基于转录组测序分析弥漫型胃癌特征及其核心基因LUM的表达

目的 分析弥漫型胃癌的转录组特征并对核心基因LUM(Lumican)的表达进行验证。方法 收集2021年1月—2021年12月广西医科大学附属肿瘤医院手术切除的29例胃癌患者癌组织及其配对癌旁正常组织标本,取其中5例弥漫型胃癌组织进行转录组测序并获取基因表达谱,再利用差异基因进行GO和KEGG富集分析,使用cytoscape软件对差异基因进行蛋白互作网络构建,评估优势基因集。利用TCGA数据库中胃癌相关的转录组和临床数据进行基因集表达量及预后分析。采用RT-qPCR检测另外24例胃癌组织中核心基因LUM的表达水平。结果 与配对癌旁正常组织相比,弥漫型胃癌组织中有175个差异基因,其中上调和下调基因分别有91和84个。GO和KEGG富集分析显示,弥漫型胃癌以多种方式参与细胞外基质相关的细胞过程和恶性进展。弥漫型胃癌中的优势基因集为上皮-间充质转化(epithelial-mesenchymal transition,EMT)相关基因集,该基因集中COL6A3、LUM、COL1A2、SPARC、COL1A1、CDH11、COL3A1、NID2、BGN和COL4A1的表达水平较癌旁正常组织和肠型胃癌组织高(均P<0.05)。核心基因LUM高表达的弥漫型胃癌患者总生存期缩短(P=0.043)。RT-qPCR检测结果显示,LUM在胃癌组织中高表达,且在弥漫型胃癌中的表达水平高于肠型和混合型(均P<0.05)。结论 弥漫型胃癌的转录组特征表现为EMT相关基因集处于优势地位,其核心基因LUM在弥漫型胃癌中表达增强且高表达患者总生存期缩短,LUM可能是弥漫型胃癌潜在的预测标志物和治疗靶点。