基于生物信息学分析食管鳞癌差异基因和预后价值

目的鉴定食管鳞癌发生发展过程中的核心基因,寻找新的分子靶标。方法 GEO数据库筛选出食管鳞癌数据集GSE20347,GSE20344,GEO2R分析差异基因。利用STRING和Cytoscape建立并修饰蛋白与蛋白相互作用网络,GO功能和KEGG通路富集分析。Cytohubba计算核心基因,TCGA数据验证核心基因的表达情况。Kaplan Meier-plotter数据库用于核心基因的生存分析。结果获得共同上调基因19个和下调基因39个。其主要参与细胞外基质组织,定位于细胞外区域部分,功能为丝氨酸肽酶活性,涉及蛋白质消化吸收相关通路。12个核心基因在TCGA数据集的表达基本一致。CDH11,VCAN和SPP1表达与食管鳞癌预后显著相关。结论 CDH11和VCAN的下调以及SPP1的过表达被确定为食管鳞癌不良预后因素,为食管鳞癌的诊断和预后提供了新的标志物。

基于生物信息学分析的食管癌miRNA-mRNA调控网络的初步构建

目的:用生物信息学分析方法初步构建食管癌mi RNA和m RNA的调控网络,探索其在食管癌中的分子调控机制。方法:从GEO下载数据集GSE114110(n10 T30),GSE59973(n3 T3)使用GEO2R进行差异表达基因分析,使用R语言软件probezsylnbol做热图分析;再通过GEOR2对食管癌差异m RNA进行分析及funrich对mi RNA靶基因预测和m RNA预测取交集,使用DAVID和Cytoscape中的插件Clu GO进行GO富集分析,最后通过下载预后数据绘制mi RNAs的Kaplan-Meier生存曲线。结果:从GSE114110和GSE59973中取交集共获得7个差异表达mi RNAs,miR-34c-5p、mi R-455-3p、mi R-455-5p、mi R-944属于高频上调表达的mi RNAs,miR-139-5p、mi R-1、mi R-133b属于高频下调表达的mi RNAs;mi RNAs主要富集于转录因子活性,转运蛋白活性等;并筛选出56个靶基因,构建了食管癌mi RNA-m RNA分子调控网络,并筛选出结合和发挥作用的m RNAs,其功能主要富集为转录抑制子活性,RNA聚合酶II转录因子结合等。其中4个与m RNAs有靶向结合的mi RNAs预后分析表明mi R-455-5p、mi R-34c-5p、mi R-455-3p的高表达及mi R-133b低表达患者的总体生存时间缩短。结论:通过数据库挖掘方法构建的mi RNA-m RNA调控网络,发现mi R-455-5p、mi R-34c-5p、mi R-455-3p及mi R-133b参与食管癌的发生和发展,且与不良预后相关,为研究食管癌发病机制、探索联合mi RNA及其靶基因m RNA作为临床诊断标志物及预后提供了可靠的研究方向。

食管鳞状细胞癌顺铂耐药关键基因及临床病理分析

目的探索在食管鳞癌(ESCC)进展中驱动顺铂耐药的关键基因,并分析其与肿瘤临床病理因素的关系。方法从高通量基因表达数据库通过GPL21290和GPL570平台下载并分析GSE169337和GSE161533,以获得差异表达基因,并对两个数据集取交集。使用STRING数据库和Cytoscape软件建立蛋白质-蛋白质相互作用网络并确定关键基因。DAVID数据库对GSE169337的差异基因进行生物学功能和途径富集分析。利用癌症基因组图谱数据和TIMER分析和验证关键基因在食管癌中的表达情况、免疫细胞浸润、临床病理因素(肿瘤分期、性别、吸烟状态、淋巴结转移及TP53状态)的关系及预后价值。结果生物学功能和途径富集分析示,差异基因与免疫反应存在潜在联系。确定并验证了在ESCC进展过程中顺铂耐药的10个关键基因,其中GBP1、IFI44L与食管癌组织中多种免疫细胞浸润程度呈正相关(r>0,P<0.05);在不同食管癌分期中IFI44L表达水平比较,差异有统计学意义(P<0.05);与无淋巴结转移食管癌患者比较,早期淋巴结转移的食管癌患者GBP1高表达(P<0.05);IFI6、RTP4高表达患者生存率低于低表达患者(P<0.05)。结论本研究有助于ESCC顺铂耐药性的分子机制研究,联合免疫治疗是抑制顺铂耐药的重要方向。

肿瘤干细胞与肿瘤相关巨噬细胞的交互作用

肿瘤干细胞(cancer stem cell,CSC)被认为是一类具有自我更新和多向分化潜能的细胞亚群,与肿瘤的恶性生物学行为如侵袭、转移、化疗耐药等密切相关。CSC并不是固定不变的,而是处于不断转换且动态平衡的状态。肿瘤微环境中的巨噬细胞旁分泌多种细胞因子激活下游信号通路,诱导CSC转化和扩增,后者亦会产生相应的生物学效应促进肿瘤相关巨噬细胞极化为促肿瘤表型。文章对近年来CSC与肿瘤相关巨噬细胞交互作用的研究进行综述。