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中国地鼠26S蛋白酶体非ATP酶调节亚基13的表达鉴定及生物信息学分析
1
作者
郭民
原梦
+6 位作者
秦轲茹
霍怡彤
王文桃
杜凯艳
张瑞虎
王海龙
陈朝阳
《中国比较医学杂志》
CAS
北大核心
2023年第2期15-21,共7页
目的鉴定26S蛋白酶体非ATP酶调节亚基13(PSMD13)在Ⅱ型糖尿病中国地鼠的表达及对其理化性质、信号肽、亚细胞定位、功能结构域等进行分析,为深入研究其功能提供理论依据。方法荧光定量PCR法检测PSMD13 mRNA在中国地鼠和糖尿病地鼠肝、...
目的鉴定26S蛋白酶体非ATP酶调节亚基13(PSMD13)在Ⅱ型糖尿病中国地鼠的表达及对其理化性质、信号肽、亚细胞定位、功能结构域等进行分析,为深入研究其功能提供理论依据。方法荧光定量PCR法检测PSMD13 mRNA在中国地鼠和糖尿病地鼠肝、骨骼肌、脂肪和小肠组织的表达;PSMD13氨基酸序列从NCBI网站下载,氨基酸同源性分析采用DNAman软件;PSMD13蛋白的理化性质分析采用Prot Param在线工具;PSMD13蛋白的亲疏水性、信号肽、亚细胞定位采用Prot Scale软件分析;PSMD13蛋白结构域、二级结构分别采用Conserved Domain数据库和SOPMA工具分析;PSMD13蛋白质的互作蛋白及功能网络采用STRING数据库分析。结果RT-qPCR结果显示PSMD13 mRNA在糖尿病地鼠脂肪组织中表达下降;PSMD13位于中国地鼠第3号染色体,含有13个外显子,相对分子质量为42942.48,含有378个氨基酸残基;PSMD13理论等电点为6.1,属酸性蛋白;其与小鼠、大鼠、果蝇、猩猩和人PSMD13的氨基酸序列同源性高达97.78%;PSMD13蛋白质无信号肽、无跨膜结构,主要位于细胞质中;PSMD13蛋白质羧基端含有一个PCI结构域,与PSMD7、PSMD8、PSMA3、PSMC1和USP14等相互作用,参与泛素依赖性蛋白质分解代谢过程。结论PSMD13在糖尿病中国地鼠脂肪组织中表达下降,该蛋白质在进化上高度保守,参与蛋白质的蛋白酶体降解途径,其表达下调可能参与糖尿病的发生发展。
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关键词
中国地鼠
Ⅱ型糖尿病
26S蛋白酶体非ATP酶调节亚基13蛋白质
生物信息学
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职称材料
题名
中国地鼠26S蛋白酶体非ATP酶调节亚基13的表达鉴定及生物信息学分析
1
作者
郭民
原梦
秦轲茹
霍怡彤
王文桃
杜凯艳
张瑞虎
王海龙
陈朝阳
机构
山西医科大学实验动物中心
山西医科大学基础医学研究中心
山西医科大学附属心血管病医院心内科
出处
《中国比较医学杂志》
CAS
北大核心
2023年第2期15-21,共7页
基金
国家自然科学基金区域创新发展联合基金重点项目(U21A20194)。
文摘
目的鉴定26S蛋白酶体非ATP酶调节亚基13(PSMD13)在Ⅱ型糖尿病中国地鼠的表达及对其理化性质、信号肽、亚细胞定位、功能结构域等进行分析,为深入研究其功能提供理论依据。方法荧光定量PCR法检测PSMD13 mRNA在中国地鼠和糖尿病地鼠肝、骨骼肌、脂肪和小肠组织的表达;PSMD13氨基酸序列从NCBI网站下载,氨基酸同源性分析采用DNAman软件;PSMD13蛋白的理化性质分析采用Prot Param在线工具;PSMD13蛋白的亲疏水性、信号肽、亚细胞定位采用Prot Scale软件分析;PSMD13蛋白结构域、二级结构分别采用Conserved Domain数据库和SOPMA工具分析;PSMD13蛋白质的互作蛋白及功能网络采用STRING数据库分析。结果RT-qPCR结果显示PSMD13 mRNA在糖尿病地鼠脂肪组织中表达下降;PSMD13位于中国地鼠第3号染色体,含有13个外显子,相对分子质量为42942.48,含有378个氨基酸残基;PSMD13理论等电点为6.1,属酸性蛋白;其与小鼠、大鼠、果蝇、猩猩和人PSMD13的氨基酸序列同源性高达97.78%;PSMD13蛋白质无信号肽、无跨膜结构,主要位于细胞质中;PSMD13蛋白质羧基端含有一个PCI结构域,与PSMD7、PSMD8、PSMA3、PSMC1和USP14等相互作用,参与泛素依赖性蛋白质分解代谢过程。结论PSMD13在糖尿病中国地鼠脂肪组织中表达下降,该蛋白质在进化上高度保守,参与蛋白质的蛋白酶体降解途径,其表达下调可能参与糖尿病的发生发展。
关键词
中国地鼠
Ⅱ型糖尿病
26S蛋白酶体非ATP酶调节亚基13蛋白质
生物信息学
Keywords
Chinese hamster
T2MD
PSMD13
bioinformatics
分类号
R-33 [医药卫生]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
中国地鼠26S蛋白酶体非ATP酶调节亚基13的表达鉴定及生物信息学分析
郭民
原梦
秦轲茹
霍怡彤
王文桃
杜凯艳
张瑞虎
王海龙
陈朝阳
《中国比较医学杂志》
CAS
北大核心
2023
0
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