人乳头瘤病毒分子检测方法研究进展

[背景]人乳头瘤病毒(human papillomavirus,HPV)是最常见的性传播病原体之一.高危型HPV的持续感染与高度宫颈上皮内瘤变(cervical intraepithelial neoplasia,CIN)及宫颈癌的发生密切相关,70%的宫颈癌病例是由HPV-16和HPV-18两种高危型引起的.HPV分子检测具备灵敏度高、检测时间短和临床适用性好的技术优势,目前已成为宫颈癌筛查的主要方案.[进展]本文从检测技术原理、检测技术的性能评价、检测技术的优势与不足等方面对HPV分子检测技术研究进展进行综述,为临床宫颈癌筛查工作选择合适的HPV检测及基因分型技术提供支持.[展望]选择适合的HPV检测技术用于宫颈癌筛查需要全面考虑每种技术的应用场景、检测能力和成本负担.将宫颈癌筛查与HPV疫苗接种和宫颈治疗相结合,有望降低宫颈癌的发病率和死亡率,并实现世界卫生组织在全球范围内加速消除宫颈癌的最终目标.

氯化血红素的催化荧光测定

在碱性溶液中氯化血红素转化为高铁血红素，后者可催化过氧化氢氧化荧光供氢体反应，据此建立了氯化血红素的荧光测定方法。对测定条件包括缓冲溶液类型、酸度、荧光供氢体类型及过氧化氢和荧光供氧体的加入量等进行了考察，在0～3．52μg／L范围内，测定氯化血红素的工作曲线为y＝9．62＋94．36x，线性相关系数为0.9992，相对标准偏差为5.8％，检测限为0.01μg／L。另外，通过考察十六烷基三甲基溴化铵的影响，证明该试剂可作为荧光反应的有效终止剂。本文结果为将氯化血红素发展为免疫分析的标记物提供了直接根据。

葡萄糖氧化酶催化荧光测定的非酶体系研究

A novel non-enzymatic method for the determination of oxidases and their sub-strates was proposed. The principle was examined by fluorometric determination of glucose oxidase(GOD). Using EGTA (NH4)2Fe (SO4), as modified Fenton reagent, H2O2, the prod-uct of GOD catalytic reaction was converted into hydroxyl radical, the later oxidized tereph-thalic acid, which was chosen from four fluorogenic indicator of hydroxyl radical, into fluo-rescent product GOD was thus measured according to the reaction rates. The rnethod is sim-ple, stable, cheap and at least as sensitive as its counterpart enzymatic method-

介质环境对辣根过氧化物酶催化荧光反应体系的影响

探讨了缓冲溶液、溶剂和表面活性剂对对羟基苯丙酸-过氧化氢-辣根过氧化物酶反应体系反应平衡及产物荧光性质的影响,表明二聚体荧光产物在溶液中存在酸碱平衡,用荧光滴定法求得其酸离解常数pK_a≈8.3.碱式产物的荧光强于酸式.碱性环境使酶活性降低,反应平衡时间延长.阳离子胶束溴化十六烷基三甲铵(CTMAB)和氯化十六烷基三甲铵(CTMAC)对该体系兼有催化和增敏作用,据此提出一种更为灵敏的测定辣根过氧化物酶的方法.

“突触引物”实时荧光PCR检测端粒酶活性

为建立一种简便的端粒酶测定方法 ,首先采用高灵敏的核酸染料SYBRGold染色代替放射自显影 ,建立了简便可靠的扩增产物显示方法 .进而合成了端粒酶扩增产物的模拟产物 ,考察了突触引物检测的可行性和灵敏度 .在此基础上 ,建立了检测端粒酶活性实时荧光PCR .由于突触引物可以有效的降低非特异扩增 ,有效解决了端粒酶活性检测中的非特异产物干扰 。

多重荧光PCR同时检测转基因成分35S和Nos方法的建立

根据商品化转基因作物中常用的花椰菜花叶病毒启动子 (CaMV 35S)和根癌农杆菌终止子 (Nos)的序列特点 ,设计并合成了两对引物和相对应的荧光双链探针 ,建立一种应用荧光双链探针的多重荧光PCR同时检测转基因成分 35S启动子和Nos终止子的方法 .并利用该方法对马铃薯、大豆、玉米、甜椒、番茄等 11份实物样品进行了检测 ,其中有 5份样品结果阳性 .结果表明所建立的多重荧光PCR方法能同时检测出 35S和Nos双组分 ,较常规PCR技术更为简便、快速、准确 ,有很好的应用前景 .

