目的:利用生物信息学及分子对接技术探究羌活胜湿汤治疗强直性脊柱炎的作用机制。方法:通过美国国家生物技术信息中心数据库(national center for biotechnology information,NCBI)、高通量基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO...目的:利用生物信息学及分子对接技术探究羌活胜湿汤治疗强直性脊柱炎的作用机制。方法:通过美国国家生物技术信息中心数据库(national center for biotechnology information,NCBI)、高通量基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)等数据库检索强直性脊柱炎相关芯片,利用R语言分析得到差异表达基因。借助人类基因数据库(GeneCards)、疾病基因数据库(DisGeNET)、孟德尔遗传综合数据库(online Mendelian inheritance in man,OMIM)、疾病数据库(MalaCards)、遗传药理学和药物基因组学数据库(pharmacogenetics and pharmacogenomics knowledge base,PharmGKB)等数据库对强直性脊柱炎已知靶基因进行检索与筛选,与差异表达基因去重取并集,对强直性脊柱炎的疾病靶基因进行预测。运用中药药理学平台(traditional chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)数据库对羌活胜湿汤七味中药的主要有效成分及作用靶基因进行筛选和挖掘,构建药物与疾病映射靶基因的蛋白质互作(protein-protein interaction,PPI)网络,通过基因注释(database for annotation,visualization and integrated discovery,David)数据库对药物-疾病关键靶基因进行生物通路及富集分析。最终将羌活胜湿汤中主要有效成分与关键靶基因进行分子对接。结果:羌活胜湿汤有效成分-靶基因网络图包含176个有效成分,相对应靶点137个;GEO数据库获得差异表达基因704个,通过疾病数据库检索与强直性脊柱炎发生发展相关的已知疾病靶标1323个,合并去重后共获得1950个已知疾病靶基因;最终获得映射靶基因46个,关键靶基因13个。羌活胜湿汤主要通过肿瘤坏死因子α(tumor necrosis factor-α,TNF-α)、白细胞介素6(interleukin-6,IL-6)、白细胞介素1β(interleukin-1β,IL-1β)、血管内皮生长因子A(vascular endothelial growth factor A,VEGFA)、氯霉素乙酰转移酶基因(chloramphnicol acetyltransferase,CAT)、雌激素受体1(estrogen receptor 1,ESR1)、环加氧酶2(prostaglandin-endoperoxide synthase 2,PTGS2)等作用于脂多糖介导的信号通路、一氧化氮生物合成过程的正调控、血管生成等生物过程及FoxO信号通路、炎症性肠病、各促炎因子相关信号通路等多个信号通路。分子对接结果显示:羌活胜湿汤中主要有效成分在与关键靶基因对接过程中均进入了活性位点,具有很强的结合能力。结论:应用生物信息学和分子对接技术方法可揭示羌活胜湿汤治疗强直性脊柱炎的潜在作用机制,具有较高的置信度和参考价值,为中药组方在治疗强直性脊柱炎方面提供了新的方向与思路。展开更多
目的探讨阻断Kupffer细胞(Kupffer cells,KCs)T细胞免疫球蛋白黏蛋白4(T-cell immunoglobulin and mucin-domain-containing molecule 4,TIM-4)诱导小鼠原位肝移植术后i Treg细胞的产生及其相关机制。方法建立小鼠原位肝移植急性排斥反...目的探讨阻断Kupffer细胞(Kupffer cells,KCs)T细胞免疫球蛋白黏蛋白4(T-cell immunoglobulin and mucin-domain-containing molecule 4,TIM-4)诱导小鼠原位肝移植术后i Treg细胞的产生及其相关机制。方法建立小鼠原位肝移植急性排斥反应模型,分为sham组、control m Ab组、TIM-4 m Ab组。