基于加权基因共表达网络分析筛选结直肠癌潜在的预后生物标志物

目的采用生物信息学分析方法挖掘结直肠癌(CRC)关键基因,作为潜在的预后生物标志物。方法从基因表达综合(GEO)数据库获取与CRC相关的GSE33113数据集。采用R软件中的limma程序包获取CRC组织与癌旁组织的差异表达基因,采用DAVID在线工具对差异表达基因进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组数据库(KEGG)富集分析。采用加权基因共表达网络分析(WGCNA)输出关键模块基因,取模块关键基因与差异表达基因的交集作为候选关键基因。采用GEPIA数据库进行检索,将CRC组织与癌旁组织中表达存在显著差异,且与疾病预后相关的基因作为关键基因。选用不同数据集验证关键基因在CRC中的表达情况,采用GEPIA数据库验证关键基因在CRC中的表达情况和预后价值。采用受试者工作特征(ROC)曲线评估关键基因对CRC的诊断价值。采用基因集富集分析(GSEA)探索关键基因在CRC中的生物学意义。采用实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)和免疫印迹法检测关键基因在人正常肠上皮细胞系HIEC和CRC细胞系HCT116、HCT15中的表达情况。结果GSE33113数据集共包含90例CRC样本和6例癌旁组织样本,共筛出差异表达基因1211个,其中上调505个、下调706个,多分布于细胞外间隙和胞外区,调控趋化因子介导的信号通路、炎症应答、细胞分裂等。WGCNA获取临床特征最显著相关的模块分别有24和96个关键模块基因,分别获得24和62个候选关键基因。经GEPIA数据库筛选,共获取6个关键基因(AQP8、PBK、EXO1、CCNB1、DEPDC1B和KPNA2)。选取EXO1进行验证,其在不同数据集中的CRC组织样本中表达均上调,GEPIA数据库分析结果显示,CRC组织中EXO1 mRNA呈高表达,CRC患者EXO1的表达与患者总生存期(OS)显著相关。ROC曲线分析结果显示,EXO1对CRC具有较高的诊断价值。GSEA结果提示EXO1可能通过影响细胞周期和DNA复制来调控CRC。RT-qPCR和免疫印迹法结果显示,EXO1在CRC细胞中的表达显著上调。结论采用WGCNA发现6个与CRC相关的关键基因,其中EXO1可作为CRC潜在的预后生物标志物。

肺囊性纤维化一家系基因突变分析

目的对一个中国汉族肺囊性纤维化(PCF)的家系进行基因测序分析,寻找可疑致病基因突变,探讨疾病基因型和表型的关系。方法提取先证者外周静脉血全基因组DNA,利用全外显子测序(WES)进行突变筛查,与1000 genomes、dbSNP数据库中人类基因组参考序列进行比对,寻找可疑基因突变位点,采用一代测序在先证者及其父母中进行验证。结果先证者反复咳嗽2.5年,根据其临床表现、实验室检查结果和基因检测结果确诊为PCF。WES结果结合一代测序验证显示,病人的囊性纤维化跨膜传导调节因子(CFTR)基因存在两处复合杂合突变(c.650A>G/p.E217G、c.1231A>G/p.K411E,分别遗传自母亲和父亲),而在200例健康对照者中未发现该突变。结论CFTR基因c.650A>G、c.1231A>G复合杂合突变很可能是PCF的致病突变位点。本研究结果对扩大CFTR的突变谱和PCF的临床诊断及产前遗传学筛查具有重要意义。

癫痫伴智力障碍一例

患儿男,4岁主要临床表现为1岁后癫痫发作、发育迟滞和智力障碍。全外显子组测序提示两者在YWHAG基因的第2外显子均存在c.170G>A/p.R57H新的杂合错义变异,导致14-3-3γ蛋白第57位的精氨酸替换为组氨酸。患儿的c.170G>A变异遗传自母亲,而在外祖父母中未检测到,该变异为新自发变异,且在该家系内进行传递。患儿和母亲均为癫痫伴智力障碍,但临床高度怀疑发育性癫痫性脑病56型。

靶向Neddylation修饰通路抗结直肠癌作用及其机制研究进展

蛋白类泛素化修饰Neddylation是一种重要的蛋白质翻译后修饰。Neddylation修饰在结直肠癌中过度活化,并且与结直肠癌患者的预后不良密切相关。小分子抑制剂MLN4924通过阻断Neddylation修饰通路诱导结直肠癌细胞凋亡、自噬、DNA损伤及细胞衰老发挥抗肿瘤效应。此外,MLN4924还可作为化学增敏剂和放射增敏剂提高结直肠癌的治疗效果。本文对Neddylation修饰及MLN4924在结直肠癌中的作用机制作一综述。

消化系统肿瘤中Neddylation修饰通路的潜在诊疗靶点与机制

类泛素化Neddylation修饰是一种新型蛋白质翻译后修饰方式,其在消化系统肿瘤中过度活化,是潜在的抗肿瘤分子靶标。靶向Neddylation修饰通路通过诱导消化系统肿瘤细胞发生细胞周期阻滞、细胞凋亡、细胞衰老和自噬,以及增强消化系统肿瘤细胞对放疗和化疗的敏感性,继而发挥抗肿瘤作用。靶向Neddylation修饰通路及通路抑制剂MLN4924可作用于抗消化系统肿瘤的潜在靶点。