改良分子信标-实时PCR快速检测副溶血弧菌

目的 :建立改良分子信标 -实时 PCR检测副溶血弧菌的快速方法 ,应用于副溶血弧菌食物中毒的快速诊断和海产品检验。方法 :根据 Gen Bank公布副溶血弧菌的耐热直接溶血毒素基因 (TDH)的保守序列 ,设计一对引物和改良分子信标探针 ,用 FAM荧光剂标记探针的 5′,并进行特异性和灵敏度分析 ;同时以 11种细菌作对照 ,建立改良分子信标检测副溶血弧菌的实时 PCR反应体系 ,应用于副溶血弧菌食物中毒快速诊断和食品微生物检测。结果 :检测 12种细菌 ,只有副溶血弧菌有荧光信号 ,与其他细菌无交叉反应 ,DNA灵敏度为 16 6 .6 fg/ μl,菌液灵敏度为 6 9cfu/ ml或 6 cfu/ PCR反应体系。改良分子信标 -实时 PCR反应体系检测 4 0株副溶血弧菌均出现特异的荧光信号 ,无干扰。对 3起细菌性食物中毒共 4 8份样品和 10 0份海产品进行检测 ,9份副溶血弧菌实时 PCR阳性 ,其中 7份副溶血弧菌细菌培养阳性 ,其余样品都为阴性。检测时间仅需 2 h。结论 :改良分子信标 -实时 PCR检测体系快速、灵敏度高 ,特异性强 ,可用于副溶血弧菌食物中毒的快速诊断 。

分子信标探针用于PCR检测对虾白斑杆状病毒

将对虾白斑杆状病毒的一段特异性DNA设计成分子信标探针 ,用于该病毒的PCR检测 .温度与荧光强度之间的关系表明 ,所设计探针的发夹既可以形成也可以打开 ,符合PCR对分子信标探针的要求 .结果表明 ,在PCR同时加入分子信标探针不影响PCR扩增 ,分子信标探针只能与目的DNA杂交 ,具有较高的特异性 .随着PCR循环数的增加以及含目的DNA的质粒拷贝数的增加 。

厦门地区遗传性耳聋流行病学调查

目的调查厦门地区遗传性耳聋的发生率及热点基因突变,探讨在厦门地区开展遗传性耳聋检测的必要性和意义。方法采集2015年12月至2016年2月厦门市中山医院就诊的132名耳聋患者唾液并提取DNA,应用探针熔解曲线技术检测4个常见耳聋基因的20个突变位点,包括GJB2(c.35del G,c.167del T,c.176-191del16bp,c.235del C,c.299-300del AT)、GJB3(c.538 C>T,c.547 G>A)、SLC26A4(c.749 T>C,c.754 T>C,c.919-2 A>G,c.1174 A>T,c.1226 G>A,c.1229 C>T,c.1707+5 G>A,c.1975 G>C,c.2027 T>A,c.2162 C>T,c.2168 A>G)和线粒体DNA 12S r RNA(m.1494 C>T,m.1555 A>G)。结果 132名耳聋患者中,共检测出耳聋基因异常者42例(31.8%),其中22例携带GJB2基因突变,16例携带SLC26A4基因突变,4例携带线粒体基因m.1555A>G均质性突变。在这些基因异常的患者中,GJB2基因的c.235del C(15.9%,21/132)及SLC26A4基因的c.919-2A>G(10.6%,14/132)为厦门地区的两大热点突变。结论厦门地区耳聋患者中常见耳聋基因突变以GJB2基因突变、SLC26A4基因突变为主。因此,该地区应将遗传性耳聋检测纳入遗传咨询、产前诊断及新生儿筛查,尤其是新生儿药物性耳聋和PDS综合征等迟发性耳聋的基因检测,从而有效的降低耳聋的发生。