流式细胞仪检测KCs活化,Western blot检测肝脏TIM-4表达,TUNEL检测肝细胞凋亡指数(apoptotic index,AI)。提取KCs,激光共聚焦检测KCs TIM-4表达,将KCs和提取的初始CD4+T细胞进行共培养,激光共聚焦检测Kupffer细胞TIM-4表达,分为control组、control m Ab组以及TIM-4 m Ab组;CFSE检测CD4+T细胞增殖,流式细胞仪检测CD4+CD25+Foxp3+T细胞,ELISA检测IL-4、IL-6、IL-13水平,Western blot检测STAT6表达。建立小鼠移植模型,分为3组:i Treg组移植模型注入i Treg细胞(预先用TIM-4 m Ab处理的TIM-4+KCs与初始CD4+T细胞共培养所诱导),sham组和单纯肝移植组(LT)注入相应的PBS作为对照,检测各组AST、ALT、TBIL水平,HE染色评价肝组织排斥活动指数(rejective activity index,RAI),观察小鼠生存率。结果肝移植术后24、48、72 h KCs的活化分别为15.9%、21.6%、28.3%,术后1、3、7 d TIM-4蛋白表达水平明显高于sham组(P<0.05);control m Ab组AI值(29.23±2.56)明显高于sham组和TIM-4 m Ab组[(0.40±0.49),(11.04±2.28),P<0.05]。KCs与CD4+T细胞共培养后,control、control m Ab以及TIM-4 m Ab组CD4+T细胞的增殖率分别为32.5%、31.6%、17.2%,CD4+CD25+Foxp3+T细胞分化分别为12.4%、13.9%、28.1%,共培养上清液TIM-4 m Ab组IL-4、IL-6、IL-13分泌水平明显低于control m Ab(P<0.05),且加入TIM-4 m Ab明显降低了与TIM-4+KCs共培养的CD4+T细胞p-STAT6蛋白表达(P<0.05),外源性加入IL-4可明显增高CD4+T细胞p-STAT6蛋白的表达(P<0.05)。移植模型注入i Treg细胞,i Tregz组肝功指标明显好转,与LT组比较差异有统计学意义(P<0.05)。肝组织病理学检查,i Treg组RAI平均得分为(3.97±0.67),明显低于LT组[(8.47±0.90),P<0.05],且i Treg组小鼠平均存活时间延长。结论阻断KCs TIM-4能够抑制初始CD4+T细胞IL-4/STAT6信号通路的激活,从而诱导更多i Treg细胞的生成,致使宿主对移植物产生免疫耐受。展开更多
文摘目的:利用生物信息学及分子对接技术探究羌活胜湿汤治疗强直性脊柱炎的作用机制。方法:通过美国国家生物技术信息中心数据库(national center for biotechnology information,NCBI)、高通量基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)等数据库检索强直性脊柱炎相关芯片,利用R语言分析得到差异表达基因。借助人类基因数据库(GeneCards)、疾病基因数据库(DisGeNET)、孟德尔遗传综合数据库(online Mendelian inheritance in man,OMIM)、疾病数据库(MalaCards)、遗传药理学和药物基因组学数据库(pharmacogenetics and pharmacogenomics knowledge base,PharmGKB)等数据库对强直性脊柱炎已知靶基因进行检索与筛选,与差异表达基因去重取并集,对强直性脊柱炎的疾病靶基因进行预测。运用中药药理学平台(traditional chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)数据库对羌活胜湿汤七味中药的主要有效成分及作用靶基因进行筛选和挖掘,构建药物与疾病映射靶基因的蛋白质互作(protein-protein interaction,PPI)网络,通过基因注释(database for annotation,visualization and integrated discovery,David)数据库对药物-疾病关键靶基因进行生物通路及富集分析。最终将羌活胜湿汤中主要有效成分与关键靶基因进行分子对接。