云南腾冲热海两热泉菌藻席细菌多样性的研究

应用显微形态观察和变性梯度凝胶电泳 (DGGE)对云南腾冲热海两热泉菌藻席的细菌多样性进行了比较分析。直接从环境样品中提取总DNA ,用两套细菌通用引物进行PCR扩增 ,得到包含V8和V9高变区的 1 6SrDNA片段 ,进行DGGE分析 ,结合形态观察 ,结果显示 ,热泉菌藻席中存在丰富的细菌多样性 。

云南腾冲热海三热泉细菌多样性的研究

应用变性梯度凝胶电泳 (DGGE)对云南腾冲热海 3个高温热泉中菌藻席和泉底沉积物的细菌多样性进行了初步研究。直接从环境样品中提取总DNA ,用两套细菌通用引物进行PCR扩增 ,分别得到包含V8和V9高变区的 1 6SrDNA片段 ,进行DGGE分析。结果表明 :菌藻席和泉底沉积物中不仅物种组成差异较大 ,而且都存在丰富的细菌多样性 ;一些关键的生态因子 ,如氧气、温度等会对群落中微生物的物种组成有很大影响。

一平浪盐矿古老岩盐沉积中可培养细菌的系统发育多样性研究

运用纯培养法和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析对云南省一平浪盐矿古老岩盐沉积中可培养细菌的多样性进行了研究。用补充0.5-3.5mol/L NaCl的MBA和ISP2琼脂培养基从卤水、岩盐和盐土样品中分离到38株细菌,用细菌通用引物进行16S rRNA基因扩增和序列测定,用相关软件进行序列相似性搜索、比对和系统发育分析。结果表明,38个分离菌株可分为31个物种,属于4个大的系统发育类群（Proteobacteria,Bacteroidetes,Firmicutes,Actinobacteria）、17个科、24个属。多数菌株属于Proteobacteria门（18株,47.3%;Gamma-Proteobacteria,31.5%;Alpha-Proteobacteria,15.8%）和Firmicutes门（13株,34.2%）。这些分离菌株中,至少有3个菌株可能代表3个不同属的3个新物种：Y3、Y15和Y25分别代表Idiomarina属、Salinicoccus属和Saccharospirillum属的新物种;而菌株Y21有可能代表Staphylococcaceae科的一个新属。从以上结果可以看出,一平浪盐矿古老岩盐沉积中存在较为丰富的微生物物种多样性和系统发育多样性,并且潜藏着新的微生物资源。

昆明盐矿古老岩盐沉积中可培养细菌多样性研究

为了了解昆明盐矿古老岩盐沉积中可培养细菌的多样性，用MBA和ISP2分离和培养了昆明盐矿卤水和盐晶中的细菌44株。发现盐晶中的可培养好氧细胞数量（3．1×10^3～3．7×10^6CFU／g）远远高于卤水中的数量（1．3-6．3×10^3CFU／L）。分离所得纯培养物的16S rDNA序列系统发育分析结果表明，44株菌可分为4大类群34个不同的分类单元（16S rDNA序列相似性大于97％为同一分类单元）。24株属于厚壁菌门（Firmicutes，54．6％），2株属于变形菌门α亚群（α-Proterbacteria，4．6％），4株属于变形菌门γ亚群（γ-Proterbacteria，9．1％），14株属于放线细菌门（Actinobacteria，31．7％）。卤水和盐晶中的优势菌都是Bacillus属菌（26．1％和59．9％）。据16S rDNA序列相似性分析发现7株菌为可能的新种或属。此外，还筛选到7株抗菌活性菌株。研究表明，昆明盐矿古老岩盐沉积中，不仅含有较为丰富的微生物物种多样性，并且存在许多未被认识的新物种和生物活性菌株，为古老岩盐沉积中微生物的深入研究奠定了基础。