探针熔解曲线法快速检测结核分枝杆菌注射类二线药耐药突变

目的评价结核分枝杆菌注射类二线药耐药突变检测试剂盒MeltPro TB/SL的分析性能以及临床性能。方法首先使用企业参考品对试剂盒的突变检出能力进行考察,之后将野生型基因组DNA以10倍梯度稀释后考察试剂盒的最低检测限,使用野生型质粒以及含常见耐药突变的质粒以不同突变比例混合考察试剂盒检测不均一耐药样本的能力,并使用23株非结核分枝杆菌标准株考察试剂盒的分析特异性,最后使用241份临床分离株对试剂盒进行临床评价。结果该试剂盒可以将9种耐药相关突变与1种野生型多态性与野生型进行区分。可以检测到低至5个拷贝的野生型基因组DNA。当突变比例为30%或更高时,试剂盒可以将其与野生型进行区分。23种非结核分枝杆菌的结果显示该试剂盒有良好的特异性。和比例法药敏试验进行对比,该试剂盒的临床灵敏度为卡那霉素90.0%(9/10),阿米卡星80.0%(8/10),卷曲霉素85.7%(6/7);特异性为卡那霉素98.8%(85/86),阿米卡星98.8%(85/86),卷曲霉素96.6%(86/89)。试剂盒检测结果与测序结果一致。结论该试剂盒灵敏度高、特异性好,可以快速、准确地检测结核分枝杆菌注射类二线药常见的耐药突变,有望应用于临床。

新型铕络合物用于HBsAg的时间分辨荧光免疫检测

利用稳定的新型铕荧光络合物BHHCT与Eu3 + 标记羊抗人HBsAb和Eu3 + 标记BSA -SA ,建立定量测定血清HBsAb的Eu3 + -BHHCT -HBsAb -TRFIA法和Eu3 + -BHHCT -BSA -SA -TRFIA法。结果表明 ,这两种方法最低检出值分别为 0 .2ng/mL和 0 .0 5ng/mL ,标准曲线范围均为 0 - 10 0ng/mL ,批内变异系数CV均小于10 % ,后者回收率为 85 % - 115 %。用Eu3 + -BHHCT -BSA -SA -TRFIA法与ELISA法同时检测 118份血清样品 。

大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌质粒型AmpC酶基因型的检测分析

目的：针对该院临床分离大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌质粒型 AmpC 酶基因型进行研究分析。方法收集2011年7月至2012年8月对头孢西丁不敏感无重复临床分离大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌共176株，采用聚合酶链反应（PCR）法和扩增全基因序列分析大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌产 AmpC 酶基因型。结果 PCR 结果显示，AmpC 酶基因（ampC 基因）阳性率为18．2％主要以 DHA 型为主，阳性率为59．4％，CIT 型为37．5％，EBC 为3．1％；其中，大肠埃希菌 ampC 基因阳性率为11．4％，以CIT 型为主，阳性率为77．8％，DHA 型和 EBC 型阳性率均为11．1％；肺炎克雷伯菌 ampC 基因阳性率为23．7％，以 DHA 型为主，阳性率为78．3％，CIT 型为21．7％。基因序列结果显示，DHA 型有18株为 DHA‐1基因型和1株摩根摩根菌 ampC 基因型，一致率97．0％，CIT 型有10株为 CMY‐2基因型，1株 CMY‐42基因型和1株 CMY‐4基因型；EBC 型为阴沟肠杆菌 ampC 基因型，一致率为99．0％。将32株基因序列提交 GenBank ，均被接受，其登录号为 KJ127248～ KJ127279。结论该院临床分离大肠埃希菌 ampC 基因主要以 CMY‐2型为主，而肺炎克雷伯菌主要以 DHA‐1型为主。

