目的 通过重启随机游走(random walk with restart,RWR)算法解析桃红四物汤药味配伍、成分群协同抗血栓作用的生物过程网络与关键成分群,揭示其“多成分-多靶点-多途径”抗血栓作用机制。方法 结合文献和课题组前期研究基础,通过中药系...目的 通过重启随机游走(random walk with restart,RWR)算法解析桃红四物汤药味配伍、成分群协同抗血栓作用的生物过程网络与关键成分群,揭示其“多成分-多靶点-多途径”抗血栓作用机制。方法 结合文献和课题组前期研究基础,通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、本草组鉴(HERB)等4个数据库,获取桃红四物汤活性成分、成分群及对应靶标基因;在人类基因数据库(Genecards)、人类孟德尔遗传综合数据库(OMIM)等4个数据库收集血栓相关基因;首先将血栓相关基因、中药和成分群靶标基因导入Metascape平台进行生物过程富集,采用Cytoscape 3.9.1软件将血栓生物过程进行聚类,初步分析桃红四物汤中药配伍、成分群协同抗血栓作用;进一步整合RWR算法、Pearson相关性分析与Z得分显著性分析,定量分析复方、单味药与成分群对血栓生物过程网络影响的相关性及显著性,筛选成分群协同抗血栓的关键生物过程、关键成分群;最后构建桃红四物汤抗血栓关键生物过程网络,分子对接筛选核心成分与核心靶点。结果纳入桃红四物汤9类成分群,血栓生物过程聚类为4类,桃红四物汤抗血栓生物过程显著性影响大小依次为氧化应激>炎症反应>细胞内信号传导>细胞活化,氧化应激与炎症反应是其抗血栓的关键生物过程;黄酮类、有机酸类、生物碱类、苯乙醇苷类、萜类、香豆素类、苯酞类是其协同抗血栓的关键成分群;生物网络构建与分子对接筛选出10个核心靶点(TNF、HMGB1、NLRP3、PARP1、PPARA、GAPDH、MMP9、IFNG、IL17A、HRAS)、6个核心成分(川芎哚、儿茶素、绿原酸、毛蕊花糖苷、羟基红花黄色素A、芍药苷)。结论 通过整合生物过程网络和机器学习算法,定量解析桃红四物汤成分群协同抗血栓的关键生物过程和核心成分、靶点,为其临床应用和基础研究提供参考。展开更多
文摘目的 通过重启随机游走(random walk with restart,RWR)算法解析桃红四物汤药味配伍、成分群协同抗血栓作用的生物过程网络与关键成分群,揭示其“多成分-多靶点-多途径”抗血栓作用机制。方法 结合文献和课题组前期研究基础,通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、本草组鉴(HERB)等4个数据库,获取桃红四物汤活性成分、成分群及对应靶标基因;在人类基因数据库(Genecards)、人类孟德尔遗传综合数据库(OMIM)等4个数据库收集血栓相关基因;首先将血栓相关基因、中药和成分群靶标基因导入Metascape平台进行生物过程富集,采用Cytoscape 3.9.1软件将血栓生物过程进行聚类,初步分析桃红四物汤中药配伍、成分群协同抗血栓作用;进一步整合RWR算法、Pearson相关性分析与Z得分显著性分析,定量分析复方、单味药与成分群对血栓生物过程网络影响的相关性及显著性,筛选成分群协同抗血栓的关键生物过程、关键成分群;最后构建桃红四物汤抗血栓关键生物过程网络,分子对接筛选核心成分与核心靶点。结果纳入桃红四物汤9类成分群,血栓生物过程聚类为4类,桃红四物汤抗血栓生物过程显著性影响大小依次为氧化应激>炎症反应>细胞内信号传导>细胞活化,氧化应激与炎症反应是其抗血栓的关键生物过程;黄酮类、有机酸类、生物碱类、苯乙醇苷类、萜类、香豆素类、苯酞类是其协同抗血栓的关键成分群;生物网络构建与分子对接筛选出10个核心靶点(TNF、HMGB1、NLRP3、PARP1、PPARA、GAPDH、MMP9、IFNG、IL17A、HRAS)、6个核心成分(川芎哚、儿茶素、绿原酸、毛蕊花糖苷、羟基红花黄色素A、芍药苷)。结论 通过整合生物过程网络和机器学习算法,定量解析桃红四物汤成分群协同抗血栓的关键生物过程和核心成分、靶点,为其临床应用和基础研究提供参考。