应用DGGE法对青海相邻两盐湖中细菌多样性的快速检测

分别对青海相邻两盐湖柯柯盐湖、茶卡盐湖土样、泥样进行富集培养后 ,从中提取的DNA用两套不同的细菌通用引物进行扩增 ,分别得到包含V8和V9高变区的 16SrDNA片断。经变性梯度凝胶电泳 (DGGE)分析 ,结果显示这两个盐湖富集样品中细菌多样性具有较大的差异 ,而且同一盐湖不同性质样品中的细菌多样性差异也较大 ,两湖的泥样富集样品中均表现出了稍丰富的多样性。

昆明盐矿古老岩盐沉积中的原核生物多样性

应用PCR-DGGE和rRNA分析法研究了昆明盐矿古老岩盐沉积中的原核生物多样性。样品的细菌DGGE分析得到27条带,古菌得到18条带。样品与纯培养得到的19个属菌株的DGGE图谱对比分析发现,细菌18个属菌株,只有1个属菌株与样品中的1条带迁移位置都不一致;古菌1个属的菌株不与样品中任何条带迁移位置一致。表明纯培养所得菌株并非该环境中的优势类群。同时,建立了样品细菌和古菌的16S rDNA克隆文库,从中分别挑取36个细菌克隆和20个古菌克隆进行ARDRA分析。细菌可分为10个OTUs,其中3个OTUs是优势类群,分别占38.9%,25.0%,16.7%,其余7个OTUs各含有1个克隆。古菌分为8个OTUs,没有明显的优势类群。每个OTU的代表克隆16S rDNA序列分析表明,细菌分属3大类群:α-Proteobacteria,γ-Proteobacteria和Actinobacteria,以Pseudomonas属菌为优势,含有其它岩盐沉积中没有发现的Actinobacteria。古菌主要是Halorubrum属、Haloterrigena属菌和未培养古菌。本研究表明,昆明盐矿古老岩盐沉积具有较丰富的原核生物多样性,含有大量未知的、未培养或不可培养的原核生物,但在原核生物物种组成和丰度上,免培养与此前的纯培养研究结果存在一定差异。因此,结合使用两类方法才能较全面地认识高盐极端环境微生物的多样性。

高温环境样品总DNA直接和间接提取方法的比较

分别采用两种环境总DNA直接提取法和一种间接提取法从6种温泉菌席样品中提取总DNA,以DNA粗产物的纯度、能否用于后续PCR扩增及PCR-DGGE(变性梯度凝胶电泳)所反映的微生物多样性为评价指标对两类方法进行比较和评价。研究发现,虽然间接提取法效率低下,但对于高温极端环境中生物量较小的样品,间接法能得到有研究价值的、纯度较高的环境样品总DNA,而直接法得到的DNA量小且不适于PCR扩增操作。在使用这2类方法都能得到可用于研究操作的DNA的情况下,间接提取法能更好的体现环境样品中微生物的多样性。

腾冲热海眼镜泉粉红色菌藻席的细菌组成分析

应用免培养法系统研究眼镜泉粉红色菌藻席的细菌组成。经过克隆筛选 ,测定了 2 3个克隆的 16SrDNA插入片段的近全序列。与GenBank的序列进行比对和相似性分析 ,结果表明 ,组成该菌藻席的细菌分属于Proteobacte ria、Firmicutes、Bacteroidetes、Actinobacter、Deinococcus_thermus、Aquificals 6个类群 (phylum) ,表现出了高度的细菌多样性。结合分析温度相近的 5个热泉 :Octopusspring、HaegindiandFluidirspring、Olkelduhals、Grendalurspring中的菌藻席细菌组成 ,表明生态位相近的不同环境中 ,其物种组成相近。

滇西二高温热泉原核生物多样性的比较分析

直接提取腾冲大滚锅热泉壁、龙陵大沸泉泉底沉积物总DNA,PCR扩增获得古菌和细菌16S rDNA的V_8高变区片段,进行DGGE分析。结果显示,细菌和古菌在2个高温热泉中均有一定数量的存在,而且2个热泉古菌的DGGE条带差异度较大,而细菌在2个高温热泉中数量较多,而且相似较大。

