNA;预测差异miRNA的潜在靶基因并与差异mRNA取交集,进一步对miRNA进行筛选;采用ROC曲线分析对筛选得到的miRNA进行评价。结果筛选得到9个差异miRNA,对肿瘤样本和正常样本分类良好。分别为6个上调miRNA:hsa-miR-141、hsa-miR-182、hsamiR-183、hsa-miR-200a、hsa-miR-200b、hsa-miR-21;3个下调miRNA:hsa-let-7c、hsa-miR-125b-1、hsa-miR-145。结论筛选得到的差异miRNA可作为乳腺癌的生物标志物,可对乳腺癌的发生进行预测。
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关键词
乳腺癌
MIRNA
生物标志物
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职称材料
Matlab在分析化学实验数据处理中的应用
被引量:
2
7
作者
李占潮
戴宗
邹小勇
《广东化工》
CAS
2021年第5期237-237,239,共2页
分析化学是一门以实验为基础的学科,正确和高效地处理分析化学实验数据有助于学生进一步理解其理论、构建知识体系、培养学生的创新意识和动手能力。本文以电位滴定实验为例,探讨了Matlab在分析化学实验数据处理中的应用。结果表明:这...
分析化学是一门以实验为基础的学科,正确和高效地处理分析化学实验数据有助于学生进一步理解其理论、构建知识体系、培养学生的创新意识和动手能力。本文以电位滴定实验为例,探讨了Matlab在分析化学实验数据处理中的应用。结果表明:这种方法能够方便、快速的得出曲线图形;提高学生的学习兴趣和能动性,受到学生欢迎。
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关键词
分析化学实验
数据处理
MATLAB
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职称材料
基于蛋白质相互作用网络拓扑参数预测乳腺癌相关基因
被引量:
1
8
作者
周漩
李占潮
《广东药科大学学报》
CAS
2018年第3期360-364,共5页
目的建立预测乳腺癌相关基因的新方法,为乳腺癌发病机制及治疗靶点的研究提供理论基础。方法以基因在蛋白质相互作用网络中的拓扑参数为输入参数,支持向量机建模,预测乳腺癌相关基因,并进行生物功能富集分析。结果采用10-折交叉验证评...
目的建立预测乳腺癌相关基因的新方法,为乳腺癌发病机制及治疗靶点的研究提供理论基础。方法以基因在蛋白质相互作用网络中的拓扑参数为输入参数,支持向量机建模,预测乳腺癌相关基因,并进行生物功能富集分析。结果采用10-折交叉验证评价模型,马氏相关系数和预测精度分别为0.800 9和0.895 1,模型预测精度良好。富集分析结果表明乳腺癌相关基因与某些生物过程与分子功能高度相关。结论本文建立的新方法可有效预测乳腺癌相关基因,为其他疾病相关基因的预测提供了新的手段。
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关键词
乳腺癌
蛋白质相互作用网络
拓扑参数
支持向量机
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职称材料
核酸恒温扩增技术在生物分析检测中的应用
被引量:
3
9
作者
刘海燕
李占潮
《广东化工》
CAS
2019年第9期140-141,共2页
近年来,研究人员致力于发展高效、灵敏检测生物大分子的分析方法,以满足生物分析领域对其越来越高的要求。逐渐发展成熟地核酸恒温扩增技术可实现对生物大分子的高灵敏检测,已经成为生物分析领域研究的重点。因此,本论文根据已开发的核...
近年来,研究人员致力于发展高效、灵敏检测生物大分子的分析方法,以满足生物分析领域对其越来越高的要求。逐渐发展成熟地核酸恒温扩增技术可实现对生物大分子的高灵敏检测,已经成为生物分析领域研究的重点。因此,本论文根据已开发的核酸恒温扩增技术在生物大分子领域的研究进行综述。
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关键词
核酸
蛋白质
核酸恒温指数扩增技术
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职称材料
基于高通量测序研究大学生抑郁人群肠道菌群的多样性
10
作者
王艳
卢静
+3 位作者
龙小花
古国鹏
赵平
李占潮
《生物技术》
CAS
2023年第4期458-465,共8页
[目的]探讨在校大学生抑郁人群肠道菌群的多样性特点。[方法]发放调查问卷并收集抑郁人群和健康对照粪便样本,以提取的肠道菌群DNA为模板扩增16S rRNA片段,运用Illumina HiSeq平台建立文库并进行高通量测序,信息学手段分析菌群的多样性...
