连云港市6例新冠感染病例样本病毒全基因组测序分析

目的应用高通量测序技术,从新冠感染病例样本中直接测定新冠病毒基因组,获得全基因组序列,分析基因组特征和变异情况,进行分子溯源。方法采用Illumina iSeq100二代测序平台对连云港市6例不同时期新冠感染确诊病例的呼吸道样本进行全基因组测序,运用多种在线病毒变异分析平台分析病毒基因变异情况,用CLC、MEGA等多种生物信息学软件分析病毒全基因组序列,并结合病例的流行病学资料,推断病毒的来源。结果成功从6份样本中获得29873~29903 bp长度的基因组序列,基因组覆盖度91.0%~100.0%,与Wuhan/WH01/2019株相比,分别检出28、56、82、75、78、79个核苷酸位点突变,涉及19、40、62、52、56、57处氨基酸变异,非同义突变占比分别为67.9%(19/28)、71.4%(40/56)、75.6%(62/82)、69.3%(52/75)、71.8%(56/78)、72.1%(57/79)。进化分析显示,6份样本分属于B.1.351(LYG20210406)、AY.42(LYG20210723)、BA.2.3(LYG20220312)、BA.2.2.1(LYG20220709)、BA.2.76(LYG20220825)、BA.5.2(LYG20221006)进化分支,LYG20210406与菲律宾流行株密切相关,LYG20210723、LYG20220312、LYG20220709、LYG20220825和LYG20221006与同时期国际流行新冠株基因组序列相似性高,与各自流行病学调查结果一致。结论本研究中的二代测序方法和数据分析流程可用于新冠病毒的变异分析和分子溯源,在地市疾控应用前景好,对新冠疫情防控具有重要意义。