腾冲热海四种不同颜色菌藻席的DGGE图谱比较

研究热泉水化学成分与菌藻席群落结构的关系。直接提取四种菌藻席 (mat)总DNA ,PCR扩增获得 16SrDNA的V8高变区片段 ,进行DGGE分析。结果 :四种菌藻席的细菌组成差异很大 ,DGGE条带数目最低为 2 0 ,最高为 4 7;4种菌藻席共有的条带为 1。结合文献报道的 3个热泉的水化学性质分析 ,表明水化学成分是热泉生态系统中重要的生态因子 。

腾冲热海眼镜泉菌藻席细菌ARDRA指纹图谱分析

对腾冲热海眼镜泉中粉红色丝状菌藻席进行ARDRA指纹图谱分析,获得其细菌多样性的部分信息。直接提取菌藻席总DNA,以之为模板PCR扩增出细菌的16SrDNA,将其克隆、转化进入大肠杆菌,获得120个克隆子。用限制性内切酶(RsaⅠ、HhaⅠ、HapⅡ)筛选出了29个16SrDNA插入片段酶切带型差异明显的克隆,表明眼镜泉菌藻席细菌组成丰富。聚类分析显示这29个克隆聚为A、B两个大类,表明该菌藻席可能主要由两个遗传多样性丰富的分类群组成。

狮子头热泉菌席样品环境总DNA提取方法的比较研究

通过对狮子头热泉7个环境菌席样品所提取的总DNA进行纯度检测、提取得率计算和DGGE分析,比较了3种直接和1种间接DNA提取方法。结果表明:综合利用多种裂解方式比单一裂解方式更能充分释放环境DNA;其中3种方法获得的DNA片段能够进行后续16S rDNA扩增;针对同一样品,不同方法提取的环境DNA,可获得不同DGGE群落指纹图谱;间接提取法提取的总DNA,能更好地反映狮子头热采菌席的微生物多样性。

化解人工浓“雾”

前段时间,特别是收割庄稼的时候,一到傍晚天上就会下一场奇怪的"雾",浓雾弥漫,熏得人睁不开眼,呛得人不住咳嗽。

苝醌类化合物的杀线虫活性

采用液体浸泡方法首次测定了菌寄生菌属Hypomyces sp.的次级代谢物苝醌类化合物竹红菌甲素和痂囊羟菌素对松材线虫的致病率。结果表明竹红菌甲素对松材线虫的半致病率为18小时50g/mL,痂囊羟菌素对松材线虫的半致病率为18小时15g/mL,对比(啊维菌素)对松材线虫的半致病率为18小时0.8g/mL。在红外光照射下竹红菌甲素和痂囊羟菌素具有良好的光敏杀伤松材线虫的作用。

云南部分城乡结合地区施工管理中信息技术调查分析——以云南省鹤庆县为例

近些年,我国建筑工程规模位于全球前列,现代信息技术与建设行业融合提升建设工程质量和效率的优势日益明显,云南部分地区建筑工程应用水平已逐步跟上国家步伐。然而,云南部分城乡结合地区因其环境复杂和施工技术落后,很难打破传统建造方式,导致施工管理效率不高,成本较高,施工安全得不到保障,现代信息技术应用不够等问题频出。针对上述问题,本文采用实地走访和问卷调查的方法得出对鹤庆县施工管理中信息技术应用的有关数据,依据相关数据,进行调查研究从各角度提出合理化建议。