[目的]探讨在校大学生抑郁人群肠道菌群的多样性特点。[方法]发放调查问卷并收集抑郁人群和健康对照粪便样本,以提取的肠道菌群DNA为模板扩增16S rRNA片段,运用Illumina HiSeq平台建立文库并进行高通量测序,信息学手段分析菌群的多样性和丰度差异。[结果]Alpha多样性分析的Chao1(P=0.0099)和Ace指数(P=0.0011)指数均显示抑郁症患者物种丰度随着抑郁程度加重有降低后升高的趋势,且轻度和中度抑郁相比有极显著性差异;物种组成分析抑郁人群和健康对照在门属水平上有显著差异,其中放线菌门(AC:P=0.0042;BC:P=0.031)、纤维杆菌属(AC:P=0.0000017;BC:P=0.000024)、双歧杆菌属(AC:P=0.0035;BC:P=0.0056)、肠杆菌属(AC:P=0.011;BC:P=0.0006)、乳酸菌属(AC:P=0.00072;BC:P=0.0048)与抑郁程度负相关;组间样品LEfSe分析,巨球型菌属、疣微菌门、阿克曼氏菌属等8种菌可能是抑郁症的疾病标志菌。[结论]样本分析显示,轻中度患者菌群丰度有显著性差异,一些潜在有益细菌属如双歧杆菌属、魏斯氏菌属、乳酸菌属等丰度与抑郁程度成反比。
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关键词
抑郁症
肠道菌群
高通量测序
生物信息学分析
大学生
原文传递
HEPT类化合物抗艾滋病活性的定量构效关系研究
被引量:
6
11
作者
李占潮
吕庆章
《计算机与应用化学》
CAS
CSCD
北大核心
2006年第4期307-312,共6页
利用半经验量子化学PM3方法计算了106个HEPT类化合物的优势构象以及物理化学和电子结构等参数,讨论了该类化合物的这些参数对HIV-1逆转录酶抑制剂活性的影响,利用穷举回归、偏最小二乘和混沌遗传算法训练的人工神经网络方法建立了物理...
利用半经验量子化学PM3方法计算了106个HEPT类化合物的优势构象以及物理化学和电子结构等参数,讨论了该类化合物的这些参数对HIV-1逆转录酶抑制剂活性的影响,利用穷举回归、偏最小二乘和混沌遗传算法训练的人工神经网络方法建立了物理化学、电子结构等参数和其抑制HIV-1逆转录酶活性之间的定量结构活性关系模型。结果表明:(1)较大的logP、较高的最低空轨道能、较小的分子量均有利于提高该类化合物的抗HIV-1活性;(2)当该类化合物有适当大小的 R1取代基、C-6位苯环的间位被疏水性集团取代时该类化合物有较高的抗HIV-1生物活性。
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关键词
逆转录酶抑制剂
偏最小二乘
人工神经网络
定量构效关系
原文传递
噁唑烷酮类抗菌剂的QSAR研究
被引量:
4
12
作者
李占潮
吕庆章
《计算机与应用化学》
CAS
CSCD
北大核心
2006年第7期663-667,共5页
为了指导设计合成更高生物活性的噁唑烷酮类化合物,本文利用Hyperchem 7和Chemoffice 2004软件包计算了60个噁唑烷酮类化合物的物理化学、电子结构、拓扑指数等参数,利用偏最小二乘、穷举回归和混沌遗传算法训练的人工神经网络方法建立...