探针熔解分析法快速检测结核分枝杆菌链霉素耐药突变

目的评价探针熔解分析法快速检测结核分枝杆菌链霉素耐药突变的应用价值,为临床应用提供依据。方法首先用中国药品生物制品检定所提供的含37份标准非结核分枝杆菌的标准盘进行特异性评价,然后将野生型结核分枝杆菌H37Rv基因组DNA梯度稀释进行灵敏度考察,最后对906株结核分枝杆菌临床分离株(其中37份有药物敏感性试验结果)的链霉素耐药相关基因进行检测,并对突变菌株、有药敏结果的菌株以及疑似杂合的菌株进行测序分析。结果标准盘评价结果证实该体系特异检测H37Rv结核分枝杆菌。分析灵敏度为5～50拷贝每反应。在所有的906份结核分枝杆菌培养标本中,103份标本发生突变且与测序结果一致,18份标本存在杂合信号,17份标本无信号。37份有药敏结果的标本中,敏感的标本用探针熔解分析法所得结果均为野生型,耐药的16份标本仅检测到7份突变,另有9份耐药的标本实时检测为野生型,与测序结果相符。结论探针熔解分析技术特异性好,可以快速、准确地检测结核分枝杆菌链霉素耐药常见突变,有望直接用于临床标本链霉素耐药性检测。

荧光PCR和PFGE在副溶血弧菌食物中毒诊断中的应用研究

[目的]探讨荧光PCR和脉冲场电泳(PFGE)在副溶血弧菌食物中毒调查中的应用。[方法]对中毒样品进行荧光PCR检测,副溶血弧菌临床分离株基因组DNA经NotI酶切,通过PFGE获得电泳图谱,利用BioNumerics软件对图谱进行聚类分析。[结果]部分样品荧光PCR检测结果呈阳性,同起食物中毒菌株PFGE图谱一致。[结论]荧光PCR可以快速准确的鉴定病原体。PFGE具有很强的菌株同源性分析能力,适用于食物中毒病原菌学鉴定和传染源溯源。荧光PCR和PFGE在食物中毒的快速诊断中可发挥重要作用。

改良分子信标-实时PCR快速检测志贺菌

目的:建立改良分子信标-实时PCR检测志贺菌的快速方法,应用于志贺菌食物中毒的快速诊断和门诊肠道致病菌的检测。方法:根据GenBank公布志贺菌ipaH基因的保守序列,设计引物和改良分子信标探针,建立实时PCR-改良分子信标检测体系,应用于对志贺菌食物中毒的快速诊断和门诊肠道致病菌的检测。结果:改良分子信标-实时PCR反应体系DNA灵敏度为93 fgμ/l,菌液灵敏度为64 cfu/m l或2 cfu/PCR反应体系,无交叉反应。此反应体系检测67株志贺菌,均出现特异的荧光信号。对细菌性食物中毒样本等共657份样品进行志贺菌检测,42份志贺菌实时PCR阳性,其中41份志贺菌细菌培养阳性。从样品处理到检测结果仅需2 h^1 d时间。结论:改良分子信标-实时PCR检测体系快速、灵敏度高,特异性强,可用于志贺菌食物中毒的快速诊断,为食源性疾病的分子流行病学调查提供新的检测手段,对于提高肠道门诊的工作效率有重要意义。

急性髓系白血病NPM1基因突变检测方法的研究

本研究旨在建立检测急性髓系细胞白血病(AML)患者NPM1基因突变的方法。针对NPM1基因突变集中区域设计引物/探针,建立高分辨熔解曲线方法(HRM)和等位基因特异PCR方法(AS-PCR),通过89份AML标本进行了临床评估,并采用毛细管电泳法(CE)和测序法作为对照进行了验证。结果表明,通过上述4种方法共检出阳性标本17例(19.1%),其中A型突变15例,B型和Nm型突变各1例。上述方法中HRM法检测全面,灵敏度为5%,而AS-PCR法有一定的漏检,但灵敏度高达0.01%。结论:考虑到操作的难易程度,同时也结合临床样品的检测情况,HRM在临床上可法用于NPM1突变筛查,而AS-PCR法可用于后续的微小残留病定量检测。

