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栉孔扇贝EST-SNP标记开发及多态性分析
被引量:
10
1
作者
李纪勤
包振民
+1 位作者
李玲
胡晓丽
《中国海洋大学学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第1期56-63,共8页
EST(表达序列标签)数据库发掘是单核苷酸多态性标记(SNP)开发的重要途径。本研究利用栉孔扇贝转录组测序数据进行SNP筛选,在含有4条EST以上的18 780条contig(拼接序列)中,共获得21 813个候选SNP位点。利用高分辨率熔解曲线结合非标记探...
EST(表达序列标签)数据库发掘是单核苷酸多态性标记(SNP)开发的重要途径。本研究利用栉孔扇贝转录组测序数据进行SNP筛选,在含有4条EST以上的18 780条contig(拼接序列)中,共获得21 813个候选SNP位点。利用高分辨率熔解曲线结合非标记探针技术,对其中90个位点在4个野生群体中进行了位点多态性检测。得到33个(36.7%)具有二等位基因位点,并对其中26个位点进行了功能注释。进一步的标记验证显示,33个多态位点在青岛野生群体的48个个体中均成功分型,其观测杂合度Ho和期望杂合度He的分布范围分别为0.062 5~0.744 7和0.099 8~0.504 6,其中5个位点偏离Hardy-Weinberg平衡,各位点间没有检测到连锁不平衡。研究为栉孔扇贝群体遗传学和遗传育种分析提供了候选标记。
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关键词
栉孔扇贝
单核苷酸多态性
表达序列标签
高分辨率熔解曲线中图法
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职称材料
富集文库—菌落原位杂交法筛选栉孔扇贝的微卫星标记
被引量:
14
2
作者
战爱斌
胡景杰
+5 位作者
胡晓丽
王明玲
彭薇
李艳
李纪勤
包振民
《水产学报》
CAS
CSCD
北大核心
2008年第3期353-361,共9页
应用微卫星富集文库——菌落原位杂交法,筛选得到了40个栉孔扇贝的微卫星标记。用固定了(AG)15和(AC)15探针的尼龙膜(HybondN^+)捕捉含有微卫星DNA的片段,经洗脱、PCR扩增和TA克隆,构建栉孔扇贝的微卫星富集文库。利用ECL试...
应用微卫星富集文库——菌落原位杂交法,筛选得到了40个栉孔扇贝的微卫星标记。用固定了(AG)15和(AC)15探针的尼龙膜(HybondN^+)捕捉含有微卫星DNA的片段,经洗脱、PCR扩增和TA克隆,构建栉孔扇贝的微卫星富集文库。利用ECL试剂盒(Amersham公司)标记的(AG)15和(AC)15探针进行菌落原位杂交筛选微卫星富集文库,阳性克隆经测序获得微卫星DNA。富集文库中1200个重组克隆经过菌落原位杂交后,532个(44.3%)为阳性克隆。任意挑选100个克隆测序,结果显示所有的克隆都至少含有一个微卫星位点。利用软件设计了65对特异性PCR引物,40对能扩增出清晰的带谱;利用48个栉孔扇贝个体评价微卫星位点,分析表明37个位点具有多态性。不同的位点获得的等位基因数目为2~14个不等,37个多态性位点共获得258个等位基因,平均每个位点获得7.0个等位基因。观测杂合度(H0)、期望杂合度(HP)及多态性信息含量值(P配)的范围分别为0.1000-1.0000、0.1197-0.9831和0.1172-0.9782。结果表明,富集文库一菌落原位杂交法适合大规模筛选目标物种的微卫星标记。
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关键词
栉孔扇贝
富集文库
菌落原位杂交
微卫星标记
多态性
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职称材料
栉孔扇贝转录组来源单核苷酸多态性位点的多态性分析
3
作者
李玲
包振民
+4 位作者
李纪勤
王师
张玲玲
陆维
胡晓丽
《水产科学》
CAS
北大核心
2012年第12期732-740,共9页
应用高分辨率熔解曲线技术对栉孔扇贝转录组来源的单核苷酸多态性位点进行验证分型和多态性分析。根据栉孔扇贝转录组单核苷酸多态性位点序列信息,对其中150个位点设计引物和探针,在4个栉孔扇贝野生群体中进行验证分型。其中,103对引物...