为了指导设计合成更高生物活性的噁唑烷酮类化合物,本文利用Hyperchem 7和Chemoffice 2004软件包计算了60个噁唑烷酮类化合物的物理化学、电子结构、拓扑指数等参数,利用偏最小二乘、穷举回归和混沌遗传算法训练的人工神经网络方法建立了定量构效关系模型,根据模型详细讨论了这些参数对抗菌活性的影响,结果表明:当该类抗菌化合物具有较大的水合能和分子表面积时有利于提高抗菌活性;当具有较低的最低空轨道能、结合能、分子拓扑指数和较小的分子体积时对提高其抗菌活性有利。
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关键词
抗菌药
偏最小二乘
人工神经网络
定量构效关系
原文传递
细胞色素P450 1A2抑制剂的定量构效关系研究
被引量:
1
13
作者
吕庆章
杨英杰
+1 位作者
李占潮
杨振华
《计算机与应用化学》
CAS
CSCD
北大核心
2007年第2期177-181,共5页
利用HyperChem软件包中的PM3半经验量子化学计算方法,将50个细胞色素氧化酶P450(CPY1A2)抑制剂,作几何结构优化和计算,选取一些可能会影响及pIC_(50)值的22个物理化学和电子结构参数,作为描述分子的变量进行QSAR研究,利用偏最小二乘(PL...
利用HyperChem软件包中的PM3半经验量子化学计算方法,将50个细胞色素氧化酶P450(CPY1A2)抑制剂,作几何结构优化和计算,选取一些可能会影响及pIC_(50)值的22个物理化学和电子结构参数,作为描述分子的变量进行QSAR研究,利用偏最小二乘(PLS),穷举回归(QLS)及人工神经网络方法(CGANN),以建立物理化学和电子结构等参数与其抑制活性之间的QSAR模型。结果表明:该类化合物的折射率较大、生成热较小,且log P取值在2.1~2.9之间时,具有较高的抑制细胞色素P450 CYP1A2的活性。
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关键词
细胞色素P4501A2抑制剂
偏最小二乘
人工神经网络
定量构效关系
原文传递
题名
最优特征子集预测蛋白质与蛋白质的相互作用
被引量:
1
1
作者
李占潮
戴宗
邹小勇
机构
广东药学院医药化工学院
中山大学化学与化学工程学院
出处
《化学研究与应用》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第9期1483-1486,共4页
基金
国家自然科学基金项目(81171666
21205019)资助
+2 种基金
广东省自然科学基金项目(S2013010012135
10151027501000070)资助
国家教育部博士点基金项目(20110171110014)资助
文摘
蛋白质与蛋白质相互作用的识别有助于研究蛋白质功能和发现潜在的药物靶标。本研究采用氨基酸组成、二肽组成、三联子组成、组成、转变、分布和自相关特征对蛋白质与蛋白质相互作用对进行表征。基于最小冗余最大相关方法选择最优特征子集,结合支持向量机对酵母蛋白质与蛋白质相互作用进行了预测研究。通过采用最优特征子集,训练集和测试集的预测精度分别比二肽组成的提高了4%和2%,表明了当前方法的有效性。
关键词
蛋白质相互作用
最小冗余最大相关
支持向量机
Keywords
protein-protein interactions
minimum redundancy maximum relevance
support vector machine
分类号
O604 [理学—化学]
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职称材料
题名
HIV-1逆转录酶抑制剂2-氨基6-苯磺酰基苄腈及其类似物活性OSAR研究
被引量:
1
2
作者
李占潮
吕庆章
机构
河南师范大学化学与环境科学学院
出处
《化学研究与应用》
CAS
CSCD
北大核心
2006年第10期1152-1156,共5页
基金
河南省杰出青年科学基金资助项目(06120022600)
化学生物传感与计量学国家重点实验室(湖南大学)开放课题资助
河南省高校青年骨干教师计划项目资助
文摘
