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鼠疫耶尔森菌菌株91001全基因组序列测定及初步分析 被引量:40
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作者 宋亚军 童宗中 +26 位作者 王津 郭兆彪 汪莉 韩延平 张建国 裴德翠 周冬生 秦海鸥 庞昕 韩玉军 翟俊辉 李敏 祁芝珍 金丽霞 戴瑞霞 崔百忠 陈峰 李胜霆 叶辰 杜宗敏 王效义 王俊 于军 杨焕明 汪建 黄培堂 杨瑞馥 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第3期192-199,共8页
目的 测定对人不致病的鼠疫耶尔森菌布氏田鼠疫源地菌株 910 0 1的全基因组序列 ,并通过比较基因组学研究 ,探索鼠疫耶尔森菌致病性的遗传学机制和进化路线。方法 采用全基因组鸟枪法测定 910 0 1菌株的全基因组序列 ,利用比较基因组... 目的 测定对人不致病的鼠疫耶尔森菌布氏田鼠疫源地菌株 910 0 1的全基因组序列 ,并通过比较基因组学研究 ,探索鼠疫耶尔森菌致病性的遗传学机制和进化路线。方法 采用全基因组鸟枪法测定 910 0 1菌株的全基因组序列 ,利用比较基因组方法对 910 0 1与另外 2株鼠疫耶尔森菌(CO92和KIM)的全基因组进行比较研究。结果 910 0 1菌株的基因组包括 1条染色体和 4个质粒 (pPCP1、pCD1、pMT1和pCRY)。pPCP1质粒长度为 96 0 9bp,与参考菌株基本一致 ;pCD1质粒是编码Ⅲ型分泌系统的质粒 ,长度为70 15 9bp,编码情况与参考菌株基本相同 ,但重排导致了质粒的结构与参考菌株存在差异 ;pMT1质粒长度为10 6 6 4 2bp,保留了较多的原始质粒片段 ,毒力相关基因与参考菌株没有差异 ;pCRY质粒是本研究中新发现的质粒 ,在国内外研究中未曾报道 ,这一质粒长度为2 174 2bp ,具有独立复制能力 ,有一群编码Ⅳ型分泌系统的基因。 910 0 1菌株的染色体长度为4 5 95 0 6 5bp,有 4 0 37个编码序列 (CDS) ,其中 14 1个是假基因 ;染色体中存在着非常丰富的插入序列 ,由于存在IS序列介导的基因组重排 ,910 0 1菌株染色体的结构与参考菌株存在较大差异。通过比较基因组学分析 ,初步确定了910 0 1菌株甘油降解阳性、硝酸盐还原阴性、阿拉? 展开更多
关键词 耶尔森氏菌 鼠疫 基因组 进化 序列分析 DNA
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脊椎动物基因注释中的大基因问题 被引量:1
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作者 王俊 李胜霆 +5 位作者 张勇 郑洪坤 徐昭 叶葭 于军 黄家树 《世界科技研究与发展》 CSCD 2003年第6期42-50,共9页
为了找出编码蛋白质的基因,注释流程结合了“从头开始的基因预测方法”和“与已知基因相似性比较”这两种方法。“从头开始的基因预测方法”虽然有很高的假阳性但是假阴性却很低;相形之下,结合了相似性比对的方法之后虽然能够降低假阳性... 为了找出编码蛋白质的基因,注释流程结合了“从头开始的基因预测方法”和“与已知基因相似性比较”这两种方法。“从头开始的基因预测方法”虽然有很高的假阳性但是假阴性却很低;相形之下,结合了相似性比对的方法之后虽然能够降低假阳性,但是却大大提高了假阴性。我们发现,在这当中与基因预测正确率相关的最重要因素就是基因大小(包括内含子在内)——大基因尤其容易产生预测错误。 展开更多
关键词 脊椎动物 基因注释 编码蛋白质 假阳性 假阴性 基因预测 大基因
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家蚕(Bombyx mori)全基因组框架图 被引量:1
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作者 夏庆友 周泽扬 +90 位作者 鲁成 程道军 代方银 李斌 赵萍 查幸福 程廷才 柴春利 潘国庆 许金山 刘春 林英 钱吉凤 侯勇 吴正理 李关荣 潘敏慧 李春峰 沈以红 蓝希钳 袁联伟 李田 徐汉福 杨光伟 万永继 朱勇 余茂德 沈卫德 吴大洋 向仲怀 于军 王俊 李瑞强 石剑萍 李恒 李光远 苏建宁 王晓玲 李国庆 张增金 吴清发 李俊 张庆鹏 韦宁 徐建哲 孙海波 董乐 刘东源 赵胜利 赵晓兰 孟庆顺 兰锋镝 黄显刚 李源哲 方林 李昌锋 李大为 孙永巧 张振鹏 杨峥 黄艳清 奚艳 亓秋辉 贺丹丹 黄海燕 张晓伟 王智强 李文杰 曹玉竹 余迎朴 俞鸿 李金宏 叶杰华 陈欢 周雁 刘斌 王晶 叶葭 纪海 李胜霆 倪培相 张建国 张勇 郑洪坤 毛炳宇 王文 叶辰 李松岗 汪建 Gane Ka-Shu Wong 杨焕明 《蚕学通讯》 2008年第4期1-16,共16页
我们在此报告了家蚕(Bombyx mori)的基因组序列框架图,它覆盖了所有已知家蚕基因的90.9%。我们估计的基因数是18510,超过黑腹果蝇报道的13379个基因。我们将家蚕基因组与果蝇、蚊子、蜘蛛和蝴蝶等进行了比较分析,揭示了它们在基因组成... 我们在此报告了家蚕(Bombyx mori)的基因组序列框架图,它覆盖了所有已知家蚕基因的90.9%。我们估计的基因数是18510,超过黑腹果蝇报道的13379个基因。我们将家蚕基因组与果蝇、蚊子、蜘蛛和蝴蝶等进行了比较分析,揭示了它们在基因组成上同时具有相似性和差异性。 展开更多
关键词 全基因组 框架图 家蚕 黑腹果蝇 基因组序列 基因组成 基因数 差异性
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