巨杉健康和感病叶片表面微生物组成和多样性比较

为分析巨杉(Sequoiadendron giganteum)健康叶片和感病叶片表面微生物的组成和多样性异同,以我国引种的巨杉叶片表面微生物类群为研究对象,采用高通量测序对细菌16S rRNA和真菌ITS片段测序,通过OTU数量、多样性指数、鉴定类群等方法,分析叶片表面细菌和真菌组成和多样性的异同.结果表明,健康叶片表面的细菌多样性比感病叶片高,但肠杆菌属(Enterobacter)、金黄杆菌属(Chryseobacterium)和短小杆菌属(Curtobacterium)菌群的含量在感病叶片中占所有细菌群落的比例比健康叶片高;真菌类群在健康叶片表面的多样性比感病叶片丰富,其中葡萄孢属(Botrytis)的卡罗来纳葡萄孢(B.caroliniana)占感病叶片表面真菌总数量的49.60%,远远多于健康叶片所占比例16.10%.健康叶片比感病叶片表面维持了较高的细菌和真菌类群多样性,卡罗来纳葡萄孢真菌在感病叶片表面所占比例远远大于健康叶片,可能与植株感病有关,此结果可为巨杉致病菌的防治提供依据.

准东油田萘降解菌群培养及菌群双加氧酶基因多态性分析

采用无机盐培养基,以萘为惟一的碳源物质对准东油田石油污染土壤中的萘降解菌进行液体富集培养。经过5次培养后,利用固体平板对获得菌群萘降解能力进行检测,同时利用HPLC对降解产物进行检测。离心收集富集培养基中的菌体,提取基因组DNA,基于Illumina Miseq测序平台对16S r RNA序列进行测序及生物信息学分析,同时采用萘双加酶基因通用引物对萘双加氧酶基因片段进行扩增、测序及分析。结果表明,含有萘的固体平板有清晰透明斑的出现;高效液相检测结果显示,萘被降解成小分子产物,证明液体培养基可富集培养获得萘降解菌群。萘降解菌群16S r RNA测序比对结果显示,富集培养获得菌群分属于5门9纲15目24科31属,共33种细菌。另外共获得萘双加氧酶基因片段11条,GenBank注册号为KY304819-KY304829。系统发育树结果显示,所获萘双加氧酶基因分为4个类群。通过HPLC及双加氧酶基因的分子检测,验证已从准东油田石油污染土壤当中富集培养获得萘降解菌群。