结果:羌活胜湿汤有效成分-靶基因网络图包含176个有效成分,相对应靶点137个;GEO数据库获得差异表达基因704个,通过疾病数据库检索与强直性脊柱炎发生发展相关的已知疾病靶标1323个,合并去重后共获得1950个已知疾病靶基因;最终获得映射靶基因46个,关键靶基因13个。羌活胜湿汤主要通过肿瘤坏死因子α(tumor necrosis factor-α,TNF-α)、白细胞介素6(interleukin-6,IL-6)、白细胞介素1β(interleukin-1β,IL-1β)、血管内皮生长因子A(vascular endothelial growth factor A,VEGFA)、氯霉素乙酰转移酶基因(chloramphnicol acetyltransferase,CAT)、雌激素受体1(estrogen receptor 1,ESR1)、环加氧酶2(prostaglandin-endoperoxide synthase 2,PTGS2)等作用于脂多糖介导的信号通路、一氧化氮生物合成过程的正调控、血管生成等生物过程及FoxO信号通路、炎症性肠病、各促炎因子相关信号通路等多个信号通路。分子对接结果显示:羌活胜湿汤中主要有效成分在与关键靶基因对接过程中均进入了活性位点,具有很强的结合能力。结论:应用生物信息学和分子对接技术方法可揭示羌活胜湿汤治疗强直性脊柱炎的潜在作用机制,具有较高的置信度和参考价值,为中药组方在治疗强直性脊柱炎方面提供了新的方向与思路。
文摘目的探讨阻断Kupffer细胞(Kupffer cells,KCs)T细胞免疫球蛋白黏蛋白4(T-cell immunoglobulin and mucin-domain-containing molecule 4,TIM-4)诱导小鼠原位肝移植术后i Treg细胞的产生及其相关机制。方法建立小鼠原位肝移植急性排斥反应模型,分为sham组、control m Ab组、TIM-4 m Ab组。流式细胞仪检测KCs活化,Western blot检测肝脏TIM-4表达,TUNEL检测肝细胞凋亡指数(apoptotic index,AI)。提取KCs,激光共聚焦检测KCs TIM-4表达,将KCs和提取的初始CD4+T细胞进行共培养,激光共聚焦检测Kupffer细胞TIM-4表达,分为control组、control m Ab组以及TIM-4 m Ab组;CFSE检测CD4+T细胞增殖,流式细胞仪检测CD4+CD25+Foxp3+T细胞,ELISA检测IL-4、IL-6、IL-13水平,Western blot检测STAT6表达。建立小鼠移植模型,分为3组:i Treg组移植模型注入i Treg细胞(预先用TIM-4 m Ab处理的TIM-4+KCs与初始CD4+T细胞共培养所诱导),sham组和单纯肝移植组(LT)注入相应的PBS作为对照,检测各组AST、ALT、TBIL水平,HE染色评价肝组织排斥活动指数(rejective activity index,RAI),观察小鼠生存率。结果肝移植术后24、48、72 h KCs的活化分别为15.9%、21.6%、28.3%,术后1、3、7 d TIM-4蛋白表达水平明显高于sham组(P<0.05);control m Ab组AI值(29.23±2.56)明显高于sham组和TIM-4 m Ab组[(0.40±0.49),(11.04±2.28),P<0.05]。KCs与CD4+T细胞共培养后,control、control m Ab以及TIM-4 m Ab组CD4+T细胞的增殖率分别为32.5%、31.6%、17.2%,CD4+CD25+Foxp3+T细胞分化分别为12.4%、13.9%、28.1%,共培养上清液TIM-4 m Ab组IL-4、IL-6、IL-13分泌水平明显低于control m Ab(P<0.05),且加入TIM-4 m Ab明显降低了与TIM-4+KCs共培养的CD4+T细胞p-STAT6蛋白表达(P<0.05),外源性加入IL-4可明显增高CD4+T细胞p-STAT6蛋白的表达(P<0.05)。移植模型注入i Treg细胞,i Tregz组肝功指标明显好转,与LT组比较差异有统计学意义(P<0.05)。肝组织病理学检查,i Treg组RAI平均得分为(3.97±0.67),明显低于LT组[(8.47±0.90),P<0.05],且i Treg组小鼠平均存活时间延长。结论阻断KCs TIM-4能够抑制初始CD4+T细胞IL-4/STAT6信号通路的激活,从而诱导更多i Treg细胞的生成,致使宿主对移植物产生免疫耐受。
