9株甲型肝炎病毒流行株全基因组特征分析

目的分析四川南充和新疆和田甲型肝炎病毒(hepatitis A virus,HAV)分离株全基因组序列特征。方法收集2006年四川南充同1起暴发的3份和2016年新疆和田6份急性期甲肝患者血清标本,通过核酸提取、逆转录、分段巢式PCR、测序和序列拼接获得9条HAV全基因组序列。利用生物信息学软件进行系统进化、抗原中和位点、重组和选择压力分析。结果VP1-2A连接区基因分型表明9条HAV序列都属于IA亚型,分为4个不同的分支,其中3条南充序列和3条和田序列属于同一分支;全基因组序列表明,3条南充序列核苷酸和氨基酸同源性分别为99.99%~100%和100%,与3条和田序列全基因组核苷酸和氨基酸差异分别为0.50%~0.57%和0.08%~0.17%。9条HAV全基因组核苷酸和氨基酸同源性分别为98.29%~100%和99.62%~100%,与我国hd9和蒙古MNA12-001关系最近(核苷酸和氨基酸同源性分别为:与hd998.60%~99.50%和99.75%~99.92%;与MNA12-00198.45%~99.32%和99.71%~99.87%)。9条HAV序列在已发表的抗原中和位点处未发生改变,未发现重组,选择压力分析表明处于负向选择。结论我国存在多株HAV流行株;9条HAV氨基酸序列在主要抗原中和位点处很保守。

16条甲型肝炎病毒流行株基因型及全基因组特征分析

为分析具有相同VP1-2A区基因序列的甲型肝炎病毒(Hepatitis A virus,HAV)流行株全基因组序列特征,收集我国6个省市不同年份同一起或不同起甲型肝炎(甲肝)暴发中,部分甲肝病例急性期血清标本,提取HAV RNA,进行VP1-2A区基因分型,RT-PCR分段扩增HAV近全基因组序列,构建系统进化树,分析基因组特征。本研究获得16条HAV近全基因组序列,均属于基因IA亚型,核苷酸和氨基酸序列同源性分别为95.81%~100%和99.23%~100%。与GenBank中HAV序列比较,15条序列与Man12-001(蒙古国株)最接近,核苷酸和氨基酸序列同源性分别为97.87%~99.81%和99.55%~99.95%;1条序列与HAJEF-K12(日本株)最接近,核苷酸和氨基酸序列同源性分别为99.37%和99.91%。本文中VP1-2A区序列完全相同的HAV流行株,来源于同一起甲肝暴发时,HAV近全基因组核苷酸序列差异为0%~0.03%;来源于不同起暴发时,核苷酸序列差异为0.18%~0.99%。16条HAV序列在已发表的中和抗原表位未发现变异,编码区氨基酸序列处于负向选择压力,16条序列间及与参考序列间未发现基因重组。本研究表明我国存在多株HAV流行株,主要为基因IA亚型;VP1-2A区序列完全相同的HAV流行株,来源于同一起甲肝暴发的HAV全基因组核苷酸序列同源性高于不同起暴发的HAV序列同源性。HAV基因分型及全基因序列分析与现场流行病学调查结果相结合,更有利于HAV溯源分析。

新疆和田地区2016年甲型肝炎病毒流行株基因特征

目的了解新疆和田地区甲型肝炎病毒(Hepatitis A virus,HAV)流行株基因特征。方法收集新疆和田地区2016年甲型肝炎病例急性期血清标本,经核酸提取、逆转录、套式PCR、序列测定,进行HAV基因分型、主要中和抗原位点氨基酸序列分析,并与GenBank中HAV基因型和亚型代表株构建系统进化树,分析核苷酸和氨基酸序列差异或同源性。结果获得和田地区43株2016年IA基因亚型HAV流行株和2株减毒活疫苗株序列。43株流行株在VP1-2A区的核苷酸、氨基酸序列差异分别为0.0%-2.9%、0.0%-1.9%,在VP3-VP1-2A区分别为0.0%-2.2%、0.0%-0.7%;与2株减毒活疫苗株的氨基酸序列差异为0.5%-0.9%。HAV流行株的主要中和抗原位点未发现氨基酸变异,处于负向选择压力;与GenBank中中国新疆、中国四川或日本HAV序列的同源性最高。结论2016年和田地区HAV流行株为基因IA亚型且分为不同基因簇;HAV流行株和减毒活疫苗株的主要中和抗原位点氨基酸序列保守。