最优特征子集预测蛋白质与蛋白质的相互作用

蛋白质与蛋白质相互作用的识别有助于研究蛋白质功能和发现潜在的药物靶标。本研究采用氨基酸组成、二肽组成、三联子组成、组成、转变、分布和自相关特征对蛋白质与蛋白质相互作用对进行表征。基于最小冗余最大相关方法选择最优特征子集,结合支持向量机对酵母蛋白质与蛋白质相互作用进行了预测研究。通过采用最优特征子集,训练集和测试集的预测精度分别比二肽组成的提高了4%和2%,表明了当前方法的有效性。

HIV-1逆转录酶抑制剂2-氨基6-苯磺酰基苄腈及其类似物活性OSAR研究

首先利用半经验AM I量子化学方法计算了54个2-氨基-6-苯磺酰基苄腈及其类似物的物理化学、电子结构、指示变量等共28个参数,然后使用偏最小二乘,穷举回归和混沌遗传乘法训练的人工神经网络方法建立了这些参数和其抑制H IV-1逆转录酶活性之间的定量构效关系模型,为设计、合成更高生物活性的该类化合物提供了理论参考。

工业分析课程教学改革探索

文章对广东药学院医药化工学院工业分析专业教学现状和特点的分析基础上,并且结合现今社会发展要求,为培养高素质复合型人才,工业分析教学必须进行相应的改革。文章阐述该专业教学改革的一些做法,提出了深化工业分析教学改革的对策。

4-芳基-4H-苯并吡喃类衍生物细胞凋亡诱导活性的定量构效关系研究

细胞凋亡是与个体发育、组织更新、免疫调节等生理过程密切相关的细胞生理性死亡过程。在生物体内，细胞的过度凋亡不仅会造成细胞缺失，而且还会引发各种神经退行性和自身免疫性疾病。但是，凋亡不足则会引起体内非正常细胞的存活和积累，导致癌症等多种疾病的发生。近年来，一系列研究表明4-芳基-4H-苯并吡喃类衍生物对人类乳腺癌细胞具有凋亡诱导活性这使得该类小分子成为了治疗乳腺癌的潜在性药物。

基于支持向量机预测G蛋白偶联功能类

G蛋白偶联受体，又称为七α螺旋跨膜蛋白质受体，因能结合和调节G蛋白活性而得名。现有研究表明，该类蛋白质的功能失调能够导致包括阿尔茨海默氏症、帕金森症、侏儒症、色盲症以及哮喘等在内的多种疾病的发生，并且通过调节有关G蛋白偶联受体介导的信号转导还可以治疗抑郁症、精神分裂症、失眠、高血压、肾功能衰竭甚至心脑血管等疾病。

基于生物信息学的乳腺癌miRNA生物标志物的筛选

目的筛选与乳腺癌相关的miRNA生物标志物,为乳腺癌的早期诊断、预后评估以及药物靶点的研究提供参考。方法从TCGA数据库中收集乳腺癌相关基因芯片数据,将肿瘤组织与正常组织样本数据进行对比分析,筛选差异miRNA与mRNA;预测差异miRNA的潜在靶基因并与差异mRNA取交集,进一步对miRNA进行筛选;采用ROC曲线分析对筛选得到的miRNA进行评价。结果筛选得到9个差异miRNA,对肿瘤样本和正常样本分类良好。分别为6个上调miRNA:hsa-miR-141、hsa-miR-182、hsamiR-183、hsa-miR-200a、hsa-miR-200b、hsa-miR-21;3个下调miRNA:hsa-let-7c、hsa-miR-125b-1、hsa-miR-145。结论筛选得到的差异miRNA可作为乳腺癌的生物标志物,可对乳腺癌的发生进行预测。

Matlab在分析化学实验数据处理中的应用

分析化学是一门以实验为基础的学科,正确和高效地处理分析化学实验数据有助于学生进一步理解其理论、构建知识体系、培养学生的创新意识和动手能力。本文以电位滴定实验为例,探讨了Matlab在分析化学实验数据处理中的应用。结果表明:这种方法能够方便、快速的得出曲线图形;提高学生的学习兴趣和能动性,受到学生欢迎。