首先利用半经验AM I量子化学方法计算了54个2-氨基-6-苯磺酰基苄腈及其类似物的物理化学、电子结构、指示变量等共28个参数,然后使用偏最小二乘,穷举回归和混沌遗传乘法训练的人工神经网络方法建立了这些参数和其抑制H IV-1逆转录酶活性之间的定量构效关系模型,为设计、合成更高生物活性的该类化合物提供了理论参考。
关键词
逆转录酶抑制剂
偏最小二乘
人工神经网络
定量构效关系
Keywords
reverse transcriptase inhibitor
PLS
ANN
QASR
分类号
O625.312 [理学—有机化学]
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职称材料
题名
工业分析课程教学改革探索
被引量:
6
3
作者
李占潮
张军军
机构
广东药学院医药化工学院
出处
《广东化工》
CAS
2014年第9期255-255,254,共2页
基金
帕金森疾病相关蛋白质相互作用网络研究项目(21205019)资助
文摘
文章对广东药学院医药化工学院工业分析专业教学现状和特点的分析基础上,并且结合现今社会发展要求,为培养高素质复合型人才,工业分析教学必须进行相应的改革。文章阐述该专业教学改革的一些做法,提出了深化工业分析教学改革的对策。
关键词
工业分析
课程改革
教学实践
Keywords
industrial analysis
reform of course
teaching practice
分类号
G4 [文化科学—教育技术学]
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职称材料
题名
4-芳基-4H-苯并吡喃类衍生物细胞凋亡诱导活性的定量构效关系研究
4
作者
李占潮
周漩
戴宗
邹小勇
机构
中山大学化学与化学工程学院
出处
《分析化学》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2009年第A03期222-222,共1页
基金
本文系国家自然科学基金资助项目(Nos.20575082,20805059)
文摘
细胞凋亡是与个体发育、组织更新、免疫调节等生理过程密切相关的细胞生理性死亡过程。在生物体内,细胞的过度凋亡不仅会造成细胞缺失,而且还会引发各种神经退行性和自身免疫性疾病。但是,凋亡不足则会引起体内非正常细胞的存活和积累,导致癌症等多种疾病的发生。近年来,一系列研究表明4-芳基-4H-苯并吡喃类衍生物对人类乳腺癌细胞具有凋亡诱导活性这使得该类小分子成为了治疗乳腺癌的潜在性药物。
关键词
苯并吡喃类
凋亡诱导
生物细胞
定量构效关系
活性
芳基
自身免疫性疾病
乳腺癌细胞
分类号
O621.3 [理学—有机化学]
S852.163 [农业科学—基础兽医学]
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职称材料
题名
基于支持向量机预测G蛋白偶联功能类
5
作者
李占潮
周漩
戴宗
邹小勇
机构
中山大学化学与化学工程学院
出处
《分析化学》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2009年第A03期224-224,共1页
基金
本文系国家自然科学基金(No.20575082)资助项目
文摘
G蛋白偶联受体,又称为七α螺旋跨膜蛋白质受体,因能结合和调节G蛋白活性而得名。现有研究表明,该类蛋白质的功能失调能够导致包括阿尔茨海默氏症、帕金森症、侏儒症、色盲症以及哮喘等在内的多种疾病的发生,并且通过调节有关G蛋白偶联受体介导的信号转导还可以治疗抑郁症、精神分裂症、失眠、高血压、肾功能衰竭甚至心脑血管等疾病。
关键词
G蛋白偶联受体
支持向量机
阿尔茨海默氏症
跨膜蛋白质
预测
精神分裂症
肾功能衰竭
蛋白活性
分类号
Q51 [生物学—生物化学]
TP181 [自动化与计算机技术—控制理论与控制工程]
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职称材料
题名
基于生物信息学的乳腺癌miRNA生物标志物的筛选
被引量:
8
6
作者
周漩
李占潮
机构
广东药科大学药学院
出处
《广东药科大学学报》
CAS
2017年第3期412-414,419,共4页
基金
国家自然科学基金资助项目(21675053)
文摘
