基于生物信息学分析的食管癌miRNA-mRNA调控网络的初步构建

目的:用生物信息学分析方法初步构建食管癌mi RNA和m RNA的调控网络,探索其在食管癌中的分子调控机制。方法:从GEO下载数据集GSE114110(n10 T30),GSE59973(n3 T3)使用GEO2R进行差异表达基因分析,使用R语言软件probezsylnbol做热图分析;再通过GEOR2对食管癌差异m RNA进行分析及funrich对mi RNA靶基因预测和m RNA预测取交集,使用DAVID和Cytoscape中的插件Clu GO进行GO富集分析,最后通过下载预后数据绘制mi RNAs的Kaplan-Meier生存曲线。结果:从GSE114110和GSE59973中取交集共获得7个差异表达mi RNAs,miR-34c-5p、mi R-455-3p、mi R-455-5p、mi R-944属于高频上调表达的mi RNAs,miR-139-5p、mi R-1、mi R-133b属于高频下调表达的mi RNAs;mi RNAs主要富集于转录因子活性,转运蛋白活性等;并筛选出56个靶基因,构建了食管癌mi RNA-m RNA分子调控网络,并筛选出结合和发挥作用的m RNAs,其功能主要富集为转录抑制子活性,RNA聚合酶II转录因子结合等。其中4个与m RNAs有靶向结合的mi RNAs预后分析表明mi R-455-5p、mi R-34c-5p、mi R-455-3p的高表达及mi R-133b低表达患者的总体生存时间缩短。结论:通过数据库挖掘方法构建的mi RNA-m RNA调控网络,发现mi R-455-5p、mi R-34c-5p、mi R-455-3p及mi R-133b参与食管癌的发生和发展,且与不良预后相关,为研究食管癌发病机制、探索联合mi RNA及其靶基因m RNA作为临床诊断标志物及预后提供了可靠的研究方向。