三类禽源碳青霉烯类耐药大肠杆菌流行病学调查及全基因组测序分析

【目的】研究不同禽源碳青霉烯类耐药大肠杆菌(carbapenem-resistant Escherichia coli,CREC)的群间分布、耐药特征及菌株间亲缘关系,为阻断CREC的潜在危害提供技术支持。【方法】在胶东地区采集肉鸡、蛋鸡、水禽三类家禽泄殖腔拭子1131份,利用选择性分离培养、质谱鉴定、PCR、微量肉汤稀释法、多位点序列分型(MLST)及全基因组测序(WGS)等方法进行CREC菌株鉴定与分析。【结果】共分离出364株bla NDM基因阳性的CREC菌株,分离率为32.18%,阳性场总体占比为76.32%,肉鸡场和个体阳性率均最高,分别为93.33%和55.56%。三类禽源菌株均多重耐药,83.65%菌株对8类及以上药物同时耐药,对多数测试药物耐药率在80%以上。肉鸡多重耐药问题最严重,水禽次之,蛋鸡相对较轻。45株全基因组测序的CREC菌株携带12类52种耐药基因,4种bla NDM变异体,以bla NDM-5(77.78%)为主,三类家禽对同类耐药基因的检出率存在差异。共检出46种ST型,多样性比为44.23%。三类家禽CREC菌株间单核苷酸多态性(SNPs)差异位点为82~71307个,且携带的优势型不同。【结论】携带bla NDM的CREC在不同家禽养殖场尤其是肉鸡场广泛存在,以bla NDM-5亚型最为常见,对多种抗菌药普遍耐药,且携带大量耐药基因,以质粒传播为主。CREC菌株在三类家禽中呈多样化分布,且多数菌株间亲缘关系相差较远。提示应针对不同动物群体,加强监测和影响因素研究,以降低CREC的潜在风险。

不同家禽产ESBLs沙门菌的流行分布与耐药分析

了解胶东地区不同家禽携带沙门菌的流行分布及其耐药现状,为有效防控家禽沙门菌的流行传播及遏制其耐药提供依据。采用细菌的常规分离培养、质谱法、PCR法和微量肉汤稀释法等,对2021年8—10月在胶东5个地区3种家禽养殖场采集的3150份泄殖腔拭子进行沙门菌分离鉴定、血清型鉴定、药敏试验及β-内酰胺酶主要耐药基因的检测,利用统计学方法进行差异显著性分析。结果发现:(1)共分离获得194株沙门菌(6.16%)。水禽源沙门菌的携带率(14.36%)比肉鸡(5.04%)、蛋鸡(1.15%)高。(2)较多的血清型为S.Enteritidis(38.14%)、S.Kentucky(21.65%)、S.Senftenberg(14.95%)、S.Indiana(12.37%)、S.Typhimurium(8.76%)为主。肉鸡和水禽(均为7种)的沙门菌血清型较蛋鸡(3种)多,但均以S.Enteritidis为主。(3)110株禽源沙门菌对氨苄西林、异磺胺异噁唑、四环素3种药物耐药相对严重(58.18%~77.27%),未检测到美罗培南的耐药菌株。水禽和肉鸡源菌株较蛋鸡耐药严重,尤其对阿莫西林/克拉维酸(P=0.031)和四环素(P=0.007)的耐药差异显著。(4)81株(73.64%)禽源沙门菌为多重耐药,共有43种耐药谱型,肉鸡(25种)和水禽(22种)源菌株的耐药谱型远多于蛋鸡(8种)。(5)110株沙门菌中检测到3种耐药基因:blaCTX-M(70.00%)、blaTEM(51.82%)和blaOXA(26.36%),常见的耐药基因组合类型为blaCTX-M+blaTEM,且耐药基因与耐药表型间存在一定的相关性(P≤0.001)。由此可见,胶东地区的家禽均携带一定比例的沙门菌,但不同品种家禽的流行分布存在差异。不同家禽之间携带血清型的种类也有一定的差异,但携带最多的血清型均为S.Enteritidis。分离菌株耐药情况较为严重,耐药谱复杂多样。禽源沙门菌对β-内酰胺类药物耐药主要是blaCTX-M+blaTEM基因的表达所致。