基于蛋白质相互作用网络拓扑参数预测乳腺癌相关基因

目的建立预测乳腺癌相关基因的新方法,为乳腺癌发病机制及治疗靶点的研究提供理论基础。方法以基因在蛋白质相互作用网络中的拓扑参数为输入参数,支持向量机建模,预测乳腺癌相关基因,并进行生物功能富集分析。结果采用10-折交叉验证评价模型,马氏相关系数和预测精度分别为0.800 9和0.895 1,模型预测精度良好。富集分析结果表明乳腺癌相关基因与某些生物过程与分子功能高度相关。结论本文建立的新方法可有效预测乳腺癌相关基因,为其他疾病相关基因的预测提供了新的手段。

核酸恒温扩增技术在生物分析检测中的应用

近年来,研究人员致力于发展高效、灵敏检测生物大分子的分析方法,以满足生物分析领域对其越来越高的要求。逐渐发展成熟地核酸恒温扩增技术可实现对生物大分子的高灵敏检测,已经成为生物分析领域研究的重点。因此,本论文根据已开发的核酸恒温扩增技术在生物大分子领域的研究进行综述。

基于高通量测序研究大学生抑郁人群肠道菌群的多样性

[目的]探讨在校大学生抑郁人群肠道菌群的多样性特点。[方法]发放调查问卷并收集抑郁人群和健康对照粪便样本,以提取的肠道菌群DNA为模板扩增16S rRNA片段,运用Illumina HiSeq平台建立文库并进行高通量测序,信息学手段分析菌群的多样性和丰度差异。[结果]Alpha多样性分析的Chao1(P=0.0099)和Ace指数(P=0.0011)指数均显示抑郁症患者物种丰度随着抑郁程度加重有降低后升高的趋势,且轻度和中度抑郁相比有极显著性差异;物种组成分析抑郁人群和健康对照在门属水平上有显著差异,其中放线菌门(AC:P=0.0042;BC:P=0.031)、纤维杆菌属(AC:P=0.0000017;BC:P=0.000024)、双歧杆菌属(AC:P=0.0035;BC:P=0.0056)、肠杆菌属(AC:P=0.011;BC:P=0.0006)、乳酸菌属(AC:P=0.00072;BC:P=0.0048)与抑郁程度负相关;组间样品LEfSe分析,巨球型菌属、疣微菌门、阿克曼氏菌属等8种菌可能是抑郁症的疾病标志菌。[结论]样本分析显示,轻中度患者菌群丰度有显著性差异,一些潜在有益细菌属如双歧杆菌属、魏斯氏菌属、乳酸菌属等丰度与抑郁程度成反比。

HEPT类化合物抗艾滋病活性的定量构效关系研究

利用半经验量子化学PM3方法计算了106个HEPT类化合物的优势构象以及物理化学和电子结构等参数,讨论了该类化合物的这些参数对HIV-1逆转录酶抑制剂活性的影响,利用穷举回归、偏最小二乘和混沌遗传算法训练的人工神经网络方法建立了物理化学、电子结构等参数和其抑制HIV-1逆转录酶活性之间的定量结构活性关系模型。结果表明:(1)较大的logP、较高的最低空轨道能、较小的分子量均有利于提高该类化合物的抗HIV-1活性;(2)当该类化合物有适当大小的 R1取代基、C-6位苯环的间位被疏水性集团取代时该类化合物有较高的抗HIV-1生物活性。

噁唑烷酮类抗菌剂的QSAR研究

为了指导设计合成更高生物活性的噁唑烷酮类化合物,本文利用Hyperchem 7和Chemoffice 2004软件包计算了60个噁唑烷酮类化合物的物理化学、电子结构、拓扑指数等参数,利用偏最小二乘、穷举回归和混沌遗传算法训练的人工神经网络方法建立了定量构效关系模型,根据模型详细讨论了这些参数对抗菌活性的影响,结果表明：当该类抗菌化合物具有较大的水合能和分子表面积时有利于提高抗菌活性；当具有较低的最低空轨道能、结合能、分子拓扑指数和较小的分子体积时对提高其抗菌活性有利。

细胞色素P450 1A2抑制剂的定量构效关系研究

利用HyperChem软件包中的PM3半经验量子化学计算方法,将50个细胞色素氧化酶P450(CPY1A2)抑制剂,作几何结构优化和计算,选取一些可能会影响及pIC_(50)值的22个物理化学和电子结构参数,作为描述分子的变量进行QSAR研究,利用偏最小二乘(PLS),穷举回归(QLS)及人工神经网络方法(CGANN),以建立物理化学和电子结构等参数与其抑制活性之间的QSAR模型。结果表明:该类化合物的折射率较大、生成热较小,且log P取值在2．1～2．9之间时,具有较高的抑制细胞色素P450 CYP1A2的活性。