一株苯酚降解菌的筛选及其降解特性的初步研究

苯酚是一种严重污染物,目前的化学降解方法存在众多弊端,生物处理方法越来越受到重视。从胜利油田河口采油厂的飞雁滩油田土壤样品中分离,得到一株能够利用并降解苯酚的菌株P2。该菌株能够在以苯酚为唯一碳源和能源的培养基上生长,经BIOLOG细菌自动鉴定系统及16S rDNA鉴定,该菌株为类产碱假单胞菌(Pseudomonas pseudoalcaligenes)。通过苯酚羟化酶特异性引物的设计,从该菌株扩增出苯酚羟化酶大亚基(LmPH)基因,该基因片段编码对苯酚有催化活性的多肽。苯酚降解实验证实,该菌能在30℃192 h内完全降解500mg/L的苯酚,Cu2+严重抑制该菌株对苯酚的降解,但碱性环境有利于其对苯酚的降解。

基于Ion Torrent PGM^(TM)测序平台的CSF1PO和D18S51基因座分析

目的应用二代测序(next generation sequencing,NGS)技术对CSF1PO和D18S51基因座进行分析检测,研究CSF1PO和D18S51基因座的序列多态性。方法采集165例中国汉族无关个体外周血样,应用QIAamp DNA Mini试剂盒提取样本DNA,Ion Plus Fragment Library试剂盒构建文库,在Ion Torrent PGMTM测序平台上进行DNA序列测定,针对新发现的等位基因进行Sanger测序验证。应用Torrent SuiteTMv5.0.2和Integrative Genomics Viewer软件分析数据,进行基因型鉴定和频率统计,运用PowerState v12软件对数据进行统计学处理。结果应用NGS技术同时获得了CSF1PO和D18S51基因座长度多态性和序列多态性,在CSF1PO基因座中,发现了1个新的基因型,在D18S51基因座中,发现2个新的基因型。采用Sanger测序法对NGS技术检测新发现的等位基因进行验证,验证结果一致。结论应用二代测序技术可检测CSF1PO和D18S51基因座核心重复序列的结构,提高基因座的识别效能。