目的筛选与乳腺癌相关的miRNA生物标志物,为乳腺癌的早期诊断、预后评估以及药物靶点的研究提供参考。方法从TCGA数据库中收集乳腺癌相关基因芯片数据,将肿瘤组织与正常组织样本数据进行对比分析,筛选差异miRNA与mRNA;预测差异miRNA的潜在靶基因并与差异mRNA取交集,进一步对miRNA进行筛选;采用ROC曲线分析对筛选得到的miRNA进行评价。结果筛选得到9个差异miRNA,对肿瘤样本和正常样本分类良好。分别为6个上调miRNA:hsa-miR-141、hsa-miR-182、hsamiR-183、hsa-miR-200a、hsa-miR-200b、hsa-miR-21;3个下调miRNA:hsa-let-7c、hsa-miR-125b-1、hsa-miR-145。结论筛选得到的差异miRNA可作为乳腺癌的生物标志物,可对乳腺癌的发生进行预测。
关键词
乳腺癌
MIRNA
生物标志物
Keywords
breast cancer
miRNA
biomarker
分类号
R737.9 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
Matlab在分析化学实验数据处理中的应用
被引量:
2
7
作者
李占潮
戴宗
邹小勇
机构
广东药科大学医药化工学院
中山大学化学学院
出处
《广东化工》
CAS
2021年第5期237-237,239,共2页
基金
国家自然科学基金(21675035
21675180
+1 种基金
21775169)
省市共建重点学科建设专项资金(51661001)。
文摘
分析化学是一门以实验为基础的学科,正确和高效地处理分析化学实验数据有助于学生进一步理解其理论、构建知识体系、培养学生的创新意识和动手能力。本文以电位滴定实验为例,探讨了Matlab在分析化学实验数据处理中的应用。结果表明:这种方法能够方便、快速的得出曲线图形;提高学生的学习兴趣和能动性,受到学生欢迎。
关键词
分析化学实验
数据处理
MATLAB
Keywords
Analytical chemistry experiment
Data processing
Matlab
分类号
O637 [理学—高分子化学]
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职称材料
题名
基于蛋白质相互作用网络拓扑参数预测乳腺癌相关基因
被引量:
1
8
作者
周漩
李占潮
机构
广东药科大学药学院
出处
《广东药科大学学报》
CAS
2018年第3期360-364,共5页
基金
国家自然科学基金资助项目(21675035)
文摘
目的建立预测乳腺癌相关基因的新方法,为乳腺癌发病机制及治疗靶点的研究提供理论基础。方法以基因在蛋白质相互作用网络中的拓扑参数为输入参数,支持向量机建模,预测乳腺癌相关基因,并进行生物功能富集分析。结果采用10-折交叉验证评价模型,马氏相关系数和预测精度分别为0.800 9和0.895 1,模型预测精度良好。富集分析结果表明乳腺癌相关基因与某些生物过程与分子功能高度相关。结论本文建立的新方法可有效预测乳腺癌相关基因,为其他疾病相关基因的预测提供了新的手段。
关键词
乳腺癌
蛋白质相互作用网络
拓扑参数
支持向量机
Keywords
breast cancer
protein-protein
interaction network topology
feature support vector machine
分类号
R737.9 [医药卫生—肿瘤]
下载PDF
职称材料
题名
核酸恒温扩增技术在生物分析检测中的应用
被引量:
3
9
作者
刘海燕
李占潮
机构
广东药科大学药学院
出处
《广东化工》
CAS
2019年第9期140-141,共2页
基金
国家自然科学基金项目(21675035)
文摘
近年来,研究人员致力于发展高效、灵敏检测生物大分子的分析方法,以满足生物分析领域对其越来越高的要求。逐渐发展成熟地核酸恒温扩增技术可实现对生物大分子的高灵敏检测,已经成为生物分析领域研究的重点。因此,本论文根据已开发的核酸恒温扩增技术在生物大分子领域的研究进行综述。
关键词
核酸
蛋白质
核酸恒温指数扩增技术
Keywords
nucleic acid
protein
isothermal nucleic acid amplification
分类号
TQ [化学工程]