应用高分辨率熔解曲线技术对栉孔扇贝转录组来源的单核苷酸多态性位点进行验证分型和多态性分析。根据栉孔扇贝转录组单核苷酸多态性位点序列信息,对其中150个位点设计引物和探针,在4个栉孔扇贝野生群体中进行验证分型。其中,103对引物扩增出目的产物,76个位点成功分型,58个多态位点中51个是二等位多态性单核苷酸多态性(34.0%)。进一步在荣成野生群体中对51个二态单核苷酸多态性位点进行多态性验证和群体遗传学分析,其中49个位点呈现多态性,且均为二态,最小等位基因频率为0.0610~0.5000,观测杂合度和期望杂合度分别为0.0833~0.8889和0.0833~0.5833。经Boferroni校正,有2个位点(C1630S115_AG和C19848S286_CA)在该群体中偏离Hardy-Weinberg平衡。各位点之间未检测到连锁不平衡。这些多态单核苷酸多态性位点可用于栉孔扇贝连锁图谱构建、分子标记辅助育种以及数量性状的基因定位等遗传学研究。
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关键词
单核苷酸多态性
分子标记
高分辨率熔解曲线
栉孔扇贝
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职称材料
题名
栉孔扇贝EST-SNP标记开发及多态性分析
被引量:
10
1
作者
李纪勤
包振民
李玲
胡晓丽
机构
中国海洋大学海洋生物遗传育种教育部重点实验室
出处
《中国海洋大学学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第1期56-63,共8页
基金
国家重点基础发展计划项目(2010CB126406
010CB126402)
+2 种基金
国家高技术研究发展计划项目(2012AA10A402
2012AA10A405)
中国海洋大学水生生物种质资源标准化及资源共享项目资助
文摘
EST(表达序列标签)数据库发掘是单核苷酸多态性标记(SNP)开发的重要途径。本研究利用栉孔扇贝转录组测序数据进行SNP筛选,在含有4条EST以上的18 780条contig(拼接序列)中,共获得21 813个候选SNP位点。利用高分辨率熔解曲线结合非标记探针技术,对其中90个位点在4个野生群体中进行了位点多态性检测。得到33个(36.7%)具有二等位基因位点,并对其中26个位点进行了功能注释。进一步的标记验证显示,33个多态位点在青岛野生群体的48个个体中均成功分型,其观测杂合度Ho和期望杂合度He的分布范围分别为0.062 5~0.744 7和0.099 8~0.504 6,其中5个位点偏离Hardy-Weinberg平衡,各位点间没有检测到连锁不平衡。研究为栉孔扇贝群体遗传学和遗传育种分析提供了候选标记。
关键词
栉孔扇贝
单核苷酸多态性
表达序列标签
高分辨率熔解曲线中图法
Keywords
Chlarnys farreri
single nueleotide polymorphism
expressed sequence tag
high resolution melting
分类号
S511.03 [农业科学—作物学]
Q75 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
富集文库—菌落原位杂交法筛选栉孔扇贝的微卫星标记
被引量:
14
2
作者
战爱斌
胡景杰
胡晓丽
王明玲
彭薇
李艳
李纪勤
包振民
机构
中国海洋大学海洋生命学院海洋生物遗传与种质工程实验室
出处
《水产学报》
CAS
CSCD
北大核心
2008年第3期353-361,共9页
基金
国家"十一五"支撑计划项目(2006BAD09A09)
国家科技基础条件平台建设(2005DKA30470)
农业科技成果转化资金项目(2006GB23600451)
文摘
