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多发性骨髓瘤患者中脂肪干细胞差异表达基因的生物信息学分析
1
作者
张森鹏
何子煜
+6 位作者
全明
叶尔柏
杨泽纯
李淇
周玉其
杜以宽
(
指导
)
杨春(
指导
)
《中国免疫学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第17期2129-2135,共7页
目的:通过生物信息学方法分析与骨髓瘤患者脂肪干细胞(MM-ASC)相关的关键基因和候选通路,为多发性骨髓瘤(MM)的诊断和治疗提供候选靶点。方法:在GEO数据库中获取GSE133346芯片数据,使用R语言筛选MM-ASC的差异基因(DEGs),并用DAVID数据库...
目的:通过生物信息学方法分析与骨髓瘤患者脂肪干细胞(MM-ASC)相关的关键基因和候选通路,为多发性骨髓瘤(MM)的诊断和治疗提供候选靶点。方法:在GEO数据库中获取GSE133346芯片数据,使用R语言筛选MM-ASC的差异基因(DEGs),并用DAVID数据库对DEGs进行生物学功能(GO)分析,利用京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库对基因进行生物通路富集分析,筛选靶基因所涉及的有意义的生物学功能和通路靶基因;采用String和Cytoscape软件进行靶基因蛋白相互作用(PPI)网络分析,筛选关键靶基因;进一步采用R语言筛选miRNAs,使用miRDB预测其靶基因,并使用Cytoscape软件构建miRNAs-mRNA调控关系网络。结果:①MM-ASC共筛选出123个DEGs,其中有36个上调基因和87个下调基因;②信号通路主要表现为胃酸分泌、NF-κB信号通路、胰高血糖素信号通路、钙信号通路、血管平滑肌收缩信号通路、细胞因子-细胞因子受体相互作用等;③其Hubgene为CXCL12、CD44和CDH2。Degree排在前10位的关键基因为CDH2、CD44、CXCL12、ACTA2、MYLK、S100A4、PLAU、NT5E、AXIN2、MYH10;④预测得到hsa-miR-30a-3p、hsa-miR-34a-5p、hsa-miR-30d-3p等10种重要的miRNAs。结论:MM-ASC中存在差异表达基因谱,且DEGs大多富集于NF-κB、钙信号通路等。CDH2、CD44、CXCL12在MM的发病中可能发挥关键基因作用。miR-30a-3p、miR-34a-5p等miRNAs可能干预MM的发病过程。
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关键词
多发性骨髓瘤
差异表达基因
脂肪干细胞
GEO数据库
生物信息学分析
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职称材料
题名
多发性骨髓瘤患者中脂肪干细胞差异表达基因的生物信息学分析
1
作者
张森鹏
何子煜
全明
叶尔柏
杨泽纯
李淇
周玉其
杜以宽
(
指导
)
杨春(
指导
)
机构
广东医科大学干细胞与再生组织工程重点实验室
东莞市人民医院中心实验室
出处
《中国免疫学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第17期2129-2135,共7页
基金
广东省自然科学基金项目(2020A1515010011,2021A1515011580,2021B1515140012)
东莞市社会发展科技项目(20211800905342)
+7 种基金
广东省中医药局面上项目(20211216,20202101)
广东省医学科学基金项目(A2020096,B2021330)
东莞市人民医院科研发展基金项目(k202005)
广东省科技创新战略专项资金(“攀登计划”专项资金)(pdjh2020a0255,pdjh2021b0224)
广东医科大学大学生创新实验项目(2019ZZDS007,2019ZZDS003,2020ZZDS002,2020ZYDS005,2021ZZDS006,2021ZCDS003)
广东医科大学大学生创新创业训练项目(GDMU2019003,GDMU2019041,GDMU2020010,GDMU2020078,GDMU2021003,GDMU2021049)
广东医科大学科研基金项目(GDMUZ2020009)资助
省级和国家级大学生创新创业训练计划项目(201910571063,202010571003,S202010571041,202110571010,S202110571078)。
文摘
目的:通过生物信息学方法分析与骨髓瘤患者脂肪干细胞(MM-ASC)相关的关键基因和候选通路,为多发性骨髓瘤(MM)的诊断和治疗提供候选靶点。方法:在GEO数据库中获取GSE133346芯片数据,使用R语言筛选MM-ASC的差异基因(DEGs),并用DAVID数据库对DEGs进行生物学功能(GO)分析,利用京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库对基因进行生物通路富集分析,筛选靶基因所涉及的有意义的生物学功能和通路靶基因;采用String和Cytoscape软件进行靶基因蛋白相互作用(PPI)网络分析,筛选关键靶基因;进一步采用R语言筛选miRNAs,使用miRDB预测其靶基因,并使用Cytoscape软件构建miRNAs-mRNA调控关系网络。结果:①MM-ASC共筛选出123个DEGs,其中有36个上调基因和87个下调基因;②信号通路主要表现为胃酸分泌、NF-κB信号通路、胰高血糖素信号通路、钙信号通路、血管平滑肌收缩信号通路、细胞因子-细胞因子受体相互作用等;③其Hubgene为CXCL12、CD44和CDH2。Degree排在前10位的关键基因为CDH2、CD44、CXCL12、ACTA2、MYLK、S100A4、PLAU、NT5E、AXIN2、MYH10;④预测得到hsa-miR-30a-3p、hsa-miR-34a-5p、hsa-miR-30d-3p等10种重要的miRNAs。结论:MM-ASC中存在差异表达基因谱,且DEGs大多富集于NF-κB、钙信号通路等。CDH2、CD44、CXCL12在MM的发病中可能发挥关键基因作用。miR-30a-3p、miR-34a-5p等miRNAs可能干预MM的发病过程。
关键词
多发性骨髓瘤
差异表达基因
脂肪干细胞
GEO数据库
生物信息学分析
Keywords
Multiple myeloma
Differentially expressed genes
Adipose stem cells
GEO database
Bioinformatics analysis
分类号
R551.3 [医药卫生—血液循环系统疾病]
R733.3 [医药卫生—肿瘤]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
多发性骨髓瘤患者中脂肪干细胞差异表达基因的生物信息学分析
张森鹏
何子煜
全明
叶尔柏
杨泽纯
李淇
周玉其
杜以宽
(
指导
)
杨春(
指导
)
《中国免疫学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2022
0
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0
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引用分析
参考文献
引证文献
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