2019—2020年西宁市诺如病毒GⅡ型流行情况

目的诺如病毒(Norovirus,NoV)是引起全球非细菌性胃肠炎的主要病原体,严重威胁人类健康。本研究旨在分析2019—2020年西宁市区生活污水中诺如病毒GⅡ型的基因特征,了解城市污水中诺如病毒GⅡ型的流行情况。方法2019—2020年每月连续采集西宁市湟水河上游和下游水各24份,使用滤膜法富集病毒,用实时荧光定量PCR法进行病原学鉴定,检测为GⅡ型诺如病毒核酸阳性的标本进一步进行核苷酸序列分析以确定基因型,并进行同源性和系统进化分析。结果24份湟水河上游水样中未检测到诺如病毒GⅡ型,湟水河下游采集的样本中,16份阳性,阳性率为66.67%。获得14条核苷酸序列,分别属于5个基因型,包括GⅡ.P4、GⅡ.P7、GⅡ.P8、GⅡ.P12、GⅡ.P16。结论西宁市区湟水河下游水中检测到诺如病毒,并存在不同的GⅡ基因型。

青海省1例外省输入性猴痘病毒基因特征分析

目的基于扩增子技术结合高通量测序技术和生物信息分析技术,构建青海省猴痘病毒基因组测序、病毒变异分析及病例分子溯源方法,为今后青海省猴痘疫情防控提供技术支撑。方法以猴痘病毒核酸阳性样本DNA为模板,利用Ampliseq扩增子技术进行全基因组靶向扩增并构建测序文库,利用Ion Torrent GeneStudio S5二代测序仪及其内置软件完成猴痘病毒全基因组测序、数据优化、变异分析及序列拼接,获得一致性序列。使用在线分析工具进一步分析病毒变异和基因组谱系分型,构建进化树进一步分析病例病毒潜在来源。结果皮疹拭子和口咽拭子样本猴痘病毒基因核酸检测Ct值分别为32.13和36.91,皮疹拭子样本经猴痘病毒全基因组测序后获得一条高质量有效序列,reads数匹配率为99.99%,测序平均深度12370×,基因组覆盖度为99.4%,序列属于IIb(西非分支)B.1.3型,存在86处核苷酸突变位点,引起41个氨基酸突变。变异分析和系统进化树分析结果显示,与GISAID猴痘病毒数据库中国云南、日本近期提交的共4条猴痘病毒基因组序列在同一分支,与中国云南提交的序列EPI_ISL_18059184(2023-07-03采样)进化关系最近,共享82个核苷酸突变位点,其中云南序列仅存在共享的全部82个突变位点,本研究序列在共享82个核苷酸突变位点的基础上增加2个核苷酸突变位点;与日本提交的序列EPI_ISL_17692269(2023-04-28采样)进化关系较近,共享78个核苷酸突变位点,存在7个核苷酸突变位点差异,日本序列在共享78个突变位点的基础上增加1个核苷酸突变位点(G57786A),本研究序列则增加6个核苷酸突变位点(G13563A、C21062T、G101241A、C142797T、G152866A、T169721A)。结论从一例核酸检测Ct值较低的样本中获得一条全长197084 bp的猴痘病毒全基因组有效序列,成功构建了青海省基于Ampliseq扩增子技术的猴痘病毒全基因组测序、病毒变异和分子溯源方法。

青海省2016-2017年人肠道病毒A组71型基因特征

目的对青海省2016-2017年手足口病（hand，foot and mouth disease，HFMD）人肠道病毒A组71型（human enterovirus group A type71，EV—A71）的基因特征进行分析。方法对青海省2016-2017年采集的HFMD标本，用荧光定量逆转录-聚合酶链反应（reverse transcription．polymerase chain reaction，RT—PCR）方法进行筛查，对EV—A71阳性标本进行病毒分离，对分离到的病毒提取核酸，用RT—PCR方法对VPl编码区进行扩增及核苷酸序列测定和分析，并与EV．A71各基因型和基因亚型的代表株序列构建亲缘关系进化树。结果青海省2016-2017年共分离到114株EV-A71，均为C4基因亚型中的C4a进化分支。在亲缘性关系树中显示，又进一步分属2个不同的小分支。2016-2017年青海省流行的不同传播链上EV—A71与我国其他省流行的EV-A71基因亲缘关系较为接近。结论青海省2016-2017年流行的EV—A71以C4a为绝对优势基因亚型，未监测到其他基因型病毒。青海省EV—A71不是独立进化的，而是与我国其他地区流行的EV—A71共同进化。

