基于多特征融合的细胞特异性lncRNA的亚细胞定位预测

长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)在细胞生物学过程和疾病发展中扮演着关键性角色。由于lncRNA的亚细胞定位和其生物学功能密切相关,因此确定lncRNA的亚细胞定位具有重要意义。目前已有一些基于机器学习的方法来识别lncRNA的亚细胞位置,但在识别人类lncRNA的细胞特异性定位方面的相关工作仍然有限。该模型对人类细胞系lncRNA亚细胞定位问题进行了研究,提取了k-mer、CKSNAP、SRS和TSS特征信息,并对各类特征信息进行了融合,基于XGBoost和LightGBM结合的算法来预测人类细胞系lncRNA的亚细胞位置,并通过10倍交叉检验对模型进行了评估。结果表明,该模型预测人类细胞系lncRNA亚细胞定位的方法与现有的预测方法相比,预测成功率均有一定改进,其基准数据集的AUROC值最高达到92.26%。

细胞质lncRNA在ceRNA网络中对肝癌的预后作用

长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的异常表达对肝癌(HCC)的发生和发展起着至关重要的作用,并且lncRNA的特定功能与其细胞内定位是密切相关的。lncRNA广泛存在于细胞质和细胞核中,而竞争性内源RNA(ceRNA)主要在细胞质中发挥作用,因而挑选出位于细胞质中的lncRNA进行研究。从癌症基因组图谱(TCGA)中获得了374例HCC组织和50例正常组织中lncRNA、microRNA(miRNA)和信使RNA(mRNA)的表达谱,并鉴定出差异表达基因。构建了一个HCC相关的ceRNA网络,随后通过建立LASSO Cox模型和多因素Cox回归分析,构建了基于5个lncRNA基因的预后模型,将肝癌样本分为高、低风险组,KM生存分析显示高风险组患者预后较差。通过单因素和多因素分析发现,该模型可能是预测肝癌患者的独立因素。研究结论显示,找到了一些参与HCC进展的潜在预后细胞质lncRNA。

基于铁死亡相关lncRNA的结肠癌预后模型的构建与分析

结肠癌是世界上第三大诊断癌症,也是癌症相关死亡的第二大原因。随着生物技术的不断发展,人们发现长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)和铁死亡在结肠癌的预后中起着重要的作用。因此,研究铁死亡与lncRNA之间的关系将对改善结肠癌患者的预后生存有所帮助。本文筛选了结肠癌组织和正常组织中差异表达的铁死亡相关基因,并进行GO(Gene ontology)和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)富集分析。筛选出与结肠癌预后相关的铁死亡相关lncRNA,通过LASSO分析构建了基于5个lncRNA基因的预后模型。将结肠癌样本分为高、低风险组,对该模型进行KM(Kaplan-meier)生存分析和ROC分析,KM分析结果显示高风险组的预后较差;ROC结果表明,该模型能较好地预测结肠癌的生存。本文构建的基于铁死亡相关lncRNA的预后模型可以准确预测结肠癌患者的预后状态,这为结肠癌的预后和治疗提供了一定的理论依据。

高效液相色谱-串联质谱法同时测定大鼠血浆中7种B族维生素的含量

目的建立同时测定大鼠血浆中7种B族维生素(VB)的高效液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)分析方法。方法血浆样品前处理采用沉淀蛋白法;色谱分离采用Agilent ZORBAX SB-Aq column(2.1 mm×150 mm,3.5μm),流动相为0.01%甲酸(A)-甲醇(B),梯度洗脱,流速0.3 mL·min-1,柱温30℃;质谱检测采用正离子模式多反应监测,以2,4,5,6-氘代烟酰胺为内标。结果方法学验证结果显示,7种VB的最低定量限为7.5~300 ng·mL^(-1),最高定量限为1000~20000 ng·mL^(-1),在一定浓度范围内线性关系良好(r^(2)>0.9922);准确度86.0%~117.6%,批内和批间精密度均<20%。此外,各分析物的提取回收率均>86.1%,无明显基质效应且稳定性良好。运用所建立的分析方法成功测定了SD大鼠单次灌胃复合VB溶液后的血药浓度。结论建立的分析方法简便快捷、灵敏度高、专属性强,适用于真实血浆中VB的同时测定,为深入研究VB的生理病理作用提供了新的分析工具。

人教版高中生物学新旧教材比较分析——以《降低化学反应活化能的酶》为例

2017年版《普通高中生物学课程标准》(以下简称新课标)正式颁布后,我国依据新课标由人民教育出版社正式出版了新教材,现已开始使用《普通高中教科书生物学》,即2019年版人教版新教材(以下简称新教材)。新教材是以新课程标准为指导,在旧教材的基础上修订而来的,从整体上看,新教材必修部分的总体框架未做颠覆性改变,但对教材章节、内容做局部微调优化,选择性必修中三个版块与旧教材相比变化较大.