454焦磷酸测序分析几种哺乳动物粪便细菌多样性

【目的】分析比较几种哺乳动物粪便细菌群落多样性,了解粪便细菌多样性与动物进化和食物的关系。【方法】采集6种哺乳动物粪便样品;提取总DNA;PCR扩增,获得16S rDNA V3标签片段;用454焦磷酸测序技术进行高通量测序;主要基于QIIME平台分析比较粪便细菌多样性。【结果】分析发现,厚壁菌门和拟杆菌门广泛存在于各样品中,并且占绝对优势。α多样性分析发现,杂食性的长臂猿、黑猩猩和川金丝猴的多样性最高,其次是肉食性的东北虎,来自熊科杂食性的亚洲黑熊和大熊猫的多样性最低。β多样性分析发现,白眉长臂猿、黑猩猩、川金丝猴几种灵长目动物粪便的菌群相似,而大熊猫菌、黑熊、孟加拉虎几种食肉目动物粪便细菌群相似但食肉动物孟加拉虎主要又因含梭杆菌门而区别于其他动物。【结论】动物粪便细菌优势类群明显;同种动物重复样本的相似性最高,各种动物多样性存在差异,但几种灵长类动物粪便细菌多样性更丰富;动物粪便细菌的组成和动物的进化及食物相关。本研究为哺乳动物粪便菌资源及后续研究提供了借鉴。

青海柯柯盐湖、茶卡盐湖细菌富集培养后DGGE带谱比较

分别将采自青海柯柯盐湖和茶卡盐湖的土样、泥样富集培养后,提取DNA,用细菌通用引物扩增得到含16SrDNA的V9高变区的DNA片断,进行DGGE(变性梯度凝胶电泳)分析.结果表明这2个相邻的盐湖中细菌多样性差异较大,同一盐湖中土样和泥样的细菌多样性也有较大的差异而且泥样中的多样性较土样的稍丰富些.

元大都城垣遗址公园旅游资源调查与评价

通过对元大都城垣遗址公园的旅游资源进行实地调查,参考相关文献资料,对其进行定性与定量评价。结果表明,该公园旅游资源丰富,区位条件良好,有很大开发潜力。据评价结果对公园的开发管理提出几点建议。

怒江大峡谷怒江州段土壤放线菌多样性

【背景】怒江大峡谷怒江州段凭借独特的地理环境、丰富的动植物多样性以及极少的人为干扰,拥有很高的生物多样性调查价值,但对于该生境中的放线菌多样性研究尚未见相关报道。【目的】研究怒江大峡谷怒江州段土壤放线菌多样性情况。【方法】利用Illumina Hi Seq平台对怒江州段土壤样品放线菌免培养多样性进行高通量测序,通过相对丰度、物种聚类、主成分分析对不同样品中放线菌组成及其相似性进行了分析。同时通过9种不同类型培养基结合有效的预处理方法和非目的菌抑制剂进行放线菌的纯培养分离。【结果】高通量测序共获得Tag数目474 203条,OTU数目15 671个,它们分布于细菌域下的47个门90个纲170个目320个科561个属。通过不同样品的比较,发现BS、F-G、F-L、L样品的放线菌免培养多样性普遍优于丙中洛样点的BB、BT、BH样品。纯培养分离共获得351株放线菌,分布于放线菌纲下8个目14个科26个属。所用9种培养基中,YIM171培养基的分离效果最好。通过比较不同样品的放线菌纯培养多样性,丙中洛混合样明显优于其他样品。【结论】怒江大峡谷怒江州段土壤样品中放线菌多样性丰富,应进一步挖掘其放线菌资源潜力,为今后放线菌次生代谢产物的开发提供有效的菌株资源。

亮耳菌杀线虫活性的稳定性

采用平板测定方法测定了日本亮耳菌野生型菌株 (LAM1- 99,LAM 2 - 98)、驯化菌株 (LAM3,LAM 4)和退化型菌株 (LAM 5 )对腐生线虫和松材线虫的致病率 .结果表明这些菌株对不同线虫有不同的毒杀作用 .LAM 5菌株对松材线虫的致病效果高于野生型 ,而对腐生线虫的致病效果低于野生型 .从人工栽培的子实体中分离到的菌株 (LAM 3,LAM 4)能使菌株的性状向野生型恢复 .