实时荧光定量RT-PCR在脊髓灰质炎病毒型内鉴定中的应用

目的应用实时荧光定量RT-PCR(rRT-PCR)对脊髓灰质炎病毒(PV)进行型内鉴定(ITD)及基因型鉴定。方法以PV衣壳蛋白(Capsid Protein)VP1编码区基因序列为目标,设计并合成引物和Taqman探针,建立实时荧光定量RT-PCR检测体系,对WHO发放的PV株和实验室分离的PV株进行型内鉴定(ITD)和疫苗衍生PV株(VDPV)筛选。结果 10份WHO考核标本经ITD试验结果和ITD筛查后的5份苗类似株(SL)VDPV实验结果,经WHO验证完全符合;青海省脊髓灰质炎(下称脊灰)实验室2017年在健康儿童中分离获得2株PV,经ITD和VDPV,结果为SL1。毒株经国家脊灰实验室验证,与上报结果完全符合。结论 rRT-PCR方法操作简便、快速,特异敏感,适用于PV的型内鉴定及其感染的实验室诊断。

西宁市一起学校流行性腮腺炎暴发疫情流行病学和病原学特征分析

目的分析西宁市一起学校流行性腮腺炎(流腮)暴发疫情的流行病学和病原学特征。方法采用现场流行病学调查方法分析本起流腮疫情的三间分布特征;对9例流腮疑似病例采集血清和咽拭子标本进行实验室检测。腮腺炎病毒核酸阳性的咽拭子标本进行病毒分离。采用RT-PCR方法对病毒分离株SH基因进行扩增,鉴定和分析腮腺炎病毒的基因型别与基因特征。结果本起疫情共累计报告流腮疑似病例13例。病例主以7~11岁为主,集中在8岁(69.23%,9/13)。男女比例为1.6∶1。13例病例均无明确的腮腺炎疫苗接种史。本起疫情具有明显的班内聚集性。在采集标本的9例病例中有8例腮腺炎特异性IgM抗体和病毒核酸检测双阳性。获得2株阳性腮腺炎病毒分离物,经基因型鉴定均为F基因型,2株腮腺炎病毒SH基因序列同源性100%。结论本起疫情是一起由F基因型腮腺炎病毒引起的学校流腮暴发疫情,建议当地开展中小学腮腺炎疫苗的查漏补种工作。

青海省2012-2017年麻疹实验室网络运转情况分析

目的评价青海省2012-2017年麻疹实验室网络的运转情况。方法分析青海省2012-2017年麻疹实验室网络血清学和病毒学监测数据库，评价青海省麻疹实验室网络运转的各项指标。结果青海省2012-2017年麻疹监测系统共报告疑似麻疹病例5763例，采集血清标本4167份，采集率72．31％；麻疹IgM抗体阳性3697份，阳性率为88．72％；风疹IgM抗体阳性68份，阳性率为1．63％。共收集麻疹疑似病例咽拭子标本共515份，分离到麻疹病毒82株，阳性率为15．92％；经基因序列测定和分析，2012-2017年麻疹野病毒均属于H1基因型中的H1a基因亚型，为我国的优势流行基因型病毒。2012-2017年省级麻疹网络实验室均通过了国家级麻疹实验室年度血清标本盲样考核、血清复核及现场认证。结论青海省麻疹实验网络运转良好，为青海省消除麻疹奠定了良好的实验室基础。