应用微卫星富集文库——菌落原位杂交法,筛选得到了40个栉孔扇贝的微卫星标记。用固定了(AG)15和(AC)15探针的尼龙膜(HybondN^+)捕捉含有微卫星DNA的片段,经洗脱、PCR扩增和TA克隆,构建栉孔扇贝的微卫星富集文库。利用ECL试剂盒(Amersham公司)标记的(AG)15和(AC)15探针进行菌落原位杂交筛选微卫星富集文库,阳性克隆经测序获得微卫星DNA。富集文库中1200个重组克隆经过菌落原位杂交后,532个(44.3%)为阳性克隆。任意挑选100个克隆测序,结果显示所有的克隆都至少含有一个微卫星位点。利用软件设计了65对特异性PCR引物,40对能扩增出清晰的带谱;利用48个栉孔扇贝个体评价微卫星位点,分析表明37个位点具有多态性。不同的位点获得的等位基因数目为2~14个不等,37个多态性位点共获得258个等位基因,平均每个位点获得7.0个等位基因。观测杂合度(H0)、期望杂合度(HP)及多态性信息含量值(P配)的范围分别为0.1000-1.0000、0.1197-0.9831和0.1172-0.9782。结果表明,富集文库一菌落原位杂交法适合大规模筛选目标物种的微卫星标记。
关键词
栉孔扇贝
富集文库
菌落原位杂交
微卫星标记
多态性
Keywords
Chlamys farreri
enrichment library screening
colony hybridization
microsatellite markers
polymorphism
分类号
S917 [农业科学—水产科学]
下载PDF
职称材料
题名
栉孔扇贝转录组来源单核苷酸多态性位点的多态性分析
3
作者
李玲
包振民
李纪勤
王师
张玲玲
陆维
胡晓丽
机构
中国海洋大学海洋生物遗传育种教育部重点实验室
出处
《水产科学》
CAS
北大核心
2012年第12期732-740,共9页
基金
现代农业产业技术体系建设专项资金资助项目
国家科技基础条件平台--水产种质资源平台
山东省农业良种工程
文摘
应用高分辨率熔解曲线技术对栉孔扇贝转录组来源的单核苷酸多态性位点进行验证分型和多态性分析。根据栉孔扇贝转录组单核苷酸多态性位点序列信息,对其中150个位点设计引物和探针,在4个栉孔扇贝野生群体中进行验证分型。其中,103对引物扩增出目的产物,76个位点成功分型,58个多态位点中51个是二等位多态性单核苷酸多态性(34.0%)。进一步在荣成野生群体中对51个二态单核苷酸多态性位点进行多态性验证和群体遗传学分析,其中49个位点呈现多态性,且均为二态,最小等位基因频率为0.0610~0.5000,观测杂合度和期望杂合度分别为0.0833~0.8889和0.0833~0.5833。经Boferroni校正,有2个位点(C1630S115_AG和C19848S286_CA)在该群体中偏离Hardy-Weinberg平衡。各位点之间未检测到连锁不平衡。这些多态单核苷酸多态性位点可用于栉孔扇贝连锁图谱构建、分子标记辅助育种以及数量性状的基因定位等遗传学研究。
关键词
单核苷酸多态性
分子标记
高分辨率熔解曲线
栉孔扇贝
Keywords
single nucleotide polymorphism (SNP) Zhikong scallop ( Chlarnys farreri)
molecular marker
high resolution melting (HRM)
分类号
Q74 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
栉孔扇贝EST-SNP标记开发及多态性分析
李纪勤
包振民
李玲
胡晓丽
《中国海洋大学学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2013
10
下载PDF
职称材料
2
富集文库—菌落原位杂交法筛选栉孔扇贝的微卫星标记
战爱斌
胡景杰
胡晓丽
王明玲
彭薇
李艳
李纪勤
包振民
《水产学报》
CAS
CSCD
北大核心
2008
14
下载PDF
职称材料
3
栉孔扇贝转录组来源单核苷酸多态性位点的多态性分析
李玲
包振民
李纪勤
王师
张玲玲
陆维
胡晓丽
《水产科学》
CAS
北大核心
2012
0
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职称材料
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