双链探针同步荧光技术快速筛查C282Y点突变

以荧光染料Fam和Joe分别标记野生型和突变型双链探针作为均相检测探针,以构建的DNA模板作为研究模型,采用固定波长差同步荧光分析法对PCR反应产物进行终点检测。通过对HFE基因C282Y点突变的检测,并以限制性内切核酸酶RsaI证实,该方法是一种廉价、快速、可靠的筛查遗传性血色病基因C282Y突变的方法,该法可扩展到各种基因的突变检测。

ARMS实时PCR基因分型特异性的研究

以原癌基因Kras基因12位密码子的4种基因型(野生型为GGT,突变型为AGT、TGT、CGT)质粒DNA为研究模型,采用SYBRGreenⅠ为实时PCR指示剂,进行ARMS实时PCR基因分型特异性的研究.结果表明:在和模板匹配的ARMS引物3′端附近引入故意错配碱基,将ARMS引物浓度稀释10倍,并对传统三步PCR循环进行改良,即根据目的产物和引物二聚体的熔点差异,在传统延伸步骤之后增加一步恒温80℃检测荧光步骤,可消除引物二聚体的影响,使ARMS引物的特异性增强,得到清晰的基因分型结果.实验表明这种基于SYBRGreenⅠ的ARMS实时PCR基因分型方法,无需合成探针,实验设计简单,是一种快速、简便、经济、特异性好的基因分型方法,可推广用于其他基因的分型,并可望成为应用于临床的基因诊断技术之一.

改良分子信标-双重实时荧光PCR快速检测SARS病毒

目的建立改良分子信标-双重实时荧光PCR检测SARS病毒的方法,用于SARS的早期诊断和动物溯源。方法利用改良分子信标技术、装甲RNA和双片段双色荧光技术,根据GenBank公布的SARS病毒聚合酶基因1b的阅读开放框架结构的保守序列,自行设计一对引物和探针,以部分临床标本的酶联吸附实验结果和传统细胞培养方法作为对照,建立分子信标检测SARS病毒的方法。对368份临床标本(咽漱液、血液、粪便、尿液)、52份细胞培养液和50份动物标本进行荧光PCR扩增。结果分子信标检测SARS病毒的方法灵敏度为10～100个拷贝ml,与流感病毒等呼吸道病毒无交叉反应。分子信标检测368份临床标本,20份阳性。其中确诊病例阳性率为21.27%(1047),确诊病例的咽漱液阳性率为43.48%,还分别从粪便和血清中检测到SARS病毒。52份细胞培养液,29份阳性,阳性率为55.77%。50份动物标本,23份阳性,阳性率为46%。结论改良分子信标-双重实时荧光PCR检测SARS病毒方法灵敏度高、特异性强,可用于SARS的临床早期诊断和动物溯源。

基于多色探针熔解曲线分析技术的华法林个体化用药相关基因多态性快速检测方法

华法林是一种广泛使用的抗凝剂,其治疗窗口较窄,患者达到抗凝所需剂量的变异性大.已有研究表明CYP2C9*3(rs1057910)、CYP2C9 IVS3-65G>C(rs9332127)、VKORC1 c.-1639G>A(rs9923231)和CYP4F2*3(rs2108622)的单核苷酸多态性(SNPs)是影响中国人群华法林敏感性的主要遗传因素.该研究利用多色探针熔解曲线分析(MMCA)技术,建立可同时检测4个华法林敏感性基因多态性位点的单管PCR反应体系,可在2.5 h内完成检测,每个反应能检测低至0.05 ng的人基因组DNA.对218份厦门市随机人群的4类SNPs进行筛查及其中40份样本测序的结果表明,MMCA体系准确性高,厦门市人群的4类SNPs发生频率与此前报道的中国汉族人群的相近,其中rs1057910的等位基因A和C的频率分别为96.4%和3.6%,rs9332127的等位基因G和C的频率分别为96.4%和3.6%,rs9923231的等位基因G和A的频率分别为7.8%和92.2%,rs2108622的等位基因G和A的频率分别为75.7%和24.3%.上述基于MMCA技术的SNP分型体系具有快速、简便、准确、低成本等优点,适合在临床上推广用于指导华法林用药剂量.