西宁市2017-2018年柯萨奇A16型肠道病毒VP1基因分子特征分析

目的对西宁市2017—2018年手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)人肠道病毒柯萨奇A16型(Coxsackievirus A16,CV-A16)的VPl基因特征进行分析。方法对西宁市2017—2018年送检的HFMD标本,用荧光定量PCR方法检测,对CV-A16阳性标本进行病毒分离,对分离到的病毒提取核酸,用RT-PCR方法对VP1编码区进行扩增及核苷酸序列测定和分析,并与CV-A16各基因型和基因亚型的代表株序列构建亲缘关系进化树。结果西宁市2017—2018年共分离到70株CV-A16,2017年西宁市流行的10株CV-A16可以被划分为2个基因亚型,其中3株为B1a基因亚型7株为B1b基因亚型。而2018年CV-A16流行株则只有B1b基因亚型。结论西宁市2017—2018从手足口病病例分离到的CV-A16病毒有B1a与B1b两种基因亚型,共同进化与流行,其中B1b基因亚型为主要流行株。

青海省2017年脊髓灰质炎病毒学监测结果分析

目的评价青海省2017年脊髓灰质炎(脊灰)病毒学监测情况。方法按照世界卫生组织(world health organization,WHO)第4版《脊灰实验室手册操作规程进行病毒分离,分离到的L20B阳性分离物做型内鉴定(intratypic differentiation,ITD),由中国疾病预防控制中心(chinese center for disease control and prevention,CDC)病毒病预防控制所国家脊灰实验室对脊灰病毒(poliovirus,PV)衣壳蛋白(capsid protein,VP1)编码区进行核苷酸序列测定和分析,对青海省2017年报告的急性弛缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例及健康儿童粪便标本进行脊灰病毒学监测和结果分析。结果2017年青海CDC脊灰实验室共收到AFP病例及健康儿童粪便标本211份,分离到PV2株,分离率为0.95%;非脊灰肠道病毒(non-polio enterovirus,NPEV)25株,分离率为11.85%;两株PV均为疫苗相关株。结论2017年青海CDC脊灰实验室在AFP病例及健康儿童粪便标本中未发现脊灰野病毒和疫苗衍生脊灰病毒,青海省继续维持无脊灰状态。

2018年青海省手足口病病原谱的构成及基因特征分析

目的了解2018年青海省手足口病(HFMD)病原谱的构成及基因特征,掌握HFMD主要致病原的流行规律。方法采集青海省HFMD患者的咽拭子标本共713份,进行实时荧光定量检测和病毒分离;对阳性标本进行特异性引物核酸扩增和测序分析,参考NCBI部分毒株序列构建基因进化树。结果2018年共采集临床确诊HFMD患者标本713份,检测到EV-A71型病毒9份,CVA16型病毒109份,CVA6型病毒510份,CVA10型病毒12份,CVA4型病毒5份,CVA2型病毒2份,柯萨奇B组病毒4份,阴性3份。其中CVA6病毒占总数的71.53%,CVA16病毒占15.29%。经测序后选取典型的15株柯萨奇病毒A、B组基因序列进行核酸序列分析,同源性在23.5%-100%之间,表明引起青海HFMD流行的非EV-A71、CVA16型柯萨奇病毒A、B组核酸序列不同基因型之间的变异性强。结论2018年青海省HFMD病毒谱包括EV-A71、CVA16、CVA6等,主要为CVA6,其次是CVA16。

2015—2018年青海省手足口病病原谱变化和流行趋势

目的了解青海省手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)患者中肠道病毒流行情况和基因型特征。方法采集青海省HFMD患者的咽拭子标本,进行病毒分离和特异性引物聚合酶链反应(RT-PCR),对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析,并参考NCBI部分毒株序列构建基因进化树。结果采集临床诊断HFMD阳性病例标本1738份,其中人肠道病毒A组71型(EV-A71)型326例,占18.76%、人肠道病毒柯萨奇A16型(CV-A16)型237例,占13.64%、人肠道病毒柯萨奇A6型(CV-A6)型628例,占36.13%,4年间不同基因型别间存在差异,具有统计学意义(EV-A71,χ^(2)=245.315,P<0.001;CV-A16,χ^(2)=27.680,P<0.001;CV-A6,χ^(2)=702.713,P<0.001),用RD细胞分离后共得到到317株细胞培养物,测序后选取2017年和2018年典型基因型的VP1区核酸序列进行序列分析,全部基因型VP1区核酸序列间同源性在59%~100%之间,19株EV-A71VP1序列间核苷酸同源性分别在93%~100%之间,20株CV-A16型核酸VP1序列的同源性在92%~100%之间,6株CV-A6型VP1核酸序列的同源性在97%~99%之间。从进化树图上看,青海省流行的EV-A71毒株序列全都在进化树图的C4a分支上;CV-A16型分离到20个毒株序列出现在进化树图上的分为两个基因型别,18株为B1b,2株为1D基因型;CV-A6型分离到5个毒株为D3基因型,1株属于B1型。结论青海省2015—2018年HFMD的流行基因型别由EV-A71向CV-A16和CV-A6转变,青海省流行的EV-A71型一直是C4a基因型,CV-A16和CV-A6存在不同的基因型别,不同基因型间核酸序列差异性较大,同一基因间序列变异较小。