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职称材料
题名
基于高通量测序研究大学生抑郁人群肠道菌群的多样性
10
作者
王艳
卢静
龙小花
古国鹏
赵平
李占潮
机构
广东药科大学
广东省化妆品工程技术研究中心
广州医科大学
出处
《生物技术》
CAS
2023年第4期458-465,共8页
基金
广东省教育厅科研项目(2018GXJK077)。
文摘
[目的]探讨在校大学生抑郁人群肠道菌群的多样性特点。[方法]发放调查问卷并收集抑郁人群和健康对照粪便样本,以提取的肠道菌群DNA为模板扩增16S rRNA片段,运用Illumina HiSeq平台建立文库并进行高通量测序,信息学手段分析菌群的多样性和丰度差异。[结果]Alpha多样性分析的Chao1(P=0.0099)和Ace指数(P=0.0011)指数均显示抑郁症患者物种丰度随着抑郁程度加重有降低后升高的趋势,且轻度和中度抑郁相比有极显著性差异;物种组成分析抑郁人群和健康对照在门属水平上有显著差异,其中放线菌门(AC:P=0.0042;BC:P=0.031)、纤维杆菌属(AC:P=0.0000017;BC:P=0.000024)、双歧杆菌属(AC:P=0.0035;BC:P=0.0056)、肠杆菌属(AC:P=0.011;BC:P=0.0006)、乳酸菌属(AC:P=0.00072;BC:P=0.0048)与抑郁程度负相关;组间样品LEfSe分析,巨球型菌属、疣微菌门、阿克曼氏菌属等8种菌可能是抑郁症的疾病标志菌。[结论]样本分析显示,轻中度患者菌群丰度有显著性差异,一些潜在有益细菌属如双歧杆菌属、魏斯氏菌属、乳酸菌属等丰度与抑郁程度成反比。
关键词
抑郁症
肠道菌群
高通量测序
生物信息学分析
大学生
Keywords
depression
gut bacteria
high-throughput sequencing technique
bioinformatics analysis
college students
分类号
R446 [医药卫生—诊断学]
R723.14 [医药卫生—儿科]
原文传递
题名
HEPT类化合物抗艾滋病活性的定量构效关系研究
被引量:
6
11
作者
李占潮
吕庆章
机构
河南师范大学化学与环境科学学院
湖南大学化学与化工学院化学生物传感与计量学国家重点实验室
出处
《计算机与应用化学》
CAS
CSCD
北大核心
2006年第4期307-312,共6页
基金
化学生物传感与计量学国家重点实验室(湖南大学)开放课题
河南省高校青年骨干教师资助项目
文摘
利用半经验量子化学PM3方法计算了106个HEPT类化合物的优势构象以及物理化学和电子结构等参数,讨论了该类化合物的这些参数对HIV-1逆转录酶抑制剂活性的影响,利用穷举回归、偏最小二乘和混沌遗传算法训练的人工神经网络方法建立了物理化学、电子结构等参数和其抑制HIV-1逆转录酶活性之间的定量结构活性关系模型。结果表明:(1)较大的logP、较高的最低空轨道能、较小的分子量均有利于提高该类化合物的抗HIV-1活性;(2)当该类化合物有适当大小的 R1取代基、C-6位苯环的间位被疏水性集团取代时该类化合物有较高的抗HIV-1生物活性。
关键词
逆转录酶抑制剂
偏最小二乘
人工神经网络
定量构效关系
Keywords
reverse transcriptase inhibitor, PLS, ANN, QSAR
分类号
O641.12 [理学—物理化学]
R914.2 [医药卫生—药物化学]
原文传递
题名
噁唑烷酮类抗菌剂的QSAR研究
被引量:
4
12
作者
李占潮
吕庆章
机构
河南师范大学化学与环境科学学院
出处
《计算机与应用化学》
CAS
CSCD
北大核心
2006年第7期663-667,共5页
基金
河南省杰出青年科学基金(项目编号:0612002600)
化学生物传感与计量学国家重点实验室(湖南大学)开放课题
河南省高校青年骨干教师计划项目
文摘
为了指导设计合成更高生物活性的噁唑烷酮类化合物,本文利用Hyperchem 7和Chemoffice 2004软件包计算了60个噁唑烷酮类化合物的物理化学、电子结构、拓扑指数等参数,利用偏最小二乘、穷举回归和混沌遗传算法训练的人工神经网络方法建立了定量构效关系模型,根据模型详细讨论了这些参数对抗菌活性的影响,结果表明:当该类抗菌化合物具有较大的水合能和分子表面积时有利于提高抗菌活性;当具有较低的最低空轨道能、结合能、分子拓扑指数和较小的分子体积时对提高其抗菌活性有利。