青海省2017年手足口病网络实验室运转情况分析

目的评价青海省2017年手足口病网络实验室的运转情况。方法分析青海省2017年手足口病网络实验室病毒学监测数据，评价青海省手足口病网络实验室运转情况。 结果2017年青海省各网络实验室共检测病例标本574份，病毒核酸检测阳性368份，阳性率为64.11%。病毒分离获得121株阳性毒株，经基因序列测定和分析，100株EV71基因型别均为C4a，16株CA16基因型别均为B1b，5株为其他肠道病毒。2017年青海省级手足口病网络实验室均通过了国家级手足口病实验室年度核酸盲样考核及现场认证。结论青海省手足口病实验网络运转良好，为青海省手足口病监测提供实验技术支撑。

2017年西宁地区手足口病病原检测结果分析

目的了解西宁地区手足口病病原学特征,为手足口病防控提供科学依据。方法选择青海省妇女儿童医院、大通红十字医院和互助县人民医院为监测哨点医院,收集2017年就诊的手足口病临床病例咽拭子标本,采用实时荧光RT-PCR法检测肠道病毒通用型、EV 71型、Cox A16型、Cox A6型和Cox A10型特异性核酸。结果 2017年从3家医院共收集到350份手足口病临床诊断病例咽拭子标本,核酸检测结果为肠道病毒通用核酸阳性236份,阳性率67. 43%。其中EV 71阳性114份,占48. 32%; Cox A6阳性86份,占36. 44%; Cox A16阳性20份,占8. 47%; Cox A10阳性4份,占1. 69%;其他肠道病毒阳性12份,占5. 08%。236例阳性病例发病主要集中在7～10月,占77. 12%,1～5岁儿童阳性标本最多,占89. 41%,男女比例为1. 54∶1。结论 2017年西宁地区手足口病病原以EV 71为主,其次为Cox A6,7～10月为发病高峰,1～5岁儿童是感染的高危人群。

2012-2018年西宁地区手足口病病原检测结果分析

目的分析2012-2018年西宁地区手足口病病原学特点,为手足口病防控提供科学依据。方法应用实时荧光RT-PCR法对2012-2018年西宁地区疑似手足口病病例咽拭子标本进行肠道病毒71型(enterovirus 71,EV 71)、柯萨奇病毒A组16型(coxsackie virus A16,Cox A16)和非EV 71/非Cox A16的其他肠道病毒(其他EV)进行核酸检测,并对结果进行分析。结果共检测标本2855份,检出核酸阳性标本2176份,病毒核酸阳性率为76.22%,其中EV 71、Cox A16和其他肠道病毒核酸阳性率分别为28.68%、25.09%和46.23%,以其他肠道病毒为主要型别。发病人群集中在1~5岁组,构成比为91.04%(1981/2176);男性病例阳性率稍高于女性(χ^2=8.647,P=0.004);全年均有发病,发病高峰在6~7月,具有明显的季节性。结论西宁地区各年手足口病病原谱有所不同,近几年其他肠道病毒所占比例逐渐增大,应加强对EV 71和Cox A16以外其他肠道病毒的监测,为更好地做好手足口病的防控工作提供病原学依据。

2020年青海省发现风疹病毒2B-L2c基因亚型

目的分析2020年青海省风疹流行特点和流行风疹病毒(rubella virus,RV)基因特征,为当地优化和完善风疹防控策略提供科学依据。方法汇总国家法定传染病报告系统中的青海省2020年风疹发病数据,分析其流行病学特征;依托青海省麻疹/风疹实验室网络,采集并鉴定2020年疑似风疹暴发和散发病例咽拭子标本,阳性标本盲传3代后获得RV分离株,提取病毒核酸后扩增并测定E1基因的739个核苷酸片段,用于鉴定2020年青海RV株基因型和亚型,并分析其与我国流行RV的分子差异。结果2020年青海省风疹发病呈现明显回升态势,发病年龄已后移至10~19岁年龄组青少年(占比94.9%);2020年从青海省4个风疹高发市州共分离到29株RV病毒株,经鉴定所有RV株均属于2B-L2c基因亚型,也是目前我国RV流行的优势基因亚型。此外,病毒学监测数据显示,2020年青海省存在着不同的2B-L2c基因亚型RV传播链,且一起暴发疫情可能由不同的传播链病毒引起。结论2020年青海省流行RV为2B-L2c基因亚型,该病毒的流行导致了青海省2020年风疹疫情的回升以及部分市州的暴发流行。

青海省风疹病毒分离株基因特征分析

目的了解青海省流行风疹病毒(Rubella virus,RV)基因型及基因特征。方法 2010年和2019年分别采集2个市州疑似风疹病例的咽拭子标本,经核酸检测和病毒分离后,扩增并测定阳性病毒分离株基因分型靶基因序列,即E1基因的739个核苷酸片段,然后与世界卫生组织(World Health Organization, WHO)推荐的13个基因型的32株参考株序列进行比对以确定基因型别,同时与我国其他省份流行RV株序列进行基因亲缘性关系分析。结果本研究分离获得4株RV病毒株,经基因亲缘性关系分析显示,这些病毒株分属于1E-Cluster A基因亚型和2B-Cluster C基因亚型,与我国同期其他省份RV流行趋势基本一致。青海省4株病毒株在氨基酸水平高度保守,但也存在地区特异性的突变位点。结论本研究为青海省风疹防控策略的制定提供了一定的实验室数据。

2013年青海省职业健康人群麻疹抗体水平调查

目的了解青海省职业人群麻疹免疫状况,为探讨在城市化过程中职业人群流动对麻疹消除的影响提供科学依据。方法选取2013年100名职业健康检查人员,采用酶联免疫吸附试验(ELISA)定量检测血清麻疹IgG抗体。结果职业健康人群麻疹IgG抗体总阳性率为90.00%,保护率为49.00%。城乡间和各年龄组间的麻疹抗体阳性率和保护率差异均无统计学意义。其中30～岁人群的麻疹抗体阳性率和保护率最低。结论 2013年青海省职业健康人群麻疹抗体总阳性率低于95%,尤其是30～岁人群是麻疹强化免疫的重点。

2017-2018年西宁地区手足口病病原检测结果分析

目的分析2017-2018年西宁地区手足口病病原学特点,为手足口病防控提供科学依据。方法应用实时荧光PCR法对2017-2018年西宁地区疑似手足口病病例咽拭子进行肠道病毒71型(Enterovirus 71,EV 71)、柯萨奇病毒A组16型(Coxsackie virus A16,Cox A16)、柯萨奇病毒A组6型(Coxsackie virus A6,Cox A6)、柯萨奇病毒A组10型(Coxsackie virus A10,Cox A10)和其他未分型的肠道病毒进行核酸检测,并对结果进行分析。结果共检测标本2855份,检出核酸阳性标本2176份,病毒核酸阳性率为76.22%,其中EV 71、Cox A16和其他肠道病毒核酸阳性率分别为28.68%、25.09%和46.23%。发病人群主要集中在1~5岁,构成比为91.04%(1981/2176),男性病例阳性率(84.58%)稍高于女性(81.61%),差异有统计学意义(χ^(2)=54.537,P<0.01)。全年均有发病,发病高峰主要集中在6-7月(占60.68%)。结论西宁地区各年手足口病病原谱有所不同,近几年EV 71和Cox A16以外其他肠道病毒所占比例逐渐增大,应加强对其他肠道病毒的监测,为更好地做好手足口病的防控工作提供病原学依据。