关键词
抗菌药
偏最小二乘
人工神经网络
定量构效关系
Keywords
antibacterial, PLS, ANN, QSAR
分类号
O641.12 [理学—物理化学]
R914.2 [医药卫生—药物化学]
原文传递
题名
细胞色素P450 1A2抑制剂的定量构效关系研究
被引量:
1
13
作者
吕庆章
杨英杰
李占潮
杨振华
机构
河南师范大学化学与环境科学学院
出处
《计算机与应用化学》
CAS
CSCD
北大核心
2007年第2期177-181,共5页
基金
河南省杰出青年科学基金支助项目(061200260)
化学生物传感与计量学国家重点实验室(湖南大学)开放课题
河南省高校青年骨干教师资助计划
文摘
利用HyperChem软件包中的PM3半经验量子化学计算方法,将50个细胞色素氧化酶P450(CPY1A2)抑制剂,作几何结构优化和计算,选取一些可能会影响及pIC_(50)值的22个物理化学和电子结构参数,作为描述分子的变量进行QSAR研究,利用偏最小二乘(PLS),穷举回归(QLS)及人工神经网络方法(CGANN),以建立物理化学和电子结构等参数与其抑制活性之间的QSAR模型。结果表明:该类化合物的折射率较大、生成热较小,且log P取值在2.1~2.9之间时,具有较高的抑制细胞色素P450 CYP1A2的活性。
关键词
细胞色素P4501A2抑制剂
偏最小二乘
人工神经网络
定量构效关系
Keywords
Cytochrome P450 1A2 Inhibitor, PLS, ANN, QSAR
分类号
O641.12 [理学—物理化学]
R914.2 [医药卫生—药物化学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
最优特征子集预测蛋白质与蛋白质的相互作用
李占潮
戴宗
邹小勇
《化学研究与应用》
CAS
CSCD
北大核心
2014
1
下载PDF
职称材料
2
HIV-1逆转录酶抑制剂2-氨基6-苯磺酰基苄腈及其类似物活性OSAR研究
李占潮
吕庆章
《化学研究与应用》
CAS
CSCD
北大核心
2006
1
下载PDF
职称材料
3
工业分析课程教学改革探索
李占潮
张军军
《广东化工》
CAS
2014
6
下载PDF
职称材料
4
4-芳基-4H-苯并吡喃类衍生物细胞凋亡诱导活性的定量构效关系研究
李占潮
周漩
戴宗
邹小勇
《分析化学》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2009
0
下载PDF
职称材料
5
基于支持向量机预测G蛋白偶联功能类
李占潮
周漩
戴宗
邹小勇
《分析化学》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2009
0
下载PDF
职称材料
6
基于生物信息学的乳腺癌miRNA生物标志物的筛选
周漩
李占潮
《广东药科大学学报》
CAS
2017
8
下载PDF
职称材料
7
Matlab在分析化学实验数据处理中的应用
李占潮
戴宗
邹小勇
《广东化工》
CAS
2021
2
下载PDF
职称材料
8
基于蛋白质相互作用网络拓扑参数预测乳腺癌相关基因
周漩
李占潮
《广东药科大学学报》
CAS
2018
1
下载PDF
职称材料
9
核酸恒温扩增技术在生物分析检测中的应用
刘海燕
李占潮
《广东化工》
CAS
2019
3
下载PDF
职称材料
10
基于高通量测序研究大学生抑郁人群肠道菌群的多样性
王艳
卢静
龙小花
古国鹏
赵平
李占潮
《生物技术》
CAS
2023
0
原文传递
11
HEPT类化合物抗艾滋病活性的定量构效关系研究
李占潮
吕庆章
《计算机与应用化学》
CAS
CSCD
北大核心
2006
6
原文传递
12
噁唑烷酮类抗菌剂的QSAR研究
李占潮
吕庆章
《计算机与应用化学》
CAS
CSCD
北大核心
2006
4
原文传递
13
细胞色素P450 1A2抑制剂的定量构效关系研究
吕庆章
杨英杰
李占潮
杨振华
《计算机与应用化学》
CAS
CSCD
北大核心
2007
1
原文传递
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