青海省2013-2017年脊髓灰质炎病原学监测结果分析

目的通过对青海省2013-2017年急性驰缓性麻痹(Acllte flaccid paralysis,AFP)病例与健康人群的病原学进行监测,为维持无脊灰状态提供准确、可靠的科学依据。方法采用RD、L20B细胞对AFP病例及健康人群的粪便标本进行病毒分离,分离到的脊髓灰质炎毒株送至国家脊髓灰质炎实验室进行鉴定。结果 2013-2017年共接收AFP病例粪便标本106份,分离到脊髓灰质炎病毒(Poliovirus,PV) 1株,分离率为0. 94%,分离到非脊灰肠道病毒(NonPolio Enterovirus,NPEV) 11株,分离率为10. 38%。共接收全省健康人群粪便标本790份,分离到PV 6株,分离率为0. 76%,分离到NPEV 143株,分离率为18. 10%。AFP病例及健康人群标本中分离到的所有PV毒株中,PVⅠ型5株,PVⅢ型1株,PVⅠ+PVⅢ混合型1株,均为脊灰疫苗相关株,无脊灰野病毒株。结论青海省2013-2017年无本地脊灰野毒株病例流行,阻断了脊灰本地野病毒的传播,保持了无脊灰状态。

2019-2020年西宁地区丙型肝炎病毒感染者基因序列分析

目的了解2019—2020年西宁地区丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV)感染者HCV感染株基因型。方法采集2019—2020年青海省疾病预防控制中心门诊HCV感染者抗体阳性血清108份,采用实时荧光定量PCR法(RT-PCR)进行HCV-RNA阳性筛查,对HCV-RNA阳性标本进行RT-PCR特异性引物扩增后用直接测序法进行HCV基因片段的测序。结果108份HCV抗体阳性血清标本中共检测到77份阳性血清,经过RT-PCR扩增,共检出54份阳性标本,测序后得到25份核苷酸片段,再经序列测序进化分析得到2a型17份,占总数的68%;1b型8份,占总数的32%。2a型分布于两个不同的分支上,其中一个分支与ZX 2005-197株(KP 721897.1)在同一分支上,此柱为有明显输血史感染柱,另一分支与广州GZ 0160(206047)和KM 26(KF 586099)WL 14(KF 586224.1)的自愿献血者感染株为同一分支;8份1b型分布于3个不同的分支,其中一组与上海的标准株PR 50(HQ 912957.1)在同一分支上,另一组与美国的毒株KY 565218.1亲源关系较近,其余的序列单独形成一个分支。结论西宁地区HCV感染基因型以2a型为主,其次为1b型,此次检测结果与西宁地区其他关于HCV感染主要基因型研究报道有所不同。

青海脊髓灰质炎实验室2016-2017年细胞敏感性监测结果分析

目的通过对青海省脊髓灰质炎(脊灰)实验室2016-2017年两年的细胞敏感性(cell sensitivity,CS)监测结果进行分析,评估其在脊灰实验室检测质量控制中的重要作用。方法统一使用96孔微量板病毒滴定法在表达脊灰病毒受体的小鼠肺(Mouse Lung Cells that Express Receptors for Human Polioviruses,L20B)细胞和人横纹肌肉瘤(Rhabdomyosarcoma,RD)细胞上对Ⅰ型及Ⅲ型,两个型别的脊灰病毒的敏感性进行检测。结果 2016-2017年共开展8次常规CS监测并按时向国家脊灰实验室上报结果,CS监测结果显示青海省脊灰实验室的实验室质量控制(Quality control of laboratory,LQC)株滴度均在正常范围±0. 5logCCID50/0. 1 ml波动。结论青海省2016-2017年脊灰实验室所用的L20B和RD细胞对脊灰病毒敏感性处于正常范围内。CS监测作为中国脊灰实验室网络(Chinese Poliomyelitis Laboratory Network,CPLN)质量控制的重要指标,保证了实验室检测脊灰病毒的敏感性。